Một trong những nguyên nhân ảnh hƣởng đến chất lƣợng của công tác xét xử là do trình độ chuyên môn nghiệp vụ, năng lực xét xử của Thẩm phán nhất là thẩm phán Toà án nhân dân địa phƣơng còn hạn chế, chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu của công tác xét xử hiện nay. Số thẩm phán đƣợc đào tạo chính quy cơ bản về kiến thức pháp luật và nghiệp vụ xét xử chỉ chiếm tỷ lệ khoảng 40% và tập trung vào các thành phố lớn và các tỉnh đồng bằng, còn ở các tỉnh miền núi phía bắc và Tây Nguyên đƣợc đào tạo “tại chức“ nên có hạn chế nhất định về kiến thức pháp luật cũng nhƣ trình độ ngoại ngữ, tin học. Hiện nay còn khoảng 200 thẩm phán Toà án nhân dân cấp tỉnh và cấp huyện chƣa có bằng đại học luật (5%). Đây là lý do dẫn đến việc một số thẩm phán còn bị
động, lúng túng trong việc điều khiển phiên toà, đánh giá các chứng cứ và xử lý các tình huống phát sinh tại phiên toà.
Báo cáo tổng kết công tác năm 2007 của ngành Toà án nhân dân nhận định : “vẫn còn một số cán bộ, Thẩm phán thiếu tinh thần trách nhiệm, sa sút về phẩm chất, thiếu ý thức rèn luyện trong công tác, sa đoạ, thoái hoá, biến chất nên đã không hoàn thành nhiệm vụ ...”. Tính riêng trong năm 2007 có tới 35 cán bộ, thẩm phán bị xử lý kỷ luật hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự, có 11 thẩm phán Toà án nhân dân địa phƣơng chƣa đƣợc xem xét để bổ nhiệm lại làm thẩm phán vì không hoàn thành nhiệm vụ. Điều này không chỉ gây mất lòng tin trong quần chúng nhân dân đối với vai trò xét xử của Toà án mà còn là nguyên nhân lý giải vì sao tỷ lệ các bản án bị huỷ do nguyên nhân chủ quan chiếm tới 0,4 % , bị sửa chiếm tới 1,05% số các bản án bị kháng cáo, kháng nghị. Đồng thời tồn tại nhiều trƣờng hợp cho bị cáo hƣởng án treo không đúng quy định của pháp luật.
Một nguyên nhân khác cũng khiến cho tình trạng vi phạm các quy định của pháp luật tố tụng xảy ra nhiều đó là do trình độ của kiểm sát viên tham gia phiên toà còn chƣa đồng đều, năng lực chuyên môn chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu của công cuộc cải cách tƣ pháp theo hƣớng nâng cao chất lƣợng tranh tụng hiện nay.