Mặc dù đã đạt được những kết quả cơ bản quan trọng nêu trên, song việc thu hút, sử dụng và quản lý doanh nghiệp đầu tư nước ngoài thời gian qua đã bộc lộ một số hạn chế, bất cập như:
Khả năng hấp thụ nguồn vốn còn khiêm tốn, đồng nghĩa với việc chưa tận dụng một cách có hiệu quả nguồn vốn này trong khi Phú Thọ đang có nhu cầu lớn về vốn; chất lượng của nguồn vốn chưa cao; việc thu hút các dự án đầu tư công nghệ cao còn hạn chế; chuyển giao công nghệ còn chậm; còn có doanh nghiệp FDI sử dụng công nghệ lạc hậu, tiềm ẩn nguy cơ gây ô nhiễm môi trường; việc sử dụng tài nguyên đất đai, khoáng sản chưa thực sự hiệu quả; mối liên kết ngang và dọc giữa các doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp trong tỉnh chưa cao; tình trạng tranh chấp lao động và đình công còn diễn ra ở một công ty, ảnh hưởng không tốt đến môi trường đầu tư trong tỉnh.
Việt Nam đã có nhiều văn bản pháp luật; trong đó cũng có những văn bản pháp luật mang ý nghĩa như chế tài xử phạt với các hành vi sai phạm trong hoạt động đầu tư nước ngoài. Văn bản pháp luật đầu tư nước ngoài hiện nay là Nghị định số 53 lại chỉ quy định mức phạt thông thường từ 2 - 3 triệu đồng/doanh nghiệp, đối đa là 50 - 70 triệu đồng/doanh nghiệp. Mức phạt này quá thấp so với quy mô của một doanh nghiệp FDI có vốn đăng ký từ 10-100 triệu USD, chỉ có tính nhắc nhở, không có ý nghĩa răn đe. Tuy nhiên, các cơ quan hành chính của tỉnh không thể tự sửa Nghị định này vì vướng “trần” của pháp lệnh xử phạt vi phạm hành chính và quy định của Pháp luật Việt Nam,
Phú Thọ cũng không nằm ngoài số đó. Có công ty vi phạm về vấn đề môi trường (công ty Miwon Việt Nam) nhưng cũng chỉ xử phạt theo khung của nhà nước, chưa đạt hiệu quả cao.
Tình trạng cấp Giấy chứng nhận đầu tư không phù hợp quy hoạch còn diễn ra, đặc biệt trong các dự án sân gôn, trồng rừng, sản xuất thép, xi măng, khai thác khoáng sản. Nhiều dự án chưa được thẩm tra, xem xét kỹ các tiêu chí về kỹ thuật, công nghệ, môi trường, lao động … dẫn đến chất lượng các dự án chưa cao, thiếu sự liên kết giữa nhà đầu tư nước ngoài và doanh nghiệp trong tỉnh. Bên cạnh đó, công tác kiểm tra, giám sát việc thực hiện nghĩa vụ của nhà đầu tư về tiến độ góp vốn, huy động vốn, cũng như hoạt động xây dựng, môi trường, chuyển giao công nghệ, thực hiện nghĩa vụ đối với người lao động và nghĩa vụ tài chính đối với Nhà nước chưa tốt, thiếu sự phối hợp giữa các ban, ngành, địa phương. Mặt khác, sự yếu kém về cơ sở hạ tầng, đặc biệt là tình trạng thiếu điện, bất cập của hệ thống cảng sông và các công trình hạ tầng liên quan, sự thiếu hụt trầm trọng nguồn lao động đã qua đào tạo, kỹ sư, cán bộ quản lý, tiếp tục là những rào cản đối với hoạt động đầu tư nước ngoài.
