Điểm mấu chốt và quan trọng nhất của Nghị định 109 của Chính phủ về kinh doanh xuất khẩu gạo có hiệu lực từ 1/1/2011 là đưa ra những điều kiện ràng buộc tương đối khắt khe đối với các doanh nghiệp tham gia kinh doanh xuất khẩu gạo. Theo đó, thương nhân muốn kinh doanh xuất khẩu gạo phải được Bộ Công Thương cấp giấy chứng nhận, phải đáp ứng đủ 3 điều kiện, gồm: Được thành lập, đăng ký kinh doanh theo quy định của pháp luật; có ít nhất 1 kho chuyên dùng với sức chứa tối thiểu 5.000 tấn lúa, phù hợp với quy chuẩn chung do Bộ NN&PNT ban hành; có ít nhất 1 cơ sở xay xát lúa, gạo với công suất tối thiểu 10 tấn lúa/giờ. Nghị định 109 cũng quy định, kể từ ngày 1/10/2011, thương nhân không có giấy chứng nhận sẽ không được hoạt động kinh doanh xuất khẩu gạo. Nghị định cũng mở ra cho các doanh nghiệp là trong thời hạn 1 năm, thương nhân được thuê kho chứa, cơ sở xay xát để đáp ứng điều kiện kinh doanh xuất khẩu gạo. Nếu không đáp ứng các tiêu chí, doanh nghiệp chỉ được tham gia cung ứng gạo xuất khẩu, chứ không thể xuất khẩu trực tiếp.
Theo ý kiến của tác giả Nghị định 109 ra đời là một chủ trương phù hợp, góp phần thiết lập lại trật tự kinh doanh xuất khẩu gạo; bảo vệ được
quyền lợi cho nhà sản xuất và nâng cao giá trị xuất khẩu gạo, hướng đến an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, cũng có một số quy định của Nghị định 109 chưa sát với tình hình sản xuất và kinh doanh lúa gạo ở các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long. Hầu hết doanh nghiệp phản ánh, từ trước đến nay trên địa bàn tỉnh có nhiều nhà máy xay xát nằm ở vùng nguyên liệu; hàng xáo thu mua lúa đến nhà máy xay xát xong mới mang đến cho những nhà máy lớn để đánh bóng lại và đóng qui cách xuất khẩu. Do đó, doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu gạo chỉ đầu tư vào nhà máy lau bóng gạo chứ chưa đầu tư vào nhà máy xay lúa và kho chứa lúa. Vì vậy, nhiều doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu gạo đều vướng là thiếu nhà máy xay lúa và kho chứa lúa theo quy định mới. Trong khi đó, trong điều kiện kinh tế khó khăn như hiện nay, việc đầu tư nhà máy xay xát, kho chứa lúa không phải là điều đơn giản đối với các doanh nghiệp.
Trước đòi hỏi của thực tế, nhiều doanh nghiệp cũng có dự kiến đầu tư nhà máy xay xát từ nhiều năm qua nhưng do tình hình kinh tế khó khăn, thắt chặt tín dụng và lãi suất vay ngân hàng quá cao, trong khi giá cả tất cả các loại nguyên liệu đều lên cao đã làm cho doanh nghiệp gặp khó khăn. Muốn làm nhà máy xay xát phải có mặt bằng, kể cả mặt bằng chứa lúa, trấu và đầu tư quy trình kỹ thuật đáp ứng các tiêu chuẩn xuất khẩu nên cần số vốn rất lớn, trong khi nhiều doanh nghiệp hiện đang "hụt hơi" về vốn lưu động. Nếu mở rộng đầu tư mà không có chính sách hỗ trợ của Nhà nước thì doanh nghiệp không thể thực hiện. Trong điều kiện khó khăn như hiện nay, doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu mong muốn rằng, Chính phủ nên cho gia hạn thời gian thực hiện xây dựng nhà máy xay xát và kho chứa lúa thêm thời gian nữa, chẳng hạn điều chỉnh lên 2-3 năm nữa để doanh nghiệp có thời gian đầu tư tốt hơn. "Qui định mới là doanh nghiệp phải có kho chứa chuyên dùng 5.000 tấn lúa nhưng có thể qui đổi ra kho chứa gạo được
hay không. Bởi hầu hết doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu gạo trên địa bàn tỉnh đều mua gạo nguyên liệu về lau bóng xuất khẩu chứ không mua lúa do hiệu quả kinh tế thấp hơn. Nếu "căng" theo tất cả các qui định mới của Nghị định 109, cả nước chỉ còn gần 30 doanh nghiệp đủ điều kiện xuất khẩu gạo trực tiếp, thay vì trên 200 doanh nghiệp tham gia xuất khẩu như hiện nay".
