Tình hình kinh tế trong giai đoạn 2010-2012 gặp nhiều khó khăn, tốc độ tăng trưởng kinh tế đạt khá, nhưng thấp hơn mục tiêu đề ra, lạm phát mặc dù được kiểm soát nhưng giá vàng, ngoại tệ vẫn còn nhiều biến động; lãi suất huy động và cho vay dần được điều chỉnh giảm nhưng vẫn còn cao so với khả năng của hộ nông dân, cá nhân và doanh nghiệp trong bối cảnh hoạt động kinh doanh gặp nhiều khó khăn, nhiều doanh nghiệp sản xuất cầm chừng, thu hẹp quy mô kinh doanh, không có khả năng trả nợ đến hạn, hàng tồn kho tăng cao, việc tiêu thụ hàng hóa sụt giảm, khả
năng hấp thụ vốn của nền kinh tế còn thấp dẫn đến việc mở rộng cho vay gặp nhiều khó khăn.
Việc đầu tư cho vay đối với nông nghiệp nông thôn thường gặp phải những rủi ro bất khả kháng. Một số khoản vay của các hộ nông dân, doanh nghiệp nhỏ và vừa ở khu vực nông thôn chịu thiệt hại do thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh dẫn đến không trả được nợ làm phát sinh nợ xấu.
Một số khách hàng vay nhiều tổ chức tín dụng, khi bị chuyển nợ xấu do Tổ chức tín dụng khác thì tại Agribank cũng bị chuyển nợ xấu.
Cạnh tranh giữa các ngân hàng thương mại trong việc đầu tư vốn, cung cấp sản phẩm dịch vụ tiện ích cho khách hàng hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn ngày càng gay gắt.
Nông sản được mùa, giá hàng hóa nông sản lại tăng cùng với tính mùa vụ thay đổi nên nhu cầu vay vốn của hộ sản xuất giảm.
Sự quá tải của Cán bộ tín dụng trên địa bàn khu vực nông thôn, điều này là một trở ngại lớn trong việc mở rộng cho vay, do khả năng tiếp cận với khách hàng mới giảm, khả năng quản lý khoản cho vay giảm dẫn đến việc mở rộng cho vay không có hiệu quả.
Thủ tục giao đất, cấp chứng nhận quyền sử dụng đất cho hộ nông dân, các mô hình kinh tế trạng trại ở một số địa phương còn chậm, chưa thông thoáng để tạo điều kiện cho người dân có đất sản xuất và đáp ứng các điều kiện, thủ tục vay vốn.
Cho vay đối với ngành chăn nuôi, một trong những ngành tạo ra nguồn thu lớn cho khu vực nông nghiệp nông thôn gặp một số khó khăn sau: các loại dịch bệnh chưa được khống chế, ảnh hưởng lớn đến người chăn nuôi. Nhà nước chưa có chính sách ưu đãi về vốn, dịch vụ thú y, kỹ thuật, thu mua, trợ giá, đất đai, bảo hiểm... đối với ngành chăn nuôi. Giá cả thức ăn chăn nuôi tăng cao và nhiều lần trong năm làm giảm hiệu quả sản xuất.
Lĩnh vực cho vay sản xuất ở nông nghiệp nông thôn, cụ thể là cho vay xuất khẩu lao động gặp khó khăn: Tác động của khủng hoảng kinh tế toàn cầu nên nhu cầu vay vốn đi xuất khẩu lao động giảm; Thị trường XKLĐ của Việt Nam hiện nay chủ yếu vẫn tập trung ở những thị trường có mức thu nhập thấp, số tiền cho vay thấp chủ yếu vẫn tập trung ở những thị trường có mức thu nhập, số tiền cho vay thấp chủ yếu không có tài sản, nên người lao động phải về nước trước hạn, không có nguồn thu để trả nợ dẫn tới phát sinh nợ xấu.