Trong những năm qua, Nhà nước đã từng bước xây dựng và kiện toàn hệ thống tổ chức quản lý BVMT nước trên toàn quốc, từ cấp trung ương, liên vùng và địa phương.
2.4.2.1. Cấp Trung ương
Ở cấp Trung ương, Bộ TN&MT được giao trách nhiệm quản lý thống nhất về tài nguyên nước, môi trường nước, một số Bộ, ngành khác được giao trách nhiệm quản lý, khai thác và sử dụng nước theo mục tiêu phát triển của ngành. Tham mưu cho Bộ TN&MT thực hiện các chức năng quản lý nhà nước nói trên là Tổng cục Môi trường và Cục Quản lý tài nguyên nước. Hai đơn vị này được phân công chịu trách nhiệm xây dựng và trình ban hành các văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế chính sách trong lĩnh vực tài nguyên nước, BVMT nước… (Bộ Tài nguyên và Môi trường, 2012). Như vậy, Bộ
Các Bộ liên quan có trách nhiệm trong quản lý chất lượng nước trong các LVS gồm Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Xây dựng, Bộ Công thương, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Thương mại, Bộ Tài chính…
Bộ TN&MT đã phối hợp với các tỉnh, thành phố trên LVS Cầu, Nhuệ - Đáy và Đồng Nai xây dựng, trình Thủ tướng Chính phủ thành lập 3 Ủy ban BVMT LVS, gồm LVS Cầu, LVS Nhuệ - Đáy, LVS Đông Nai. Đây là những tổ chức triển khai các nhiệm vụ, tiến độ xây dựng, phê duyệt và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ, dự án ưu tiên nhằm BVMT LVS.
2.4.2.2. Cấp liên vùng và địa phương
Ở cấp địa phương, các Sở TN&MT cũng từng bước kiện toàn bộ máy quản lý. Theo đó, trực thuộc Sở TN&MT có 3 đơn vị có chức năng nhiệm vụ liên quan đến BVMT nước và quản lý tài nguyên nước, bao gồm: Chi cục BVMT là đơn vị giúp Sở thực hiện chức năng quản lý nhà nước về môi trường; Phòng Tài nguyên nước (hoặc Phòng Tài nguyên nước và Khoáng sản) giúp Sở thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về tài nguyên nước và Trung tâm Quan trắc môi trường (trực thuộc Sở TN&MT hoặc Chi cục BVMT) là đơn vị thực hiện công tác quan trắc, giám sát chất lượng môi trường của địa phương, trong đó có môi trường nước.
Tuy nhiên, sự phối hợp giữa các cơ quan Bộ, ngành và địa phương để giải quyết các vấn đề về LVS còn yếu. Giữa các địa phương trong cùng lưu vực chưa tìm được tiếng nói chung, chưa thống nhất và hợp tác chặt chẽ trong công tác quản lý môi trường lưu vực.
