Sau khi hợp đồng thi công được ký kết, trong phạm vi quyền và nghĩa vụ của mình, các bên cần lập kế hoạch và biện pháp tổ chức thực hiện phù hợp với nội dung của hợp đồng đã ký kết nhằm đạt được các thoả thuận trong hợp đồng. Các bên tham gia việc kiểm soát thực hiện hợp đồng gồm Chủ đầu tư, Ban quản lý dự án, các nhà thầu tư vấn giám sát, tư vấn thiết kế, thi công, giám sát cộng đồng, các cơ quan thanh tra, kiểm toán… Tùy từng loại hợp đồng xây dựng, nội dung quản lý thực hiện hợp đồng có thể bao gồm:
- Quảnlý tiến độ thực hiện hợp đồng
Công trình xây dựng trước khi triển khai được lập tiến độ thi công xây dựng phù hợp với tổng tiến độ của dự án đã được phê duyệt. Đối với công trình xây dựng có quy mô lớn và thời gian thi công kéo dài, thì tiến độ xây dựng công trình phải được lập cho từng giai đoạn, từng tháng, từng quý, từng năm. Nhà thầu thi công xây dựng công trình có nghĩa vụ lập tiến độ thi công chi tiết, bố trí xen kẽ kết hợp các công việc cần thực hiện, nhưng phải bảo đảm phù hợp với tổng tiến độ của dự án. Chủ đầu tư, nhà thầu thi công xây dựng, tư vấn giám sát và các bên liên quan có trách nhiệm theo dõi, giám sát tiến độ thi công xây dựng công trình và tiến độ trong trường hợp tiến độ thi công xây dựng ở một số giai đoạn bị kéo dài, nhưng không được làm ảnh hưởng đến tổng tiến độcủa dự án.
Trường hợp đẩy nhanh tiến độ xây dựng đem lại hiệu quả cao hơn cho dự án thì nhà thầu xây dựng được xét thưởng theo hợp đồng. Trường hợp kéo dài tiến độ xây dựng gây thiệt hại thì bên vi phạm phải bòi thường thiệt hại và bị phạt vi phạm hợp đồng.
Quản lý chất lượng công trình xây dựng giai đoạn thi công là nhiệm vụ của tất cả các chủ thể tham gia vào quá trình thực hiện hợp đồng xây dựng công trình bao gồm tự giám sát của nhà thầu xây dựng, giám sát và nghiệm thu của chủ đầu tư, giám sát tác giả của nhà thầu thiết kế, giám sát của nhân dân, các cơ quan quản lý nhà nước. Nhà thầu thi công xây dựng công trình phải chịu trách nhiệm trước chủ đầu tư và pháp luật về chất lượng công việc do mình đảm nhận, bồi thường thiệt hại khi vi phạm hợp đồng, sử dụng vật liệu không đúng chủng loại, thi công không đảm bảo chất lượng hoặc gây hư hỏng, gây ô nhiễm môi trường…
- Quản lý khối lượng;
Việc thi công xây dựng công trình phải được thực hiện theo khối lượng của thiết kế được duyệt. Khối lượng thi công xây dựng được tính toán, xác nhận giữa Chủ đầu tư, nhà thầu thi công xây dựng, tư vấn giám sát theo thời gian hoặc theo giai đoạn thi công và được đối chiếu với khối lượng thiết kế được duyệt để là cơ sở nghiệm thu, thanh toán theo hợp đồng. Khi có khối lượng phát sinh ngoài thiết kế, dự toán xây dựng công trình được duyệt thì chủ đầu tư và nhà thầu thi công xây dựng phải căn cứ vào các quy định để xem xét để xử lý. Đối với công trình sử dụng vốn ngân sách nhà nước thì chủ đầu tư phải báo cáo người quyết định đầu tư xem xét, quyết định.
- Quản lý về an toàn lao động, bảo vệ môi trường và phòng chống cháy nổ;
Quản lý an toàn lao động nhằm mục tiêu phòng ngừa tai nạn là chính. ATLĐ phải hiểu theo nghĩa rộng là an toàn không chỉ cho mọi người lao động trên công trình mà còn phải an toàn cho công trình, cho công trường sản xuất. Nhiệm vụ về ATLĐ trên công trường chủ yếu do nhà thầu chịu trách nhiệm. Nhà thầu thi công xây dựng phải lập các biện pháp an toàn cho người và công trình trên công trường xây dựng, đào tạo hướng dẫn, phổ biến các quy định về ATLĐ, cung cấp đẩy đủ các trang thiết bị bảo hộ lao động cho người lao động
trên công trường. Nhà thầu thi công xây dựng, chủ đầu tư, tư vấn giám sát phải thường xuyên kiểm tra giám sát công tác ATLĐ trên công trường.
Công việc xây dựng gây nhiều tác động xấu đến môi trường sống, đặc biệt là môi trường xung quanh và gần các công trường xây dựng. Vì vậy cần phải có sự chú ý đặc biệt đến vấn đề này. Nhà thầu thi công xây dựng phải thực hiện các biện pháp đảm bảo về môi trường cho người lao động trên công trường và bảo vệ môi trường xung quanh bao gồm các biện pháp chống ồn, chống bụi, xử lý phế thải và thu dọn hiện trường. Đối với những công trình xây dựng trong khu vực đô thị cần phải thực hiện các biện pháp bao che, thu dọn phế thải đưa đến nơi quy định. Trong quá trình vận chuyển vật liệu xây dựng, phế thải xây dựng phải được che chắn, bảo đảm an toàn vệ sih môi trường. Nhà thầu thi công xây dựng, chủ đầu tư phải có trách nhiệm kiểm tra, giám sát việc thực hiện bảo vệ môi trường xây dựng, đồng thời chịu sự kiểm tra, giám sát của các cơ quan quản lý nhà nước vê môi trường.