khoa học và công nghệ 2008, Viện Khoa học Thủy Lợi miền Nam, Tr. 123
73Phúc Huy (2006), Thu hơn 200 tỉ đồng phí nước thải để… cất đi!, ngày 1 tháng3 năm 2006 , xem chi tiết tại http://vietbao.vn/Xa-hoi/Thu-hon-200-ti-dong-phi-nuoc-thai-de-cat-di/65046190/157/, truy cập tiết tại http://vietbao.vn/Xa-hoi/Thu-hon-200-ti-dong-phi-nuoc-thai-de-cat-di/65046190/157/, truy cập ngày 4 tháng4 năm 2011
thoát nước, một con số vượt quá số thu trung bình từ việc áp dụng phí nước thải. Điều này gợi ý rằng mức phí hiện nay còn quá thấp, và việc tăng mức phí này trong tương lai là điều cần thiết.
Xét trên khía cạnh tiêu cực, có thể thấy rằng một số địa phương chậm áp dụng phí nước thải, hoặc đương đầu với những thách thức lớn về năng lực trong việc hành thu. Số phí thu cũng thấp hơn so với ước tính. Hầu hết các tỉnh và các thành phố lớn ở trung tâm lưu vực đều đang thực hiện thu phí, trừ Hải Dương, Bắc Cạn, Hà Tây và Ninh Bình. Do năng lực về kĩ thuật và quản lý hạn chế, việc hành thu phí nước thải công nghiệp còn hạn chế và chưa đạt tới tiềm năng mà công cụ này có thể đạt được.
- Phí khai thác khoáng sản
Mặc dù các loại khoáng sản khai thác đa dạng theo từng địa điểm, cả mười loại khoáng sản thuộc diện điều tiết của phí khai thác khoáng sản theo Nghị định 137/2005/CP về Thu phí bảo vệ môi trường trong khai thác khoáng sản, hiện đều bị thu phí trên thực tế, cùng với việc khai thác vật liệu xây dựng (như đất, cát, đá, sỏi) ở cấp địa phương, làm nên cấu phần chính của
các hoạt động này. Chính quyền địa phương nhìn chung đều đồng tình rằng, với tư cách là một công cụ mới, khoản phí này đã giúp xác định các đối tượng đánh thuế phù hợp và tăng ý thức trách nhiệm tài chính hướng vào chính quyền trong các ngành chịu ảnh hưởng. Ví dụ như, phí này đã tạo ra một cơ sở thuận lợi để mở rộng việc thu phí đối với các hoạt động khai thác khoáng sản. Bên cạnh đó, trong việc vận dụng tới này, phí môi trường về khai thác khoáng sản đã tạo ra số thu đáng kể cho việc tái đầu tư của địa phương vào những biện pháp giải quyết những tác động về môi trường kéo theo sau các hoạt động khai thác. Số thu bình quân tại 44 tỉnh và thành phố trực thuộc trung ương trong năm 2006 là hơn 328 tỷ đồng74. Ngoài lợi ích tạo nguồn thu đáng kể, phí này cũng khuyến khích các đối tượng chịu thuế tìm tòi, cải tiến kĩ thuật quản lý đối với việc khai thác khoáng sản. Đồng thời, các cơ quan quản lý địa phương cũng tích cực làm tốt hơn việc quản lý khai khác khoáng sản trong phạm vi của mình.
Tuy vậy, trên thực tế thuế này vẫn còn tồn tại một số vấn đề trong việc thực thi, đòi hỏi cần phải tiếp tục nghiên cứu hơn