Trước Năm 1990, thời kỳ này chưa có sự chia cắt tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh Cục Thuế có tên gọi là: “Cục Thuế Tỉnh Nghệ Tĩnh”, Hà Tĩnh là một thị xã trực thuộc Tỉnh Nghệ Tỉnh, nghành Thuế gồm có 3 phòng chính là:
- Phòng quốc doanh - Phòng nông nghiệp
- Phòng công thương nghiệp
Cả 3 phòng trên đây đều trực thuộc Sở Tài Chính. Đến ngày 7 tháng 8 năm 1990 Hội Đồng Bộ Trưởng (HĐBT) có Nghị định số 281- HĐBT về việc thành lập hệ thống thu thuế Nhà Nước trực thuộc Bộ Tài Chính. Ngày 27 tháng 8 năm 1991 Bộ Tài Chính có Quyết định số 308 TC/QĐ/TCCB về việc thành lập Cục Thuế Tỉnh Hà Tĩnh. Từ đó cho đến nay Cục Thuế có tên gọi là: “Cục Thuế Tỉnh Hà Tỉnh ”.
Theo quyết định trên, Cục Thuế chịu sự chỉ đạo song trùng của UBND Tỉnh và Tổng Cục Thuế. Lúc này Cục Thuế gồm 8 phòng sau:
- Phòng thu quốc doanh
- Phòng quản lý ấn chỉ kế hoạch - Phòng hành chính - Tài vụ - Phòng thuế trước bạ và thu khác
- Phòng tổ chức cán bộ và thi đua tuyên truyền - Phòng thanh tra tố tụng về thuế
- Phòng nông nghiệp - Phòng ngoài quốc doanh
Đến năm 1993 tách phòng Hành chính - Tài vụ thành 2 phòng Hành chính và phòng Tài vụ. Ngày 3 tháng 8 năm 1998 Bộ Tài Chính có thông tư số 110/1998/TT/ BTC về việc hướng dẫn sửa đổi bổ sung cơ cấu bộ máy cục thuế Nhà Nước, các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Cục thuế Hà Tĩnh được mở rộng về quy mô một số phòng thay đổi tên gọi cho phù hợp với cơ chế mới và một số phòng được bổ sung thêm như sau:
- Phòng thuế khu vực kinh tế ngoài Quốc doanh các nghành công nghiệp -xây dựng- giao thông.
- Phòng Thuế khu vực kinh tế Quốc doanh các nghành lưu thông, phân phối, dịch vụ
- Phòng quản lý thu thuế các doanh nghiệp ngoài Quốc doanh và Quốc doanh quận huyện
- Phòng nghiệp vụ thuế
- Phòng kế hoạch- kế toán- thống kê - Phòng quản lý ấn chỉ
- Phòng Hành chính quản trị - Phòng tài vụ
Tháng 6 năm 2012 trước yêu cầu của sự thay đổi của nền kinh tế và sự toàn cầu hoá công nghệ thông tin, tin học, Phòng kế hoạch-kế toán - thống kê Tách thành hai phòng là: phòng xử lý thông tin tin học và phòng kế hoạch tổng hợp. Đến nay, Cục Thuế tỉnh Hà Tĩnh gồm có 12 phòng chức năng thuộc Văn phòng Cục Thuế, 12 Chi cục Thuế huyện, thành phố và 96 Đội chuyên môn, nghiệp vụ, Đội thuế xã, phường thuộc 12 Chi cục Thuế.