1. Trang chủ
  2. » Luận Văn - Báo Cáo

Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam

99 25 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Tiêu đề Phát Triển Quy Trình ExBPRT Phát Hiện Các Đột Biến Điểm Thường Gặp Trên EGFR mRNA Của Bệnh Nhân Ung Thư Phổi Không Tế Bào Nhỏ Ở Việt Nam
Tác giả Phạm Thị Hương Quỳnh
Người hướng dẫn TS. Hồ Hữu Thọ, TS. Trần Đức Long
Trường học Đại học Quốc gia Hà Nội
Chuyên ngành Di truyền học
Thể loại luận văn thạc sĩ
Năm xuất bản 2021
Thành phố Hà Nội
Định dạng
Số trang 99
Dung lượng 4,11 MB

Nội dung

Mẫu đề cương luận văn thạc sĩ 6,38 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Phạm Thị Hương Quỳnh PHÁT TRIỂN QUY TRÌNH ExBP RT PHÁT HIỆN CÁC ĐỘT BIẾN ĐIỂM THƯỜNG GẶP TRÊN EGFR mRNA CỦA BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI KHÔNG TẾ BÀO NHỎ Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC HÀ NỘI 2021 HÀ NỘI 2021 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Phạm Thị Hương Quỳnh PHÁT TRIỂN QUY TRÌNH ExBP RT PHÁT HIỆN CÁC ĐỘT BIẾN ĐIỂM THƯỜNG GẶP TRÊN EGFR mRNA CỦA BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI KHÔNG TẾ BÀ.

