Việc phát hiện bệnh LSĐ khi gieo trồng lúa không quá khó khăn do cây lúa bệnh có biểu hiện khá rõ. Tuy nhiên, việc phân biệt bệnh do virus SRBSDV và bệnh do RBSDV rất khó thực hiện bằng cách quan sát hình thái bên ngoài, do cả hai bệnh đều có chung những đặc điểm về triệu chứng bệnh. Cho đến nay , công tác chẩn đoán bê ̣nh virus trên lúa nhìn chung vẫn khá phƣ́c ta ̣p. Hiê ̣n nay, kỹ thuật chẩn đoán bê ̣nh virus phổ biến nhất vẫn là phƣơng pháp ELISA và phản ƣ́ng trùng hợp chuỗi (RT-PCR và PCR).
Wang và cộng sự (2006) [32] đã ta ̣o ra kháng huyết thanh tƣ̀ nguồn protein vỏ virus tái tổ hợp nhằm chẩn đoán RBSDV bằng kỹ thuâ ̣t ELISA . Phƣơng pháp này tỏ ra khá hiệu quả khi cần chẩn đoán nhanh sự có mặt của virus gây bệnh LSĐ. Tuy nhiên, đối với SRBSDV, do đây là virus mới đƣợc phát hiê ̣n (năm 2008) nên hiê ̣n nay vẫn chƣa có kháng huyết thanh đă ̣c hiê ̣u virus ở mức độ thƣơng mại. Hơn nữa, theo
18
nghiên cứu của Zhang và cộng sự (2008) [35], SRBSDV có phản ứng dƣơng tính với kháng huyết thanh của RBSDV. Chính vì vậy, RT-PCR là phƣơng pháp tối ƣu, đƣợc các phòng thí nghiệm sử dụng phổ biến để phát hiện virus SRBSDV. Phƣơng pháp RT-PCR sử dụng cặp mồi đƣợc thiết kế đặc hiệu cho hệ gen của SRBSDV (chủ yếu là phân đoạn bảo thủ S10) để khuếch đại một đoạn trình tự DNA từ khuôn là RNA sợi đôi của SRBSDV. Phƣơng pháp này có ƣu điểm là độ nhạy và độ chính xác rất cao, tuy nhiên có hạn chế lớn đó là thao tác kỹ thuật phức tạp, tốn kém, đòi hỏi kỹ thuật viên phải có trình độ nhất định, khó áp dụng trên thực địa.
Theo công bố mới nhất Zhenchao Wang và cộng sự (2012) [36] đã phát triển một phƣơng pháp phát hiện nhanh SRBSDV trong mẫu lúa nhiễm bệnh, sử sụng kĩ thuật DOT-ELISA. Phƣơng pháp của Z. Wang sử dụng loại kháng thể đa dòng đặc hiệu cho protein vỏ của SRBSDV (mã hóa bởi phân đoạn S10) để phát hiện sự có mặt của SRBSDV trong mẫu lúa bệnh. Kết quả xét nghiệm trên 100 mẫu lúa bằng phƣơng pháp này cho kết quả tƣơng đồng với kết quả xét nghiệm bằng phƣơng pháp RT-PCR. Phƣơng pháp DOT-ELISA này khắc phục đƣợc những nhƣợc điểm của phƣơng pháp xét nghiệm truyền thống bằng RT-PCR, đồng thời vẫn có độ chính xác cao, cho phép phát hiện sớm SRBSDV.