Tom tat luan an tieng viet Ứng dụng chỉ thị phân tử trong cải thiện một số chỉ tiêu về năng suất sinh sản của gà Ác (gallus gallus domesticus brisson)

GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết Các loại chỉ thị được sử dụng trong chọn giống là chỉ thị hình thái, sinh lí sinh hóa, phân tử.. Trước đây để chọn giống người ta thường sử dụng chỉ thị hìn

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CÔNG TRÌNH ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

Người hướng dẫn chính: TS Lê Thanh Phương

Người hướng dẫn phụ: GS.TS Nguyễn Trọng Ngữ

Luận án được bảo vệ trước hội đồng chấm luận án tiến sĩ cấp trường

Họp tại:………, Trường Đại học Cần Thơ Vào lúc……giờ……ngày…….tháng…….năm 2024

Có thể tìm hiểu luận án tại thư viện:

Trung tâm Học liệu, Trường Đại học Cần Thơ

Thư viện Quốc gia Việt Nam

DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ

1 Tran Trung Tu, Le Thanh Phuong, and Nguyen Trong

Ngu (2023) Associations of polymorphisms in Prolactin and Dopamine receptor D2 genes with reproductive traits on Silkie chicken Online Journal of Animal and Feed Research, 13(5): 321-327

DOI: https://dx.doi.org/10.51227/ojafr.2023.47

2 Trần Trung Tú, Lê Thanh Phương và Nguyễn Trọng

Ngữ (2023) Năng suất sinh sản của gà Ác (Gallus gallus domesticus Brisson) giai đoạn 16-40 tuần tuổi Tạp chí Khoa

học kỹ thuật Chăn nuôi, 286: 13-17

3 Le Thanh Phuong, Tran Trung Tu, Nguyen Trong Ngu

(2023) Genetic variants of INHA/PstI and VIPR1/HhaI and their relationship with reproductive traits in Silkie chicken

(Gallus gallus domesticus Brisson) Veterinary Integrative

Sciences, 21(3): 831-841 DOI; 10.12982/VIS.2023.059

PHẦN 1 GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết

Các loại chỉ thị được sử dụng trong chọn giống là chỉ thị hình thái, sinh lí sinh hóa, phân tử Trước đây để chọn giống người ta thường sử dụng chỉ thị hình thái

ở một số đặc điểm mong muốn bằng cách quan sát và thực hiện các phép lai Phương pháp này đơn giản, dễ thực hiện nhưng có hạn chế về mặt thời gian, độ chính xác Kỹ thuật sinh học phân tử đã rút ngắn thời gian, cải thiện độ chính xác

và cho phép các nhà chọn giống có thể sản xuất giống với những đặc điểm kết hợp (Collard and Markill, 2008) Chỉ thị liên quan đến DNA có tính ưu việt vì dễ phát hiện, phong phú trong bộ gene, độc lập với điều kiện môi trường và có thể phát hiện ở bất kỳ giai đoạn phát triển của sinh vật Chỉ thị DNA được chia thành

3 nhóm: (i) nhóm dựa trên cơ sở lai và sử dụng DNA đánh dấu gồm đa hình chiều dài các đoạn cắt giới hạn DNA (RFLP) và in dấu vân tay đoạn DNA ngắn (oligonucleotide fingerprinting); (ii) nhóm dựa trên sự khuếch đại đoạn DNA

trong in vitro là AFLP, SSR, RAPD và (iii) nhóm giải trình tự DNA là SNP

Gà Ác (Gallus gallus domesticus Brisson) là một trong những giống gà bản

địa được nuôi lâu đời ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) Trên thực tế gà

Ác được nuôi theo 2 định hướng: nuôi gà đẻ lấy trứng bán thương phẩm và nuôi bán gà con làm giống, trong đó gà mái tiếp tục nuôi để sinh sản và gà

trống được bán trước đó khoảng 3-4 tuần tuổi Theo Kojima et al (2014), gà

Ác là nguồn cung cấp Carnosine (798,3 mg/100 g thịt ức) cao hơn đáng kể so với gà trắng (417,2 mg/100 g thịt ức) Carnosine là một protein có nhiều trong thịt và não của động vật có xương sống, đóng vai trò quan trọng trong các chức năng sinh lý như: hệ đệm pH, chống lão hóa, chống viêm, chống oxy hóa,

chống mệt mỏi và dẫn truyền thần kinh (Menon et al., 2018; Caruso et al.,

2019) Carnosine được sử dụng trong các ứng dụng y học để điều trị các bệnh như tiểu đường, Alzheimer, lão hóa, ung thư và các bệnh mãn tính khác

