Để thực hiện mục tiêu cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hóa thủ tục hải quan nói chung và nâng cao công tác quản lý thuế nhập khẩu nói riêng nhất thiết phải dựa trên ứng dụng công nghệ thông tin, trong đó việc đảm bảo ổn định đường truyền tốc độ cao là hết sức quan trọng. Tuy nhiên, việc áp dụng thủ tục hải quan điện tử tại Chi cục HQCK cảng Vũng Áng còn nhiều hạn chế mà nổi bật là hệ thống mạng và tính kết nối với các hệ thống khác, hiện hệ thống chưa có các chức năng quan trọng như báo cáo, chức năng xử lý tờ khai sau khi được giám định có điều chỉnh về tên hàng, mã số. Ngoài ra, hệ thống mạng hải quan hiện chưa kết nối với các tổ chức thương mại, các cơ quan quản lý nhà nước như Thuế, Kho bạc, Ngân hàng... Vì vậy, nhiều khâu vẫn phải thực hiện theo phương pháp thủ công dẫn tới ùn tắc, chậm trễ thời gian giấy tờ do khâu chuyển tiếp bàn giao chứng từ. Các phần mềm ứng dụng CNTT như phần mềm quản lý hàng gia công, hàng SXXK, KTT559 (phần mềm kế toán theo dõi nợ thuế), GTT01 (phần mềm giá tính thuế)...thường xuyên bị lỗi kỹ thuật.
Hơn nữa, tại Chi cục HQCK cảng Vũng Áng số lượng tờ khai và kim ngạch của hàng hóa thuộc loại hình tạm nhập tái xuất thi công công trình chiếm tỷ lệ rất lớn. Khi thực hiện công văn số 3785/TCHQ-CCHĐH ngày 09/07/2013 của Tổng cục Hải quan về thủ tục hải quan đối với loại hình tạm nhập tái xuất thi công công trình thì Chi cục sẽ không hoàn thành các chỉ tiêu về thủ tục hải quan điện tử và không tạo được điều kiện
thuận lợi tối đa cho các chủ đầu tư, nhà thầu thi công tại Khu kinh tế cảng Vũng Áng.