Về vốn đầu tư xây dựng : Nguồn vốn đầu tư xây dựng các cụm CN , TTCN đều đang gặp rất nhiều khó khăn , chủ yếu trông chờ vào nguồn vốn hỗ trợ từ trên nên không chủ động trong quá trình đầu tư xây dựng , hiện tại hầu hết phải đầu tư theo hình thức cuốn chiếu, chưa được đồng bộ, chưa đáp ứng được yêu cầu tốt nhất về mặt bằng và điều kiện sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp, đặc biệt là xây dựng hạ tầng: đường giao thông, đường điện, hệ thống cấp thoát nước… Hoặc ở những địa ph ương lại rất nan giải trong việc giải phóng mặt bằng , do nhận thức của một bộ phận nhân dân còn hạn chế , chính quyền cơ sở chưa làm tốt công tác tuyên truyền , vận động, thiếu cương quyết trong quá trình phối hợp thực hiện . Như cụm trung tâm công nghiệp làng nghề hoa sinh vật cảnh P hượng Lâu – Thành phố Việt Trì , từ tháng
6/2009 UBND tỉnh đã có Quyết định số 1435 về thu hồi giao đất để xây dựng hạ tầng và thành lập hội đồng bồ i thường hỗ trợ và tái định cư xây dựng công trình cho dự án , tiến hành các bước thực hiện theo đúng trình tự . Tuy nhiên đến nay, quá trình triển khai công tác giải phóng mặt bằng trên thực tế trở nên rất khó khăn do một số hộ tại xã Phượng Lâu đã vin vào rất nhiều lý do để làm chậm tiến độ thực hiện của dự án. Nguyên nhân của sự chậm tiến độ là do Đảng ủy , chính quyền xã Phượng Lâu chưa thực sự vào cuộc , chưa làm tốt công tác tuyên truyền vận động , giải thích cho nhân dân . Công tác lãnh đạo đối với khu còn thiếu cương quyết và chưa có sự phối hợp thống nhất giữa ban quản lý cụm với UBND xã và khu dân cư.
Trước đây, thủ tục đăng ký kinh doanh cũng như thủ tục đầu tư đối với các dự án FDI vào các khu công nghiệp được thực hiện từng bước với sự tham gia của nhiều cơ quan tiếp nhận hồ sơ. Cảnh người dân, nhà đầu tư bắt buộc phải đến từng cơ quan để làm thủ tục, “chầu chực” đi lại nhiều lần để được cầm trên tay giấy phép kinh doanh hay giấy phép đầu tư thực sự là một hành trình thử thách tính kiên nhẫn của người dân và nhà đầu tư. Và tệ nhũng nhiễu, gây khó dễ của các cán bộ thực thi công vụ có thể nói cũng từ đây mà ra.
Trong những năm qua, chúng ta quá chú trọng vào việc thu hút và kêu gọi các dự án đầu tư FDI mới, chưa giành sự quan tâm thích đáng cho công tác quản lý, giám sát, hỗ trợ doanh nghiệp FDI sau cấp phép đầu tư: cơ chế phối hợp giữa các sở, ban, ngành với Uỷ ban Nhân dân cấp huyện, thị xã, thành phố trong công tác quản lý, giám sát các doanh nghiệp dự án FDI chưa đồng bộ, công tác hỗ trợ tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp FDI sau cấp phép còn gặp nhiều khó khăn, các đơn vị làm công tác tư vấn, hỗ trợ nhà đầu tư nước ngoài chưa đủ mạnh. Một số dự án FDI không đạt hiệu quả mong muốn, một số dự án dừng hoạt động hoặc không triển khai thực hiện đã bị thu hồi giấy phép đầu tư. Nếu xét tương quan một số chỉ số như: hiệu quả đầu tư
của vốn FDI trên phương diện đóng góp vào tốc độ tăng trưởng GDP của tỉnh, hay số thu nộp ngân sách hàng năm trên tổng vốn đăng ký đầu tư thì chỉ số của Phú Thọ vẫn còn chưa cao. Ngoài ra, một số doanh nghiệp FDI còn bộc lộ một số hạn chế khác như: tranh chấp về quyền lợi giữa công nhân với chủ sử dụng lao động, an toàn lao động, gây ô nhiễm môi trường, vay nợ và không có khả năng thanh toán…Thực trạng đó đã ảnh hưởng nhất định đến môi trường đầu tư của tỉnh, hạn chế việc mở rộng đầu tư của các dự án đầu tư đã thực hiện, đồng thời làm suy giảm hiệu quả thu hút đầu tư đối với các nhà đầu tư nước ngoài chưa vào tỉnh. Hậu quả đó phần nào xuất phát từ xu hướng “ba không” của Nhà nước: “không biết mặt nhà đầu tư”, “không biết địa điểm hoạt động của doanh nghiệp ở đâu” và “không biết doanh nghiệp đó hoạt động như thế nào”.
