Quân Nguyễn Hữu Chỉnh bị quân Tây Sơn ựánh thua. Vua Chiêu Thống hoảng hốt sai Lê Quýnh cùng hơn 30 người tôn thất ựem Hoàng Thái Hậu và Hoàng Hậu chạy sang Kinh Bắc, còn mình thì bỏ Thăng Long chạy theo Nguyễn Hữu Chỉnh ựến ựóng ở Mục Sơn thuộc Yên Thế, Nguyễn Hữu Chỉnh bị bắt, nhà vua chạy ựến Chắ Linh ựịnh nhờ Trần Quang Châu và Lê Ban dấy binh lấy Hải Dương làm cơ sở, nhưng bị quân Tây Sơn ựuổi ựánh, nhà vua chạy vào Sơn Nam, ựịnh nhờ tỳ tướng của Nguyễn Hữu Chỉnh là Nguyễn Việt Tuyển, nhưng Tuyển ựã bị quân Tây Sơn ựánh bại ở Hoàng Giang, nên nhà vua cùng Lê Ban chạy vào Thanh hóa. Sau nghe lời Lê Duy Đoan trở về Kinh Bắc cho người qua cầu viện Thanh triều
Về Kinh Bắc, Chiêu Thống sai hai người bề tôi tin cẩn là Tham tri Chánh sự Lê Duy Đán và Phó Đô Ngự Sử Trần Danh Án sang Trung Hoa
Duy Đán và Danh Án theo ựường núi trốn qua biên thùy, ựến ra mắt tri phủ Thái Bình. Tri phủ Thái Bình làm tờ ựạt lời cầu viện lên Tuần phủ Tôn Vĩnh Thanh và Tổng ựốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị
Trong khi chờ ựợi kết quả, Trần Danh Án có thơ cảm hoài:
Giá cô tại Gi ang Nam Đỗ quyên tại Kinh Bắc Giá cô minh gia gia
Đỗ Quyên minh quốc quốc Vi cầm do hữu quốc gia thanh Cô thần ựối thử tình vô cực
Nhà Tây Sơn
Nghĩa là: Gi ang Nam thì chim ựa Kinh Bắc thì chim quốc Chim ựa kêu gia gia Chim cuốc kêu quốc quốc Nghe chim kêu tiếng quốc gia Lòng cô thần những xót xa trăm chiều
Trong lúc ựó, Lê Quýnh, Nguyễn Huy Túc ựã ựưa Thái Hậu qua Tàu, nhờ viên Đô Ty Long Bằng Trần Hồng Thuận trình Quảng Tây Gi ang tả Dương Hùng Nghiệp bẩm lên Tôn Sĩ Nghị
Nhận ựược hai lời thỉnh cầu cùng lúc. Nghị bèn làm sớ dâng về triều
Vua Càn Long chuẩn y lời Tôn Sĩ Nghị và sai Nghị cầm 20 vạn binh sang Việt Nam, mượn cớ giúp Vua Lê ựánh Tây Sơn ựể ựặt nền ựô hộ lên ựất Việt
Tôn Sĩ Nghị chia quân ra làm ba ựạo: Một ựạo do Tổng binh tỉnh Vân Nam và Quý Châu kéo sang mạn Tuyên Quang
Một ựạo do Sầm Nghi Đống kéo sang mạn Cao Bằng
Một ựạo do Nghị cùng Đề Đốc Hứa Thế Hanh kéo sang mạn Lạng Sơn Khắ thế rất mạnh
Ba ựạo quân Thanh tiến vào nước ta vào khoảng giữa tháng 10 năm Mậu Thân (1788). Sĩ Nghị truyền hịch kể tội nhà Tây Sơn và kêu gọi thần dân nhà Lê ra hợp tác
Viên trấn thủ Lạng Sơn Phạm Khải Đức khiếp sợ, kéo cờ hàng. Phó tướng Nguyễn Văn Diễm chạy về Kinh Bắc cùng Nguyễn Văn Hòa cố thủ, rồi sai người về Thăng Long cáo cấp
Được tin, Ngô Văn Sở dùng kế hoãn binh, khiến Nguyễn Quý Nha và Trần Bá Lãm mang ba tờ bẩm văn ký tên Sùng Nhượng công và bá quan văn võ, ựến quân thự Tôn Sĩ Nghị cầu hòa. Sĩ Nghị bác khước Ngô Văn Sở bèn nhóm văn võ lại thương nghị. Nguyễn Văn Dụng ựề nghị dùng phục binh ựánh ựịch. Ngô Thời Nhậm nói: - Quân ựịch mới tới, sức còn mạnh khắ ựương hăng, lại khoa trương thanh thế làm kinh ựộng nhân dân. Nếu ta ựem quân ra khỏi thành sẽ bị chúng sát hại. Cựu binh sĩ của Bắc Hà nhuệ khắ vốn ựã nhụt, thừa cơ trốn hết. Chừng ấy ta muốn ựánh thì không hơn, mà muốn giữ cũng không ựặng. Chẳng phải là thiện sách. Chi bằng rút hết quân thủy bộ vào ựóng giữ từ Tam Điệp ra ựến biển, ựể bảo toàn lực lượng rồi cho cáo cấp về Phú Xuân. Lúc ựó ta sẽ quyết chiến cũng không muộn
Ngô Văn Sở nói:
- Giặc ựến chưa ựánh ựã chạy, tôi e ựắc tội với Bắc Bình Vương Ngô Thời Nhậm ựáp:
- Lương tướng thời xưa, lường sức giặc trước rồi mới ựịnh việc công hay thủ. Nay ta ựem toàn quân lui về, chẳng qua là cho chúng ngủ nhờ một ựêm, sáng ngày ựuổi ựi, có gì quan trọng. Nếu Bắc Bình Vương hỏi tội tôi sẽ bẩm biện. Ông cứ yên tâm
Ngô Văn Sở liền cho gọi binh các trấn Kinh Bắc, Thái Nguyên, Hải Dương, Sơn Tây ựến tập hợp tại Bắc Thành trấn Sơn Nam, rồi ựồng tiến vào Tam Điệp
Nhà Tây Sơn
- Nước không cần phải lớn, binh không cần phải nhiều, hễ quyết chiến thì thắng. Nay làm tướng nắm binh quyền ở cõi ngoài mà giặc ựến không ựánh thì làm tướng ựể làm gì? Rồi thừa ựêm tối ựem quân ra ựi. Đến bờ phắa nam sông Nguyệt Đức thì nghe quân Thanh ựã tới núi Tam Tằng, Lân ựốc binh sĩ liều lạnh lội càn qua sông. Quân chết ựuối quá nửa. Còn một nửa vừa ựến bờ bên kia thì quân ựịch ựánh giết hết. Lân một người một ngựa sống sót chạy trở về. Ngô Văn Sở cả kinh, giấu kắn việc Lân, khiến chư tướng chỉnh tế ựội ngũ, trực tiến ựến Tam Điệp
Đến Tam Điệp vào ngày 20 tháng 11 năm Mậu Thân (17-12-1788). Một mặt chia ựồn cố thủ, một mặt cho Nguyễn Văn Tuyết về cáo cấp Phú Xuân
Không gặp sức cản trở ựáng kể, Tôn Sĩ Nghị tiến quân dễ dàng
Đến Kinh Bắc ựược Vua Chiêu Thống ựón tiếp trọng thể. Nghị cùng nhà vua trực chỉ ựến Thăng Long cho ựại quân hạ trại ở Yên Phụ còn tướng doanh thì ựặt tại Tây Long Cung. Để tiện việc qua lại, một dãy cầu phao bắc ngang qua sông Nhị. Ngày hôm sau (21 tháng 11 năm Mậu Thân), Nghị phong Vua Chiêu Thống làm An Nam Quốc Vương tại ựiện Kắnh Thiên và quyết ựịnh sau tết Nguyên Đán mới xuất quân ựánh Nguyễn Huệ
Vào thành Thăng Long như vào chỗ không người, Nghị nghĩ rằng ựánh dẹp Tây Sơn sẽ dễ dàng như lấy ựồ trong túi, nên lơ ựãng việc binh, ngày ngày lo hưởng lạc thú
Vua Chiêu Thống tuy ựã thụ phong, nhưng phải theo niên hiệu Càn Long, và việc gì cũng phải bẩm lên Tôn Sĩ Nghị. Mỗi ngày sau buổi chầu, Chiêu Thống phải ựến dinh Sĩ Nghị ựể chầu chực việc cơ mật. Nhiều khi Nghị không cho vào, chỉ sai một người ra bảo: Không có việc gì quan trọng, Vua hãy về cung nghĩ. Thế mà không biết nhục, ngày ngày chỉ lo việc báo ân báo oán giết hại những người ựã theo Tây Sơn. Một người tôn nữ kết duyên cùng một tướng Tây Sơn, ựã có mang. Chiêu Thống sai mổ bụng, lấy thai nhi giết chết! Ba người hoàng phái hàng vai chú nhà vua, bị chặt chân quăng ra giữa chợ. Việc chém giết vì tư thù không ngày nào không có. Lương dân khủng khiếp! Một số nhân sĩ, trước hành vi tàn bạo của Chiêu Thống vẫn ôm mối cô trung như Bùi Huy Bắch, Phạm Quý Thắch, Phạm Đan PhụngẦ Có người nói Trung là trung với nhà Lê chớ ựâu phải trung với Vua Chiêu Thống. Lại có người nói Quân bất kắnh thần bất khả bất trung [61]
Những quan lại cũ ựã bỏ trốn trong lúc Nguyễn Hữu Chỉnh bị giết, nghe tin Vua Chiêu Thống trở về, lục tục kéo nhau tới thành ựô bái yết và ựến xin Tôn Sĩ Nghị ra quân ựánh Tây Sơn. Nghị ựáp: Năm ựã gần hết. Đi ựâu mà vội vàng? Giặc còn gầy, mình dung túng cho nó ắt lâu là nuôi cho nó béo, ựể rồi nó ựem thịt ựến nạp cho mình xơi, chẳng hay lắm sao? Rồi truyền ba quân ựóng trại nghỉ ngơi ựể ra giêng chiến ựấu
Nhà Tây Sơn
Quân lắnh của Sĩ Nghị thấy chủ tướng tham tàn dâm dật, tướng lệnh lại không nghiêm minh, nên tha hồ ngang dọc. Những vụ cướp bóc, hãm hiếp, tàn sát.. xảy ra hàng ngày
Nhân dân không mấy lúc ựược ăn ngon, ngủ yên. Nơi nơi ựồ thán! Cảnh nước loạn dân khổ ựến thế là cùng cực. Người người ựều trông mong cuộc ựời ựổi thay