Căn cứ quyết định số 242/QĐ – CYT ngày 01 tháng 10 năm 2013 của Cục trưởng Cục Y tế Giao thông vận tải quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Bệnh viện Nam Thăng Long thì Bệnh viện Nam Thăng Long có các chức năng, nhiệm vụ sau:
3.1.2.1. Chức năng của Bệnh viện
Bệnh viện Nam Thăng Long là bệnh viện đa khoa hạng II, là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Cục Y tế Giao thông vận tải, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Cục Y tế giao thông vận tải, có chức năng khám chữa bệnh, phòng bệnh, phục hồi chức năng cho cán bộ, công chức, viên chức, người lao động của các cơ quan, đơn vị thuộc ngành giao thông vận tải và các đối tượng khác theo quy định của pháp luật.
Bệnh viện Nam Thăng Long có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được hưởng các chế độ theo quy định của pháp luật, được mở tài khoản tại kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật, có trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội.
3.1.2.2. Nhiệm vụ của Bệnh viện
- Xây dựng trình Cục trưởng phê duyệt quy hoạch phát triển, kế hoạch dài hạn, 5 năm, hàng năm, các chương trình, dự án của bệnh viện.
- Tổ chức thực hiện các quy hoạch, kế hoạch về chăm sóc, bảo vệ sức khỏe và các nhiệm vụ khác của bệnh viện sau khi được các cấp có thẩm quyền phê duyệt.
- Tổ chức thực hiện các chủ trương, chính sách, các quy chế quản lý về chuyên môn nghiệp vụ y tế, tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật và thông tin về lĩnh chăm sóc và bảo vệ sức khỏe thuộc thẩm quyền.
- Khám bệnh – chữa bệnh
- Phục hồi chức năng – vật lý trị liệu - Đào tạo cán bộ y tế
- Chỉ đạo tuyến: Lập kế hoạch và chỉ đạo các đơn vị y tế tuyến dưới thực hiện các chương trình y tế và kế hoạch chăm sóc sức khỏe ban đầu cho cán bộ, công chức, viên chức, người lao động ngành GTVT và các tổ chức theo quy định của pháp luật.
- Hợp tác quốc tế: Tham gia các chương trình hợp tác quốc tế về lĩnh vực y tế theo quy định của pháp luật.
- Quản lý kinh tế y tế - tài chính - Thực hiện công tác tổ chức
- Quan hệ với các đơn vị y tế địa phương, các cơ quan có liên quan và phối hợp các đơn vị trực thuộc Cục để thực hiện chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được giao theo quy định của pháp luật.
- Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo sự phân công của Cục trưởng và theo quy định của pháp luật.