Tốc độ tăng trưởng nguồn vốn chưa cao, không ổn định do đố việc cân đối vốn cho đầu tư cho vay chưa được ổn định, nhất là cân đối vốn trung dài hạn cho lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn.
Hoàn thiện, chỉnh sửa, bổ sung cơ chế, chính sách tín dụng, chính sách khách hàng, chưa bắt kịp với sự thay đổi diễn biến của thị trường tài chính, tiền tệ, sự cạnh tranh đối với các TCTD khác: chính sách lãi suất, tỷ giá mua bán ngoại tệ, phí điều vốn, cơ chế quản lý hạn mức dư nợ, cho vay ngoại tệ...nên chưa tạo sự chủ động cho chi nhánh.
Việc xây dựng kế hoạch và điều hành kế hoạch kinh doanh chưa thực sự nhanh nhạy, chưa sát với thực tế và nhu cầu của thị trường nhất là nhu cầu cho vay theo mùa vụ. Việc triển khai, xây dựng các chương trình cho vay chưa cụ thể, đồng bộ, hiệu quả còn thấp. Việc xử lý, tháo gỡ các vướng mắc cho các chi nhánh trong quá trình triển khai thực hiện kế hoạch kinh doanh còn chậm. Chưa thực sự quan tâm đến hoạt động của chi nhánh loại 3 và Phòng giao dịch ở khu vực nông thôn.
Sự phối hợp giữa các đơn vị liên quan tại trụ sở chính trong việc xử lý những vấn đề vường mắc của chi nhánh tiến hành còn chậm như cơ cấu nợ, miễn giảm lãi. Bên cạnh đó, bản thân các Chi nhánh chưa quan tâm, theo dõi, nắm bắt tình hình hoạt động và những khó khăn của khách hàng vay vốn.
Sự phối hợp giữa ngân hàng với các Tổ chức chính trị xã hội còn chưa chặt chẽ, việc tuyên truyền, phổ biến các nội dung thông qua sinh hoạt của các tổ vay vốn còn đơn điệu, chưa phát huy được hiệu quả.
Công tác phân tích, dự báo về hoạt động tín dụng còn hạn chế, xác định tiêu chí cho vay lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn chưa sát với thực tế.
Năng lực của một bộ phận cán bộ quản lý, cán bộ có liên quan đến công tác tín dụng còn bộc lộ nhiều hạn chế cả về đạo đức và năng lực trình độ chuyên môn.
Một số chi nhánh chưa chủ động xây dựng các giải pháp để triển khai thực hiện các chương trình cho vay nông nghiệp, nông thôn, chậm chuyển đổi cơ cấu đầu tư tín dụng. Chủ yếu tập trung vốn vào khu vực Hội sở cho các khách hàng lớn trong khi các khu vực nông thôn vẫn xảy ra tình trạng thiếu vốn cho sản xuất. Sự phối hợp giữa ngân hàng và các cấp hội còn chưa chặt chẽ.
Công tác kiểm tra và chấn chỉnh sau kiểm tra, thanh tra hiệu quả chưa cao nên các sai phạm chậm được phát hiện và tiếp tục phát sinh những sai phạm trong hoạt động cấp tín dụng.
Hiệu quả hoạt động của các tổ thu hồi nợ xấu chưa cao, chưa có phương án cụ thể xử lý nợ đối với từng khoản nợ kể cả sau khi có thông báo phân tích, chỉ đạo, hướng dẫn của Trụ sở chính, chưa có sự phối kết hợp giữa tổ xử lý nợ với người điều hành mới của chi nhánh dẫn đến nợ xấu tiếp tục tăng cao. Một số Giám đốc tại chi nhánh mới được bổ nhiệm, luân chuyển, điều động, một số chi nhánh tiếp nhận chi nhánh bị sáp nhập chưa thực sự quyết tâm xử lý đối với các khoản nợ phát sinh từ trước.