Ngày đăng: 11/05/2022, 18:39

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
2. Nguyễn Thị Lan Anh (2017), "Nghiên cứu đặc điểm đột biến gen EGFR và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng ở bệnh nhân ung thư phổi biểu mô tuyến", Nội hô hấp.Website Sách, tạp chí
Tiêu đề: Nghiên cứu đặc điểm đột biến gen EGFR và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng ở bệnh nhân ung thư phổi biểu mô tuyến
Tác giả: Nguyễn Thị Lan Anh
Năm: 2017
4. "Catalog Of Somatic Mutation In Cancer (COSMIC), Mutation COSV51765161,https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/mutation/overview?id=95491007".Tiếng Anh Sách, tạp chí
Tiêu đề: Catalog Of Somatic Mutation In Cancer (COSMIC), Mutation COSV51765161, https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/mutation/overview?id=95491007
6. Arcila, M. E., Oxnard, G. R., Nafa, K., Riely, G. J., Solomon, S. B., Zakowski, M. F., Kris, M. G., Pao, W., Miller, V. A., and Ladanyi, M. (2011), "Rebiopsy of lung cancer patients with acquired resistance to EGFR inhibitors and enhanced detection of the T790M mutation using a locked nucleic acid-based assay", Clin Cancer Res, 17(5), pp. 1169-80 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Rebiopsy of lung cancer patients with acquired resistance to EGFR inhibitors and enhanced detection of the T790M mutation using a locked nucleic acid-based assay
Tác giả: Arcila, M. E., Oxnard, G. R., Nafa, K., Riely, G. J., Solomon, S. B., Zakowski, M. F., Kris, M. G., Pao, W., Miller, V. A., and Ladanyi, M
Năm: 2011
7. Babu Koyyala, V. P., Batra, U., Jain, P., Sharma, M., Goyal, P., Medisetty, P., Jajodia, A., and Maheshwari, U. D. (2018), "Frequency of T790M mutations after progression on epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitor in metastatic non-small cell lung cancer in Indian patients: real-time data from tertiary cancer hospital", Lung India, 35(5), pp. 390-394 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Frequency of T790M mutations after progression on epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitor in metastatic non-small cell lung cancer in Indian patients: real-time data from tertiary cancer hospital
Tác giả: Babu Koyyala, V. P., Batra, U., Jain, P., Sharma, M., Goyal, P., Medisetty, P., Jajodia, A., and Maheshwari, U. D
Năm: 2018
8. Bethune, G., Bethune, D., Ridgway, N., and Xu, Z. (2010), "Epidermal growth factor receptor (EGFR) in lung cancer: an overview and update", J Thorac Dis, 2(1), pp. 48-51 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Epidermal growth factor receptor (EGFR) in lung cancer: an overview and update
Tác giả: Bethune, G., Bethune, D., Ridgway, N., and Xu, Z
Năm: 2010
9. Brambilla, E. and Gazdar, A. (2009), "Pathogenesis of lung cancer signalling pathways: roadmap for therapies", Eur Respir J, 33(6), pp. 1485-97 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Pathogenesis of lung cancer signalling pathways: roadmap for therapies
Tác giả: Brambilla, E. and Gazdar, A
Năm: 2009
10. Ciuffreda, L., Incani, U. C., Steelman, L. S., Abrams, S. L., Falcone, I., Curatolo, A. D., Chappell, W. H., Franklin, R. A., Vari, S., Cognetti, F., McCubrey, J. A., and Milella, M. (2014), "Signaling intermediates (MAPK and PI3K) as therapeutic targets in NSCLC", Curr Pharm Des, 20(24), pp.3944-57 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Signaling intermediates (MAPK and PI3K) as therapeutic targets in NSCLC
Tác giả: Ciuffreda, L., Incani, U. C., Steelman, L. S., Abrams, S. L., Falcone, I., Curatolo, A. D., Chappell, W. H., Franklin, R. A., Vari, S., Cognetti, F., McCubrey, J. A., and Milella, M
Năm: 2014
11. Cortot, A. B. and Janne, P. A. (2014), "Molecular mechanisms of resistance in epidermal growth factor receptor-mutant lung adenocarcinomas", Eur Respir Rev, 23(133), pp. 356-66 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Molecular mechanisms of resistance in epidermal growth factor receptor-mutant lung adenocarcinomas
Tác giả: Cortot, A. B. and Janne, P. A
Năm: 2014
12. Chen, Y. L., Lin, C. C., Yang, S. C., Chen, W. L., Chen, J. R., Hou, Y. H., Lu, C. C., Chow, N. H., Su, W. C., and Ho, C. L. (2019), "Five Technologies for Detecting the EGFR T790M Mutation in the Circulating Cell-Free DNA of Patients With Non-small Cell Lung Cancer: A Comparison", Front Oncol, 9(631) Sách, tạp chí
Tiêu đề: Five Technologies for Detecting the EGFR T790M Mutation in the Circulating Cell-Free DNA of Patients With Non-small Cell Lung Cancer: A Comparison
Tác giả: Chen, Y. L., Lin, C. C., Yang, S. C., Chen, W. L., Chen, J. R., Hou, Y. H., Lu, C. C., Chow, N. H., Su, W. C., and Ho, C. L
Năm: 2019
13. Cheng, L., Alexander, R. E., Maclennan, G. T., Cummings, O. W., Montironi, R., Lopez-Beltran, A., Cramer, H. M., Davidson, D. D., and Zhang, S. (2012),"Molecular pathology of lung cancer: key to personalized medicine", Mod Pathol, 25(3), pp. 347-69 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Molecular pathology of lung cancer: key to personalized medicine
Tác giả: Cheng, L., Alexander, R. E., Maclennan, G. T., Cummings, O. W., Montironi, R., Lopez-Beltran, A., Cramer, H. M., Davidson, D. D., and Zhang, S
Năm: 2012
14. da Cunha Santos, G., Shepherd, F. A., and Tsao, M. S. (2011), "EGFR mutations and lung cancer", Annu Rev Pathol, 6, pp. 49-69 Sách, tạp chí
Tiêu đề: EGFR mutations and lung cancer
Tác giả: da Cunha Santos, G., Shepherd, F. A., and Tsao, M. S
