Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EG

Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam

99 25 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

1 / 99 trang

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Mẫu đề cương luận văn thạc sĩ 6,38 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Phạm Thị Hương Quỳnh PHÁT TRIỂN QUY TRÌNH ExBP RT PHÁT HIỆN CÁC ĐỘT BIẾN ĐIỂM THƯỜNG GẶP TRÊN EGFR mRNA CỦA BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI KHÔNG TẾ BÀO NHỎ Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC HÀ NỘI 2021 HÀ NỘI 2021 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Phạm Thị Hương Quỳnh PHÁT TRIỂN QUY TRÌNH ExBP RT PHÁT HIỆN CÁC ĐỘT BIẾN ĐIỂM THƯỜNG GẶP TRÊN EGFR mRNA CỦA BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI KHÔNG TẾ BÀ.

Ngày đăng: 11/05/2022, 18:39

Xem thêm:

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

có thể do đột biến EGFR T790M làm biến đổi cấu hình không gian, từ đó làm tăng ái - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — c ó thể do đột biến EGFR T790M làm biến đổi cấu hình không gian, từ đó làm tăng ái (Trang 25)

Các thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu được liệt kê trong bảng 1. - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — c thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu được liệt kê trong bảng 1 (Trang 38)

Bảng 3: Danh mục mồi/đầu dò được sử dụng trong RT-qPCR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 3** Danh mục mồi/đầu dò được sử dụng trong RT-qPCR (Trang 41)

Bảng 4: Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 4** Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Trang 44)

Bảng 6: Chu trình nhiệt one-step RT-qPCR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 6** Chu trình nhiệt one-step RT-qPCR (Trang 45)

Bảng 5: Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 5** Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Trang 45)

Bảng 8: Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 8** Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P (Trang 46)

Bảng 7: Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 7** Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P (Trang 46)

Bảng 10: Dải tỉ lệ trộn của RNA T790 M: RNA EGFR kiểu dại - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 10** Dải tỉ lệ trộn của RNA T790 M: RNA EGFR kiểu dại (Trang 47)

Bảng 11: Dải tỉ lệ trộn của RNA L858 R: RNA EGFR kiểu dại - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 11** Dải tỉ lệ trộn của RNA L858 R: RNA EGFR kiểu dại (Trang 48)

Bảng 13: Kết quả đánh giá độ tinh sạch và nồng độ các mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 13** Kết quả đánh giá độ tinh sạch và nồng độ các mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo (Trang 53)

Bảng 14: Giá trị Ct của phản ứng đánh giá mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số T790M_Fw/T790M_RvT và đầu dò T790M_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 14** Giá trị Ct của phản ứng đánh giá mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số T790M_Fw/T790M_RvT và đầu dò T790M_P (Trang 55)

Bảng 15: Giá trị Ct của phản ứng đánh giá RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số L858R_Fw/L858R_RvT và đầu dò L858R_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 15** Giá trị Ct của phản ứng đánh giá RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số L858R_Fw/L858R_RvT và đầu dò L858R_P (Trang 56)

khuếch đại RNA tổng số là T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Hình 14). - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **khu** ếch đại RNA tổng số là T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Hình 14) (Trang 59)

Các phản ứng với 6 điều kiện về BSA và Glycerol ở bảng 16 được chú thích màu như trong hình - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — c phản ứng với 6 điều kiện về BSA và Glycerol ở bảng 16 được chú thích màu như trong hình (Trang 61)

Bảng 17: Thành phần phản ứng tối ưu của phản ứng ExBP-RT phát hiện đột - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 17** Thành phần phản ứng tối ưu của phản ứng ExBP-RT phát hiện đột (Trang 63)

không có khác biệt giữa phản ứng có/không bổ sung DMSO vào phản ứng (Hình 18). Do vậy, DMSO không được bổ sung vào các thí nghiệm tối ưu tiếp theo - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — kh ông có khác biệt giữa phản ứng có/không bổ sung DMSO vào phản ứng (Hình 18). Do vậy, DMSO không được bổ sung vào các thí nghiệm tối ưu tiếp theo (Trang 64)

trình bày ở bảng 18 và chu trình nhiệt như bảng 6. - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — tr ình bày ở bảng 18 và chu trình nhiệt như bảng 6 (Trang 66)