(Derave et al., 2019)

Bên cạnh đó, trứng gà Ác cũng được người tiêu dùng ưa thích vì không có mùi tanh, béo, thơm, đạm lòng trắng cao, tỷ lệ lòng đỏ cao, màu sậm rất hấp dẫn (Trần Thị Mai Phương, 2004) Gà Ác thành thục sinh dục sớm ở 113-125 ngày tuổi (Trần Thị Mai Phương và Lê Thị Biên, 2007), trứng có khối lượng 31,3-36,2 g/quả và tỷ lệ đẻ 52,3-58,1% giai đoạn 23-37 tuần tuổi (Thuy and Ha, 2022) Gà Ác được chăn nuôi theo hướng công nghiệp để sản xuất trứng ở tỉnh Tiền Giang và Long An với quy mô lớn (Nguyễn Văn Yên, 2014) Các nghiên cứu về lĩnh vực này cũng còn hạn chế mà thay vào đó là các nghiên cứu tập

trung về lĩnh vực dinh dưỡng (Nguyễn Nhựt Xuân Dung và ctv., 2014; Lưu Hữu Mãnh và ctv., 2014, Trương Văn Phước, 2021)

Như vậy, vấn đề con giống gà Ác ở Việt Nam vẫn chưa được nghiên cứu sâu về di truyền và chưa có công bố nào về vai trò của một số gene ứng viên liên quan đến năng suất sinh sản của giống gà này Việc ứng dụng thành tựu công nghệ sinh học trong cải thiện năng suất trứng trên gà Ác là hoàn toàn khả thi xét về về trang thiết bị phòng thí nghiệm cũng như yêu cầu của thực tiễn ở ĐBSCL Thành công của nghiên cứu này sẽ mở ra một hướng chọn giống mới một cách chính xác và nhanh chóng hơn, góp phần đẩy mạnh công tác lai tạo, chủ động trong vấn đề con giống và qua đó mang lại hiệu quả thiết thực cho người chăn nuôi

1.2 Mục tiêu

(1) Xác định ít nhất 3 chỉ thị phân tử liên quan đến năng suất sinh sản

(2) Đánh giá hiệu quả chọn lọc, cải tiến di truyền về mặt sinh sản ở đời con (3) Tạo đàn gà Ác hạt nhân có năng suất sinh sản cao

- Đề tài cung cấp các dữ liệu khoa học mới về đa hình gene liên quan đến

năng suất sinh sản của gà Ác phục vụ cho công tác giảng dạy và sản xuất

1.4 Điểm mới

- Đây là công trình đầu tiên ở Việt Nam về xác định 6 đa hình gene (DRD2 Indel, PRL Indel, IGF1/PstI, INHA/PstI, NPY/DraI và VIPR1/HhaI) ở gà Ác

Ngoài ra, SNP T829C ở vùng exon 1 của đa hình INHA/PstI là kết quả đầu tiên

trên gà ở Việt Nam

- Đề tài đã phân tích, đánh giá ảnh hưởng của 6 đa hình này đến năng suất

sinh sản của gà Ác, từ đó xác định đa hình NPY/DraI có liên quan chặt chẽ đến

năng suất sinh sản của gà Ác

- Đề tài đã chọn lọc, cải thiện năng suất trứng của gà Ác về mặt di truyền thể hiện qua đàn gà thế hệ 1 có năng suất trứng cao hơn thế hệ xuất phát là 4,4 quả/gà mái/24 tuần đẻ (tăng 6,2%) Bên cạnh đó, thế hệ xuất phát chọn lọc có

năng suất trứng là 149,1 quả/gà mái/52 tuần đẻ

PHẦN 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Một số chỉ thị phân tử trong chọn giống vật nuôi