Tuy nhiên hiện nay, kiểm soát thủ tục hành chính vẫn còn có những tồn tại, hạn chế như: Nhận thức của cán bộ, công chức và nhân dân về công tác kiểm soát thủ tục hành chính trong cấp và điều chỉnh giấy phép chưa đầy đủ; bộ máy làm nhiệm vụ mới thành lập, ở các sở, ngành và cấp huyện, xã làm việc theo chế độ kiêm nhiệm; việc giải quyết thủ tục hành chính cho các công ty, doanh nghiệp và công dân thực hiện chưa đúng quy định, có những cơ quan còn yêu cầu nộp thêm thành phần hồ sơ, vượt quá thời hạn giải quyết, tổ chức và công dân phải đi lại nhiều lần để hoàn thiện hồ sơ; việc niêm yết, công khai thủ tục hành chính thuộc thẩm quyền giải quyết chưa đảm bảo đúng quy định, có đơn vị chỉ niêm yết những thủ tục hành chính được giải quyết theo cơ chế một cửa, một số đơn vị chỉ niêm yết danh mục TTHC; chưa nghiêm túc thực hiện việc công khai số máy điện thoại, hòm thư điện tử của Văn phòng UBND tỉnh, của cơ quan, đơn vị để tiếp nhận phản ánh, kiến nghị của tổ chức và công dân...
Với mong muốn đưa kinh tế trong tỉnh phát triển vượt bậc, Tỉnh ủy, UBND tỉnh Phú Thọ đã phát triển ồ ạt các KCN, CCN, thu hút vốn đầu tư FDI. Các khu, cụm công nghiệp này được hình thành với kỳ vọng sẽ thu hút, giải quyết công ăn việc làm cho lao động địa phương, thu hút ngoại tệ, làm giàu cho tỉnh. Nhưng sự hoạt động èo uột của nhiều khu, cụm công nghiệp cho thấy khát vọng này đã phần nào phá sản. Tại CCN Đồng Lạng (Phù Ninh), được thành lập từ năm 2000 với quy mô gần trăm héc ta, có đến 5 nhà máy chưa bao giờ hoạt động, chủ nhà máy đã bỏ về Hàn Quốc (đó là Cty TNHH Công nghiệp Tasco, Cty TNHH World Vina; Cty TNHH Tasco polycon, Cty TNHH Tasco Viet Nam, Cty TNHH Tasco Moteria). Tại KCN Thụy Vân (Việt Trì, Phú Thọ) cũng vậy, hoạt động kém, đất trống bỏ hoang nhiều, nhà máy đóng cửa, có chỗ thì cho thuê làm bãi tập xe ô tô. Những năm trước đây khi mở các khu, cụm công nghiệp, lãnh đạo UBND tỉnh Phú Thọ đã tạo hành lang pháp lý thông thoáng để thu hút đầu tư, đặc biệt là vốn FDI. Nhưng chính vì sự thông thoáng quá mức như: Doanh nghiệp được miễn, giảm thuế hoặc chậm nộp thuế; Ðược vay vốn ưu đãi, được hỗ trợ lãi suất vốn vay; Ðược trợ giúp miễn phí các thủ tục đầu tư; Được miễn thuế nhập khẩu thiết bị, máy móc; Được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (miễn trong 3 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp trong 7 năm tiếp theo). Lợi dụng vào chính sách thông thoáng và cả sự thiếu thận trọng của tỉnh này, một số nhà đầu tư Hàn Quốc đã tìm đến Phú Thọ để tay không kiếm tiền. Sau khi được cấp chứng nhận đầu tư, một số nhà đầu tư Hàn Quốc bắt đầu lập kế hoạch vay tiền tại các ngân hàng ở Phú Thọ để thực hiện dự án. Tài sản đảm bảo là giá trị quyền sử dụng đất và tài sản được hình thành từ vốn vay (dây chuyền sản xuất cũ kỹ, lạc hậu). Vay xong tiền ngân hàng, họ đầu tư nhỏ giọt và cuối cùng là "goodbye" Phú Thọ, để lại cục nợ khổng lồ (Theo số liệu báo cáo của UBND tỉnh Phú Thọ đến tháng 10/2011 thì con số
này là gần 17 triệu USD) và những đống sắt gỉ trong nhà máy. Phát ngôn trên báo chí, một cán bộ ở Ban quản lý khu công nghiệp Phú Thọ chua chát thừa nhận: Không ai nghĩ khi họ đến hoành tráng thế rồi để lại một cục nợ và gây ra nỗi đau lớn cho toàn tỉnh.