Năm: 2011
15. de Biase, D., Visani, M., Malapelle, U., Simonato, F., Cesari, V., Bellevicine, C., Pession, A., Troncone, G., Fassina, A., and Tallini, G. (2013), "Next- generation sequencing of lung cancer EGFR exons 18-21 allows effective molecular diagnosis of small routine samples (cytology and biopsy)" , PLoS One, 8(12), pp. e83607 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Next-generation sequencing of lung cancer EGFR exons 18-21 allows effective molecular diagnosis of small routine samples (cytology and biopsy)
Tác giả: de Biase, D., Visani, M., Malapelle, U., Simonato, F., Cesari, V., Bellevicine, C., Pession, A., Troncone, G., Fassina, A., and Tallini, G
Năm: 2013
17. Ding, X., Liu, X., Song, X., and Yao, J. (2016), "Chemotherapy Drug Response to the L858R-induced Conformational Change of EGFR Activation Loop in Lung Cancer", Mol Inform, 35(10), pp. 529-537 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Chemotherapy Drug Response to the L858R-induced Conformational Change of EGFR Activation Loop in Lung Cancer
Tác giả: Ding, X., Liu, X., Song, X., and Yao, J
Năm: 2016
20. Ellison, G., Donald, E., McWalter, G., Knight, L., Fletcher, L., Sherwood, J., Cantarini, M., Orr, M., and Speake, G. (2010), "A comparison of ARMS and DNA sequencing for mutation analysis in clinical biopsy samples", J Exp Clin Cancer Res, 29, pp. 132 Sách, tạp chí
Tiêu đề: A comparison of ARMS and DNA sequencing for mutation analysis in clinical biopsy samples
Tác giả: Ellison, G., Donald, E., McWalter, G., Knight, L., Fletcher, L., Sherwood, J., Cantarini, M., Orr, M., and Speake, G
Năm: 2010
22. Fahoum, I., Forer, R., Volodarsky, D., Vulih, I., Bick, T., Sarji, S., Bamberger, Z., Ben-Izhak, O., Sabo, E., Hershberg, R., and Hershkovitz, D. (2018),"Characterization of Factors Affecting the Detection Limit of EGFR p.T790M in Circulating Tumor DNA", Technol Cancer Res Treat, 17, pp.1533033818793653 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Characterization of Factors Affecting the Detection Limit of EGFR p.T790M in Circulating Tumor DNA
Tác giả: Fahoum, I., Forer, R., Volodarsky, D., Vulih, I., Bick, T., Sarji, S., Bamberger, Z., Ben-Izhak, O., Sabo, E., Hershberg, R., and Hershkovitz, D
Năm: 2018
23. Farell, E. M. and Alexandre, G. (2012), "Bovine serum albumin further enhances the effects of organic solvents on increased yield of polymerase chain reaction of GC-rich templates", BMC Res Notes, 5(257) Sách, tạp chí
Tiêu đề: Bovine serum albumin further enhances the effects of organic solvents on increased yield of polymerase chain reaction of GC-rich templates
Tác giả: Farell, E. M. and Alexandre, G
Năm: 2012
25. Ferlay, J., Colombet, M., Soerjomataram, I., Mathers, C., Parkin, D. M., Pineros, M., Znaor, A., and Bray, F. (2019), "Estimating the global cancer incidence and mortality in 2018: GLOBOCAN sources and methods", Int J Cancer, 144(8), pp. 1941-1953 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Estimating the global cancer incidence and mortality in 2018: GLOBOCAN sources and methods
Tác giả: Ferlay, J., Colombet, M., Soerjomataram, I., Mathers, C., Parkin, D. M., Pineros, M., Znaor, A., and Bray, F
Năm: 2019
26. Flys, T., Nissley, D. V., Claasen, C. W., Jones, D., Shi, C., Guay, L. A., Musoke, P., Mmiro, F., Strathern, J. N., Jackson, J. B., Eshleman, J. R., and Eshleman, S. H. (2005), "Sensitive drug-resistance assays reveal long-term persistence of HIV-1 variants with the K103N nevirapine (NVP) resistance mutation in some women and infants after the administration of single-dose NVP: HIVNET 012", J Infect Dis, 192(1), pp. 24-9 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Sensitive drug-resistance assays reveal long-term persistence of HIV-1 variants with the K103N nevirapine (NVP) resistance mutation in some women and infants after the administration of single-dose NVP: HIVNET 012
Tác giả: Flys, T., Nissley, D. V., Claasen, C. W., Jones, D., Shi, C., Guay, L. A., Musoke, P., Mmiro, F., Strathern, J. N., Jackson, J. B., Eshleman, J. R., and Eshleman, S. H
Năm: 2005
28. Fukui, T., Okasaka, T., Kawaguchi, K., Fukumoto, K., Nakamura, S., Hakiri, S., Ozeki, N., and Yokoi, K. (2016), "Conditional Survival After Surgical Intervention in Patients With Non-Small Cell Lung Cancer", Ann Thorac Surg, 101(5), pp. 1877-82 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Conditional Survival After Surgical Intervention in Patients With Non-Small Cell Lung Cancer
Tác giả: Fukui, T., Okasaka, T., Kawaguchi, K., Fukumoto, K., Nakamura, S., Hakiri, S., Ozeki, N., and Yokoi, K
Năm: 2016
29. Fumagalli, C., Vacirca, D., Rappa, A., Passaro, A., Guarize, J., Rafaniello Raviele, P., de Marinis, F., Spaggiari, L., Casadio, C., Viale, G., Barberis, M., and Guerini-Rocco, E. (2018), "The long tail of molecular alterations in non- small cell lung cancer: a single-institution experience of next-generation sequencing in clinical molecular diagnostics", J Clin Pathol, 71(9), pp. 767- 773 Sách, tạp chí
Tiêu đề: The long tail of molecular alterations in non-small cell lung cancer: a single-institution experience of next-generation sequencing in clinical molecular diagnostics
Tác giả: Fumagalli, C., Vacirca, D., Rappa, A., Passaro, A., Guarize, J., Rafaniello Raviele, P., de Marinis, F., Spaggiari, L., Casadio, C., Viale, G., Barberis, M., and Guerini-Rocco, E
Năm: 2018