* Dấu Insertion/Deletion

Đa hình Insertion/Deletion thường được viết tắt Indel, là một loại biến dị di truyền trong đó một nucleotide có thể được chèn vào hoặc xóa đi trong trình tự nucleotide của gene Indel là dạng đột biến chèn hoặc xóa nhiều nucleotide còn đột biến điểm là dạng mất, thêm hoặc thay thế liên quan đến một cặp nucleotide Một Indel trong vùng mã hóa của gene không phải là bội số của 3 nucleotide dẫn đến đột biến lệch khung Dịch chuyển khung đọc và trình tự phiên mã gene có thể mã hóa cho một amino acid khác hoặc dẫn đến việc ngừng hoạt động sớm của codon, làm thay đổi cấu trúc và chức năng của protein Một Indel có thể thay đổi trình tự DNA và làm dịch khung do đó thay đổi trình tự các amino acid được tạo ra dẫn đến protein được sản xuất trở nên bất thường thậm chí không có protein được tạo ra Indel được sử dụng như một dấu di truyền trong quần thể đặc biệt là trong nghiên cứu tiến hóa phát sinh loài (Erixon and Oxelman, 2008)

* Dấu RFLP

Khi các đột biến làm thay đổi trình tự nucleotide tại vị trí của enzyme cắt giới hạn thì các enzyme này không nhận diện được các trình tự đó Ngược lại, đột biến ở các trình tự bình thường không phải vị trí cắt của enzyme có thể tạo

ra các vị trí cắt giới hạn mới Những đột biến như vậy sẽ dẫn đến khoảng cách khác nhau giữa hai vị trí cắt giới hạn liên tiếp của cùng một enzyme Sự đa hình

do các đột biến này được gọi là đa hình độ dài các đoạn cắt giới hạn (RFLP) Chỉ thị RFLP được sử dụng làm kiểu hình trong nghiên cứu di truyền và dấu chuẩn trong lập bản đồ di truyền (Hayder and Mohammed, 2019)

Đa hình RFLP có thể được phát hiện bằng phương pháp lai với mẫu dò đã đánh dấu phóng xạ theo phương pháp Southern Tuy nhiên, cùng với sự phát triển của kỹ thuật PCR, người ta kết hợp PCR và RFLP thành kỹ thuật PCR-RFLP Một cặp mồi có thể dùng để khuếch đại một vùng DNA cần khảo sát, sau đó các đoạn DNA khuếch đại được cắt bằng enzyme cắt, điện di và phân tích trên gel nhuộm Ethidium bromide và kỹ thuật này cho phép phân tích đa hình một đoạn DNA mục tiêu (Teneva, 2009)

* Dấu SNP

SNP liên quan đến việc thay thế, thêm hoặc mất một nucleotide Theo Samarai and Al-Kazaz (2015) việc sử dụng SNP ngày càng phổ biến là do:

Al SNP xuất hiện ở tần suất cao khi sàng lọc SNP của đa số các hệ gene, cứ khoảng 225 bp là tìm thấy 1 SNP trên bộ gene gà và khoảng 1.250 bp là sàng lọc được 1 SNP cho bộ gene người

- SNP có thể xuất hiện ở vùng gene mã hoá và tác động trực tiếp đến các tính trạng quan tâm, rất hiệu quả trong việc xác định mối tương quan giữa SNP

* Ưu điểm và hạn chế của chọn lọc dựa trên chỉ thị phân tử

Theo Muhammad et al (2017), chọn lọc dựa vào chỉ thị phân tử có ưu điểm

là: chọn lọc được cá thể mang kiểu gene quy định tính trạng mong muốn; chọn lọc cá thể ngay ở giai đoạn còn non; rút ngắn thời gian Tuy nhiên, các chỉ thị phân tử có hạn chế là: yêu cầu kĩ thuật cao; trang thiết bị hiện đại và tốn kém

2.2 Một số nghiên cứu về gà Ác trên thế giới và ở Việt Nam

Đặc điểm cơ thể nổi bật của gà Ác là sắc tố melanin biểu hiện ở da

Dorshorst et al (2010) lập bản đồ liên kết giữa sắc tố da liên kết với 2 gene

chính: gene Id nằm trên NST giới tính Z ức chế sắc tố melanin ở da và gene Fm (fibromelanosis) nằm trên NST số 20 Các nghiên cứu cho thấy gene TYRP1 và

TYRP2 ảnh hưởng đến màu da (Zhang et al., 2015), gene EDN3 liên quan đến

sự hình thành melanin, đặc điểm xương đen của gà Ác (Li et al (2020)

Theo Trần Thị Mai Phương và Lê Thị Biên (2007), gà Ác có ngoại hình nhỏ, lông màu trắng xước; chân năm ngón; da, thịt, xương và mỏ có màu đen

