Một là, ở Việt Nam quyền con ngƣời đƣợc biết đến muộn hơn so với các nƣớc trên thế giới, quyền con ngƣời và bảo đảm quyền con ngƣời đã đƣợc phổ biến tuyên truyền nhƣng chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu thực tiễn. Trong khi đó truyền thống lịch sử và trong tâm niệm của ngƣời dân Việt Nam nhận thức về quyền con ngƣời chƣa cao, ý thức bảo vệ quyền con ngƣời còn hạn chế.
Hai là, hệ thống pháp luật TTHS còn thiếu sự đồng bộ, có chỗ còn chồng chéo mâu thuẫn, tính thống nhất chƣa cao và chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu thực tế, ảnh hƣởng đến quyền con ngƣời của những ngƣời tham gia tố tụng.
Các quy định của pháp luật TTHS về chức năng, nhiệm vụ của cơ quan THTT, ngƣời tiến hành bố tụng còn chƣa rõ ràng, thống nhất, chƣa có sự phối hợp chặt chẽ với nhau, làm ảnh hƣởng đến hiệu quả, chất lƣợng, tính kịp thời của các hoạt động tố tụng, không nâng cao đƣợc trách nhiệm của ngƣời THTT đối với việc giải quyết vụ án hình sự.
Các quy định về ngƣời tham gia tố tụng, đặc biệt là ngƣời bị tạm giữ, bị can, bị cáo chƣa đầy đủ, thiếu sự bình đẳng thể hiện là vai trò thụ động trong việc bảo đảm các quyền lợi của mình đối lập với vai trò tích cực, chủ động của cơ quan THTT.
Ba là, thiếu cơ chế kiểm tra, giám sát quyền con ngƣời của các cơ quan nhà nƣớc và sự tham gia của nhân dân.
Bốn là, các chế tài xử lý khi vi phạm quyền con ngƣời tuy đã đƣợc pháp luật quy định những chƣa đƣợc cụ thể, rõ ràng và nghiêm minh.
Năm là, điều kiện cơ sở vật chất và phƣơng tiện làm việc của các cơ quan tố tụng còn nhiều khó khăn, bất cập và chƣa đáp ứng đầy đủ so với yêu cầu nhiệm vụ.