Bảng 18: Thành phần phản ứng tối ưu của phản ứng phản hiện đột biến EGFR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 18** Thành phần phản ứng tối ưu của phản ứng phản hiện đột biến EGFR (Trang 67)

3.3.2. Đánh giá khả năng phát hiện đột biến điểm EGFRL858R trên RNA ở - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **3.3.2.** Đánh giá khả năng phát hiện đột biến điểm EGFRL858R trên RNA ở (Trang 69)

Bảng 20: Kết quả đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu và độ chính xác lâm sàng của quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến RNA EGFR L858R trên mẫu mô đúc nến - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 20** Kết quả đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu và độ chính xác lâm sàng của quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến RNA EGFR L858R trên mẫu mô đúc nến (Trang 70)

Bảng 21: Các mẫu mô dương tính EGFRL858R mRNA bằng quy trình ExBP-RT - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 21** Các mẫu mô dương tính EGFRL858R mRNA bằng quy trình ExBP-RT (Trang 72)

Bảng 22: Kết quả độ nhạy, độ đặc hiệu và độ chính xác lâm sàng của quy trình phát hiện đột biến EGFR T790M trêm mRNA ở nhóm bệnh nhân trước điều trị - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 22** Kết quả độ nhạy, độ đặc hiệu và độ chính xác lâm sàng của quy trình phát hiện đột biến EGFR T790M trêm mRNA ở nhóm bệnh nhân trước điều trị (Trang 75)

động giữa RNA đột biến/RNA tổng số là từ 0,236 %- 2,368% (Bảng 23). Trên 44 mẫu âm tính với EGFR T790M trên DNA cũng đều cho kết quả âm tính với quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến EGFR T790M trên mRNA với ∆Ct mẫu >14 = ∆Ct cut-off (Phụ lục 2) - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — ng giữa RNA đột biến/RNA tổng số là từ 0,236 %- 2,368% (Bảng 23). Trên 44 mẫu âm tính với EGFR T790M trên DNA cũng đều cho kết quả âm tính với quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến EGFR T790M trên mRNA với ∆Ct mẫu >14 = ∆Ct cut-off (Phụ lục 2) (Trang 75)

cho kết quả EGFR T790M dương tính (Hình 25, Phụ lục 3). Kết hợp với kết quả trên mẫu trước điều trị, cho thấy độ đặc hiệu của quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **cho** kết quả EGFR T790M dương tính (Hình 25, Phụ lục 3). Kết hợp với kết quả trên mẫu trước điều trị, cho thấy độ đặc hiệu của quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến (Trang 76)

Bảng 25: Kết quả các mẫu dương tính EGFR T790M trên mRNA - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — **Bảng 25** Kết quả các mẫu dương tính EGFR T790M trên mRNA (Trang 79)

Hình PL 1: Hình ảnh kết quả one-step RT-qPCR đánh giá DNA lẫn trong mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo EGFR T790M và EGFR kiểu dại bằng cặp mồi EGFR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — nh PL 1: Hình ảnh kết quả one-step RT-qPCR đánh giá DNA lẫn trong mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo EGFR T790M và EGFR kiểu dại bằng cặp mồi EGFR (Trang 95)

Hình PL 2: Hình ảnh kết quả one-step RT-qPCR đánh giá DNA lẫn trong mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo EGFR L858R và EGFR kiểu dại bằng cặp mồi EGFR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam — nh PL 2: Hình ảnh kết quả one-step RT-qPCR đánh giá DNA lẫn trong mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo EGFR L858R và EGFR kiểu dại bằng cặp mồi EGFR (Trang 95)