Gà trống có mào cờ đỏ thẩm, gà mái có mào cờ đỏ nhạt Ở 1 ngày tuổi, gà trống nặng 18,8 g/con và gà mái nặng 18,5 g/con Ở 4 tuần tuổi, gà trống đạt 128,6 g/con và gà mái đạt 114,6 g/con Tương tự, ở 9 tuần tuổi, gà trống nặng 467 g/con và gà mái là 379 g/con Ở 18 tuần tuổi, gà trống nặng 800 g/con và gà mái là 630 g/con Khối lượng gà mái lúc đẻ trứng đầu là 709 g/con (16-17,5 tuần tuổi) Gà Ác thành thục sinh dục ở 113-125 ngày tuổi, tỷ lệ đẻ 40,2% và đạt 80-105 quả/gà mái/năm với khối lượng trứng 30-31 g/quả

Trên thị trường, trứng gà Ác tuy nhỏ nhưng giá thành cao hơn trứng gà công nghiệp Thịt và trứng của gà Ác rất được ưa chuộng nhờ có hàm lượng melanin

cao, vị ngon hơn gà công nghiệp (Trương Văn Phước, 2021) Gà Ác còn là

cung cấp nguồn Carnosine, một loại protein có tác dụng ngăn ngừa lão hóa và

điều trị các biến chứng của bệnh tiểu đường như: tổn thương thần kinh, rối loạn

mắt và các vấn đề về thận Kojima et al (2014) xác định hàm lượng Carnosine

trong thịt ức của gà Ác (798,3 mg/100 g thịt) cao hơn đáng kể so với gà trắng

(417,2 mg/100 g thịt)

Tóm lại, gà Ác là một trong các giống gà bản địa được nuôi nhiều ở

ĐBSCL Thịt và trứng gà Ác không chỉ mang lại giá trị dinh dưỡng cho người

dùng mà còn có giá trị kinh tế cho người chăn nuôi Vì thế, việc nâng cao năng

suất sinh sản của giống gà này là điều rất cần thiết Tuy nhiên, các nghiên cứu

về di truyền, chọn giống có năng suất sinh sản cao chưa được thực hiện Do đó,

đề tài tập trung vào lĩnh vực di truyền phân tử để xác định các gene có mối liên

kết chặt chẽ đến năng suất trứng của gà Ác, qua đó ứng dụng vào thực tiễn để

chọn lọc cải thiện năng suất trứng của giống gà này

2.3 Cơ sở khoa học của chọn lọc giống gia cầm

* Nguyên lí của chọn lọc

Mục đích của việc chọn lọc là nâng cao năng suất, chất lượng của vật nuôi

Từ các kết quả nghiên cứu cho thấy, với việc chọn lọc thành công, thế hệ con

bình quân được chọn sẽ tốt hơn mức trung bình của bố mẹ chúng Do đó, chọn

lọc là một phương pháp không thể thiếu trong chăn nuôi, là cơ sở của chương

trình cải biến gene (Robin, 2023)

* Hiệu quả chọn lọc

Hiệu quả chọn lọc (R) là hiệu số của giá trị kiểu hình giữa trung bình của

đời con và thế hệ bố mẹ sinh ra chúng trước khi chọn lọc Hiệu quả chọn lọc

được sử dụng để đánh giá mức độ biến đổi giá trị trung bình của quần thể qua

các thế hệ chọn lọc (Bùi Hữu Đoàn và ctv., 2011)

Ly sai chọn lọc (S) là độ chênh lệch về giá trị kiểu hình giữa trung bình

những cá thể được chọn lọc giữ lại làm giống với toàn bộ thế hệ đó Vai trò của

ly sai chọn lọc phụ thuộc vào kích thước quần thể được chọn lọc và độ lệch

chuẩn kiểu hình của tính trạng (Koch et al., 2004)

Cường độ chọn lọc (i) phụ thuộc vào độ lớn và khả năng sinh sản của quần

thể Tỷ lệ số con giữ lại cho sinh sản ở gia cầm từ 10-15%, trong khi ở gia súc

lớn là 50-60% Do đó ở gia cầm có cường độ chọn lọc cao hơn, tức là có thể

chọn được những con có sức sản xuất cao nhất trong đàn để làm giống

PHẦN 3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 3.1 Phương tiện nghiên cứu

3.1.1 Thời gian và địa điểm

- Thời gian: từ tháng 12/2021 đến 05/2023

- Địa điểm:

+ Các phân tích sinh học phân tử được thực hiện tại phòng thí nghiệm Công

nghệ giống vật nuôi, Trường Nông nghiệp, Trường Đại học Cần Thơ

+ Các chỉ tiêu về năng suất sinh sản của gà Ác được theo dõi và ghi nhận tại trại gà ở huyện Phong Điền, Thành phố Cần Thơ

3.1.2 Đối tượng thí nghiệm

- Thế hệ xuất phát (G0): tiến hành trên 400 gà mái, 120 gà trống được chọn lọc ngoại hình từ 800 gà mái và 200 gà trống ở 9 tuần tuổi

- Thế hệ xuất phát chọn lọc (SG0): tiến hành trên 130 gà mái và 26 gà trống

ở 16 tuần tuổi được chọn lọc từ G0 có kiểu gene cho năng suất trứng cao

- Thế hệ 1 (G1): tiến hành trên 150 gà mái 1 ngày tuổi được tạo ra từ thế hệ xuất phát chọn lọc

3.2 Phương pháp nghiên cứu

3.2.1 Nội dung 1: Xác định các đa hình gene có liên quan đến năng suất sinh sản của gà Ác

- Chọn mua 800 gà mái và 200 gà trống lúc 9 tuần tuổi

- Nuôi các cá thể này đến 15 tuần tuổi

- Chọn lọc lại 400 gà mái và 120 gà trống đạt tiêu chuẩn gà đẻ hậu bị ở 16 tuần tuổi

- Ly trích ADN, xác định đa hình gene, SNP ở các gene ứng viên (DRD2, IGF1, NPY, PRL, VIPR1, INHA) lúc gà 16 tuần tuổi

3.2.2 Nội dung 2: Đánh giá năng suất sinh sản và xác định mối liên kết giữa các gene ứng viên với năng suất sinh sản của gà Ác

- Nuôi lồng từng cá thể để ghi nhận năng suất sinh sản ở giai đoạn 16-40 tuần tuổi của 400 gà mái

- Phân tích mối liên kết giữa đa hình gene với năng suất sinh sản

- Xác định 1 trong 3 chỉ thị có mối liên kết chặt chẽ đến năng suất trứng để tiến hành chọn lọc, nhân đàn gà Ác hạt nhân phục vụ Nội dung 3

3.2.3 Nội dung 3: Chọn tạo cải thiện năng suất trứng của gà Ác ở thế hệ 1

* Tạo đàn gà Ác thế hệ 1 có năng suất trứng cao

- Ghép gia đình theo tỷ lệ 1 trống : 5 mái có cùng kiểu gene (gene có năng suất trứng cao đã được chọn ở Nội dung 2) vào tuần tuổi 41 → cho gà trống

giao phối trực tiếp với gà mái → thu trứng đem ấp để tạo đàn gà thế hệ 1

* Theo dõi: khối lượng và chỉ số hình dáng trứng, tuổi đẻ quả trứng đầu,

khối lượng gà lúc đẻ quả trứng đầu, năng suất trứng, tỷ lệ đẻ, tỷ lệ sống, FCR, tiêu tốn thức ăn/10 quả trứng

3.2.4 Đánh giá hiệu quả chọn lọc

- Đánh giá qua thế hệ xuất phát, xuất phát chọn lọc và thế hệ 1 dựa vào số liệu về năng suất trứng

3.3 Xử lý số liệu

- Tần số kiểu gene, allele được tính bằng phần mềm POPGENE 1.32

- Sử dụng phương pháp thống kê ANOVA để xác định mối liên kết giữa các gene ứng viên với các tính trạng năng suất sinh sản; so sánh năng suất sinh sản của thế hệ xuất phát, xuất phát chọn lọc và thế hệ 1 theo mô hình tuyến tính tổng quát (GLM) của phần mềm Minitab 16.0 Độ khác biệt có ý nghĩa giữa các giá trị trung bình trong và giữa các nghiệm thức được xác định theo Tukey với alpha <0,05 Mô hình thí nghiệm theo công thức:

