Khi xác định được vấn đề cần phản biện, chủ thể báo chí cần tổ chức vấn đề phản biện đó một cách khoa học. Trong khuôn khổ các tờ báo in, với giới hạn diện tích con chữ thì làm cách nào để tạo diễn đàn phản biện hợp lý, hiệu quả nhất là vấn đề cần được tổ chức.
Ban biên tập phác thảo ra vấn đề phản biện dựa trên nội dung gì, tham khảo ý kiến chuyên gia nào, khảo sát ý kiến công chúng trong phạm vi nào, dự tính kéo dài bài phản biện trong bao nhiêu kì. Đứng đầu ban biên tập, Tổng biên tập định hướng nội dung trong phác thảo ban biên tập đưa ra, quyết định tiến hành hoạt động phản biện xã hội về vấn đề đó hay không tiến hành hoạt động phản biện xã hội đó trong thời điểm hiện tại, nếu tiến hành thì cách thức thực hiện nó theo các bước nào.
Ở vấn đề đổi mới giáo dục tiểu học, các báo in nhìn chung đã chọn được đúng vấn đề phản biện, song do chưa đánh giá đúng tầm quan trọng cũng như khả năng độc lập của vấn đề đổi mới giáo dục tiểu học nên việc tổ chức hoạt động phản biện ở các báo không tập trung. Việc xác định tư duy, triết lý giáo dục chưa tất cả các báo coi trọng. Báo GD&TĐ chủ yếu giải
thích, làm rõ những luận điểm chính sách giáo dục Quốc hội hoặc bộ GD&ĐT thông qua. Báo HNM, SGGP đưa ra vấn đề phản biện nhưng không theo sát, không tìm giải pháp để giải quyết triệt để vấn đề. Tạp chí Tia sáng có nhiều bài viết là ý kiến chuyên gia trình bày được vấn đề cốt lõi của đổi mới giáo dục là đổi mới bắt đầu từ tiểu học với một tư duy triết lý rõ ràng, song lại thiếu những bài viết phản ánh thực tế quy trình đổi mới giáo dục tiểu học đang diễn ra….