Nghị Định 109 cũng quy định “Bộ Công Thương phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Ủy ban nhân dân các tỉnh có sản lượng lúa hàng hóa lớn và Hiệp hội Lương thực Việt Nam, điều hành việc xuất khẩu gạo hàng năm theo nguyên tắc: bảo đảm về an ninh lương thực; tiêu thụ hết lúa hàng hóa và bảo đảm giá lúa có lợi cho nông dân, đồng thời phù hợp mặt bằng giá cả hàng hoá trong nước; kiến nghị Thủ tướng Chính phủ các giải pháp xử lý khi các nguyên tắc này không được bảo đảm hài hoà.” Để bảo đảm định hướng trên, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan chịu trách nhiệm về việc dự báo và tính toán khối lượng gạo hàng hóa có thể xuất khẩu sau khi trừ đi các nhu cầu tiêu dùng trong nước và yêu cầu về dự trữ. Đối với những hợp đồng xuất khẩu theo thoả thuận của Chính phủ Việt Nam với Chính phủ nước ngoài (hợp đồng Chính phủ), Bộ Công Thương trao đổi với Hiệp hội Lương thực Việt Nam để Hiệp hội thống nhất việc tổ chức giao dịch, ký kết hợp đồng và giao hàng (Nghị Định 12/2006/NĐ-CP, đã dẫn). Những hợp đồng này chiếm khoảng trên 50% trong tổng số khối lượng gạo xuất khẩu của Việt Nam hằng năm. Các hợp đồng Chính phủ này cũng được Hiệp hội chỉ định giao dịch dự thầu hoặc ký kết hợp đồng xuất khẩu tập trung thông qua việc lựa chọn thương nhân dự thầu (Điều 2, Quy chế thực hiện các hợp đồng xuất khẩu gạo tập trung, Hiệp Hội Lương Thực Việt Nam, 2009). Thương nhân được cử tham gia dự thầu và trúng thầu hoặc được chỉ định để ký hợp đồng tập
trung sẽ được xuất khẩu trực tiếp 20% số lượng hàng hóa của hợp đồng đã ký. Và 80% số lượng hàng hóa còn lại của hợp đồng, Hiệp hội sẽ phân giao cho các thương nhân thành viên có năng lực khác ủy thác xuất khẩu. Còn lại khoảng dưới 50% tổng lượng xuất theo hợp đồng thương mại, do các doanh nghiệp tự quyết định, tự tìm nguồn hàng và đăng ký với Hiệp hội. Căn cứ vào kết quả đăng ký hợp đồng và thực hiện kế hoạch 6 tháng đầu năm, Hiệp Hội Lương thực Việt Nam sẽ nhận đăng ký tiếp số lượng xuất khẩu 6 tháng cuối năm cho các đơn vị trên cơ sở chỉ tiêu xuất khẩu gạo định hướng đã được Chính phủ thông báo (Mục 6, Điều 2, Quy chế đăng ký hợp đồng xuất khẩu gạo, Hiệp Hội Lương thực Việt Nam, 2009). Ngoài ra, quy chế của Hiệp hội cũng quy định rõ là khi đàm phán với đối tác ký hợp đồng, các thành viên phải đưa vào điều khoản về việc đăng ký hợp đồng với Hiệp hội và phải được Hiệp hội chấp thuận mới có hiệu lực. Do đó, doanh nghiệp xuất khẩu phải đăng ký hợp đồng, và phải được Hiệp hội chấp thuận mới được xuất khẩu (Hiệp Hội Lương thực Việt Nam, 2009). Như vậy, rõ ràng nhiệm vụ chủ yếu của Hiệp hội là thay mặt Nhà nước chỉ định giao dịch dự thầu hoặc ký kết hợp đồng xuất khẩu tập trung, xuất khẩu cho các công ty thành viên dựa trên các hợp đồng Chính phủ; kiểm soát các hợp đồng thương mại; và giám sát giá xuất khẩu dựa trên giá xuất tối thiểu được Hiệp hội ấn định theo từng thời điểm. Hiện nay, thương nhân thuộc các thành phần kinh tế đều được phép xuất khẩu gạo, lúa hàng hóa. Theo Hiệp Hội Lương Thực Việt Nam hiện nay cả nước ta có hơn 200 doanh nghiệp tham gia xuất khẩu gạo. Hầu hết các doanh nghiệp xuất khẩu gạo đều không có đủ năng lực vốn, kho bãi, nhà máy sấy lúa và chế biến nên không thu mua lúa dự trữ sẵn sàng cho xay xát xuất khẩu, mà chỉ thu mua gạo xuất khẩu từ hệ thống doanh nghiệp cung ứng gạo sau khi ký kết được hợp đồng. Cơ chế thu mua chế biến lúa gạo xuất khẩu diễn ra chủ yếu
