Hoạt động quan trắc môi trường nói chung, quan trắc môi trường nước mặt nói riêng, hiện nay được phân công cho nhiều đơn vị thực hiện. Ở cấp Trung ương, công tác quan trắc môi trường nước mặt do Tổng cục Môi trường và một số trạm trong mạng lưới quan trắc môi trường quốc gia thực
hiện. Ở cấp địa phương cũng xây dựng chương trình quan trắc của địa phương để đánh giá, giám sát chất lượng môi trường nói chung, môi trường nước nói riêng trong phạm vi của địa phương. Bên cạnh đó, còn có nhiều chương trình nghiên cứu , quan trắc môi trường nước do các viện nghiên cứu, các tổ chức quốc tế thực hiện.
Ngoài ra, nhằm cung cấp số liệu liên tục và tự động tại các LVS, đặc biệt tại các LVS bắt nguồn từ nước ngoài chảy vào. Trong thời gian qua, Bộ TN&MT đã đầu tư, lắp đặt các trạm quan trắc nước mặt tự động, liên tục. Qua nhiều năm triển khai, các kết quả quan trắc môi trường nước mặt từ các chương trình quan trắc do Trung ương, địa phương thực hiện và các kết quả quan trắc tự động, liên tục đã góp phần cung cấp số liệu đáng tin cậy. Góp phần hỗ trợ việc xác định và đánh giá các nguồn ô nhiễm, giúp các nhà quản lý đưa ra những chính sách nhằm quản lý và giám sát chất lượng nước lục địa. Mặc dù hoạt động quan trắc, giám sát được triển khai liên tục nhưng trên thực tế, dữ liệu về LVS còn rời rạc, chưa được hệ thống hóa dẫn đến việc tìm kiếm thông tin cần thiết trong núi dữ liệu chậm, khai thác dữ liệu khó khăn, báo cáo môi trường tốn nhiều thời gian. Do hạn chế về năng lực, cán bộ, trang thiết bị… Từ đó công tác theo dõi biến động và dự báo chưa được hiệu qủa trong công tác BVMT tại các LVS còn khó khăn.
Ngoài ra, vấn đề kinh phí đầu tư cho hoạt động quan trắc cả ở cấp Trung ương và địa phương còn thấp, chưa đáp ứng yêu cầu đặt ra dẫn đến các chương trình quan trắc chỉ thực hiện duy trì giới hạn được 4-6 đợt/năm, số lượng thông qua quan trắc cũng hạn chế, dẫn đến việc theo dõi diễn biến chất lượng môi trường nước LVS chưa đầy đủ và toàn diện.