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

( 4) Căn cứ vào số liệu tổng hợp từ các sổ ( thẻ ) kế toán chi tiết để lập bảng tổng hợp Nhập - Xuất - Tồn . - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
4 Căn cứ vào số liệu tổng hợp từ các sổ ( thẻ ) kế toán chi tiết để lập bảng tổng hợp Nhập - Xuất - Tồn (Trang 18)
có thể do đột biến EGFR T790M làm biến đổi cấu hình không gian, từ đó làm tăng ái - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
c ó thể do đột biến EGFR T790M làm biến đổi cấu hình không gian, từ đó làm tăng ái (Trang 25)
Các thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu được liệt kê trong bảng 1. - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
c thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu được liệt kê trong bảng 1 (Trang 38)
Bảng 3: Danh mục mồi/đầu dò được sử dụng trong RT-qPCR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 3 Danh mục mồi/đầu dò được sử dụng trong RT-qPCR (Trang 41)
Bảng 4: Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 4 Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Trang 44)
Bảng 6: Chu trình nhiệt one-step RT-qPCR - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 6 Chu trình nhiệt one-step RT-qPCR (Trang 45)
Bảng 5: Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 5 Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Trang 45)
Bảng 8: Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 8 Thành phần phản ứng khuếch đại DNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P (Trang 46)
Bảng 7: Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 7 Thành phần phản ứng khuếch đại RNA EGFR tổng số bằng cặp mồi L858R_Fw/L858R_RvT/L858R_P (Trang 46)
Bảng 10: Dải tỉ lệ trộn của RNA T790 M: RNA EGFR kiểu dại - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 10 Dải tỉ lệ trộn của RNA T790 M: RNA EGFR kiểu dại (Trang 47)
Bảng 11: Dải tỉ lệ trộn của RNA L858 R: RNA EGFR kiểu dại - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 11 Dải tỉ lệ trộn của RNA L858 R: RNA EGFR kiểu dại (Trang 48)
Bảng 13: Kết quả đánh giá độ tinh sạch và nồng độ các mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 13 Kết quả đánh giá độ tinh sạch và nồng độ các mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo (Trang 53)
Bảng 14: Giá trị Ct của phản ứng đánh giá mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số T790M_Fw/T790M_RvT và đầu dò T790M_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 14 Giá trị Ct của phản ứng đánh giá mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số T790M_Fw/T790M_RvT và đầu dò T790M_P (Trang 55)
Bảng 15: Giá trị Ct của phản ứng đánh giá RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số L858R_Fw/L858R_RvT và đầu dò L858R_P - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
Bảng 15 Giá trị Ct của phản ứng đánh giá RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số L858R_Fw/L858R_RvT và đầu dò L858R_P (Trang 56)
khuếch đại RNA tổng số là T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Hình 14). - Phát triển quy trình ExBPRT phát hiện các đột biến điểm thường gặp trên gen EGFR mRNA của bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ ở Việt Nam
khu ếch đại RNA tổng số là T790M_Fw/T790M_RvT/T790M_P (Hình 14) (Trang 59)

TRÍCH ĐOẠN

Thu thập, bảo quản và tách chiết mẫu bệnh phẩm Phân tích đột biến trên DNA bằng phương pháp ARMS Phân tích thống kê Đánh giá kích thước mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo Đánh giá mẫu chuẩn RNA tổng hợp nhân tạo bằng cặp mồi tổng số Tối ưu quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến điểm EGFR trên RNA Đánh giá quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến EGFR T790M trên mRNA Đánh giá tiềm năng ứng dụng của quy trình ExBP-RT phát hiện đột biến

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w