4.1.1 Ly trích DNA từ mẫu lông gà

Các mẫu DNA ly trích được kiểm tra nồng độ bằng cách sử dụng máy

Nanodrop ở bước sóng 260 nm Những mẫu ly trích đạt tiêu chuẩn đều có nồng

độ DNA lớn hơn 50 ng/µl và có độ tinh sạch cao (giá trị OD260nm/OD280nm từ 1,8-2,0) Các mẫu không đạt tiêu chuẩn sẽ được tiến hành ly trích DNA lại từ mẫu lông gà Ác mới Tiếp theo, các mẫu DNA được kiểm tra chất lượng thông qua sản phẩm điện di trên gel agarose 1% ở hiệu điện thế 80 V trong 30 phút Kết quả cho thấy các mẫu DNA thu được có độ tinh sạch và đạt yêu cầu để thực hiện cho các thí nghiệm tiếp theo

4.1.2 Kết quả khuếch đại các đoạn gene bằng kỹ thuật PCR

Bằng kỹ thuật PCR với các cặp mồi đặc hiệu cho từng đoạn gene riêng biệt,

đề tài đã khuếch đại thành công các đoạn gene nghiên cứu gồm: IGF1, INHA, NPY và VIPR1 Đối với gene DRD2 và PRL, sử dụng kỹ thuật Indel với cặp mồi đặc hiệu nên kết quả PCR và điện di đã xác định kiểu gene của đa hình

này Kết quả khuếch đại đoạn gene cho thấy kích thước lần lượt là 399 bp (gene IGF1), 409 bp (gene INHA), 248 bp (gene NPY), 434 bp (gene VIPR1)

4.1.3 Xác định đột biến ở các gene khảo sát

Đa hình DRD2 Indel: có hai allele D (165 bp) và I (187 bp) tương ứng với

ba kiểu gene: II (187 bp), ID (187 bp và 165 bp) và DD (165 bp)

Đa hình PRL Indel: có hai dạng allele D và I tương ứng với ba kiểu gene:

II (154 bp), ID (154 bp và 130 bp) và DD (130 bp)

Đa hình IGF1/PstI: có hai allele là A (399 bp) và G (317 bp và 82 bp),

tương ứng với ba kiểu gene AA (399 bp), AG (399 bp, 317 bp và 82 bp) và GG (317 bp và 82 bp) Phân tích SNP cho thấy ở mạch xuôi là dạng đột biến thay thế nucleotide A (allele A) thành nucleotide G (allele G) Tương tự, ở mạch ngược đã xác định đột biến dạng thay thế nucleotide T (allele T) thành nucleotide C (allele C)

Đa hình INHA/PstI: có hai allele là C (409 bp) và T (297 bp và 112 bp),

tương ứng với ba kiểu gene CC (409 bp), CT (409 bp, 297 bp và 112 bp) và TT (297 bp và 112 bp) Phân tích SNP cho thấy ở mạch xuôi là dạng đột biến thay thế nucleotide T (allele T) thành nucleotide C (allele C) ở vị trí 829 của exon 1 Tương tự, ở mạch ngược đã xác định đột biến dạng thay thế nucleotide A (allele A) thành nucleotide G (allele G)

Đa hình NPY/DraI: có hai allele là I (248 bp) và D (167 bp và 81 bp),

tương ứng với ba kiểu gene II (248 bp), ID (248 bp, 167 bp, 81 bp) và DD (167

bp và 81 bp) Giải trình tự DNA cho thấy NPY/DraI là dạng Indel với 4 bp

TATT ở mạch xuôi và AATA ở mạch ngược được chèn vào allele I

Đa hình VIPR1/HhaI: có hai allele là T (434 bp) và C (253 bp và 181 bp),

tương ứng với ba kiểu gene TT (434 bp), CT (434 bp, 253 bp và 181 bp) và CC (253 bp và 181 bp) Phân tích SNP trên mạch xuôi được cho thấy dạng đột biến thay thế nucleotide C (allele C) thành nucleotide T (allele T) ở vị trí 42913 Tương tự, trên mạch ngược đã xác định được dạng đột biến thay thế nucleotide

G (allele G) thành nucleotide A (allele A)

4.1.4 Xác định tần số kiểu gene và tần số allele

Đề tài bắt đầu thí nghiệm với 400 cá thể gà mái (ở 16 tuần tuổi) nhưng đến khi kết thúc thí nghiệm chỉ còn lại 380 cá thể gà mái (ở 67 tuần tuổi) là do có

20 cá thể bị loại do bệnh Do đó, các số liệu đưa vào xử lý, phân tích thống kê ở đàn gà thế hệ xuất phát (G0) được sử dụng với 380 cá thể