theo phương thức “mua đứt bán đoạn” giữa những tác nhân sản xuất, chế biến và thương mại trong ngành hàng và không tồn tại liên kết dọc thật sự trong ngành hàng. Doanh nghiệp xuất khẩu căn cứ trên giá hợp đồng, dự kiến mức lợi nhuận sau khi trừ chi phí và thuế, để định giá mua gạo từ các doanh nghiệp cung ứng. Các doanh nghiệp cung ứng gạo xuất khẩu mà đa số là doanh nghiệp tư nhân kiêm chức năng xay xát, lau bóng và đóng gói thành phẩm, dựa trên mức giá bán cho doanh nghiệp xuất khẩu, dự kiến mức lợi nhuận sau khi trừ chi phí và thuế để định giá thu mua gạo nguyên liệu (gạo lức hoặc gạo 25% tấm) từ các nhà máy xay xát trong vùng sản xuất. Các nhà máy căn cứ trên giá mua của doanh nghiệp cung ứng gạo xuất khẩu, định giá thu mua lúa thông qua mạng lưới thương lái thu mua lúa tươi (tại ruộng) hoặc lúa khô (tại nhà) để sấy, xay xát đến mức gạo nguyên liệu. Thương lái thu mua lúa sẽ căn cứ vào giá đặt hàng từ các nhà máy xay xát để định giá mua lúa của nông dân. Việc kinh doanh xuất khẩu gạo qua quá nhiều khâu như vậy làm cho hiệu quả kinh tế giảm, mà đối tượng chịu thiệt thòi nhất chính là người nông dân.
Giá gạo xuất khẩu ảnh hưởng đến giá thu mua lúa trong nước, mà giá thu mua lúa trong nước liên quan trực tiếp đến thu nhập của nông dân. Như vậy, giá gạo xuất khẩu quyết định thu nhập của nông dân nên đúng ra giá thu mua lúa phải do nông dân hoặc Chính phủ thay nông dân quyết định. Nhưng thực tế lại không diễn ra như vậy. Với cơ chế hiện nay, VFA được toàn quyền ấn định giá gạo xuất khẩu và ấn định giá thu mua lúa trong nước. Cơ chế đó khiến nông dân - người làm ra hạt lúa - phụ thuộc vào VFA. Điều bất hợp lý trong cơ chế điều hành xuất khẩu gạo hiện nay là VFA được giao định giá xuất khẩu nhưng lợi nhuận của họ lại độc lập với mức giá này, trong khi nông dân không được quyền tham gia ý kiến. Mặt
khác, xuất khẩu gạo của nước ta từ trước đến nay chủ yếu thông qua hai đầu mối là Tổng công ty Lương thực miền Bắc (Vinafood 1) và Tổng công ty Lương thực miền Nam (Vinafood 2). Hai đơn vị này chiếm trên 80% lượng gạo xuất khẩu, do vậy đã hình thành thế độc quyền trong điều hành xuất khẩu gạo. “Do độc quyền, các tổng công ty có thể tự làm giá, điều tiết lưu thông mua bán lúa gạo của nông dân và xuất khẩu theo chủ quan của mình. Đương nhiên, lợi nhuận từ xuất khẩu gạo phần lớn thuộc về các doanh nghiệp này. Khi nắm trong tay thị trường tập trung (mua bán theo hình thức đấu thầu), các tổng công ty có đủ điều kiện định giá mua lúa gạo trong nước thấp hơn giá bỏ thầu để thu lợi. Các đối tác nước ngoài mua gạo theo hợp đồng thương mại sẽ không dại gì trả giá cao hơn giá bỏ thầu của các tổng công ty tại thị trường tập trung. Điều này khiến chúng ta đang bị tổn thất kép, ảnh hưởng tới quyền lợi của cả nông dân và nhà nước. Đáng nói là việc độc quyền còn gây ra nhiều hệ lụy khác, ví dụ như khi các tổng công ty lương thực chưa cần mua gạo để giãn tiến độ xuất khẩu thì lập tức giá lúa gạo trong nước xuống thấp, khiến nông dân khó khăn trong việc tiêu thụ và bị thương lái ép giá. Kéo theo đó, các tổng công ty lương thực sẽ được Chính phủ hỗ trợ tài chính, tín dụng để mua gạo tạm trữ. Khuyết tật của cơ chế điều hành xuất khẩu gạo đã gây bất bình cho người sản xuất, các doanh nghiệp ngoài quốc doanh, và làm giảm động lực sản xuất, triệt tiêu việc huy động nhân lực, vật lực đầu tư cho sản xuất, kinh doanh lúa gạo. Điều nguy hại hơn là dễ phát sinh tiêu cực trong xuất khẩu gạo.