Tuy đã đạt được những thành tựu cơ bản như trên nhưng nhìn chung, công tác QLNN đối với du lịch biển ở Cửa Lò vẫn còn nhiều thiếu sót. Đó là nguyên do giải thích tại sao du lịch biển Việt Nam nói chung, du lịch biển Cửa Lò nói riêng chưa được phát triển tương xứng với tiềm năng hiện có và chưa được khẳng định mạnh mẽ trên thị trường khu vực và quốc tế. Những tồn tại đó bao gồm:
- Công tác quản lý quy hoạch du lịch biển và chỉnh trang đô thị còn nhiều hạn chế. Nhiều nơi quy hoạch còn rất bất cập đã phá vỡ cảnh quan môi trường du lịch biển. Mặc dù phát triển khu du lịch biển Cửa Lò trong thời gian qua đã có quy hoạch, như khi quy hoạch chưa tính đến đặc thù của vùng biển, đặc thù của khách du lịch biển. Phần lớn quy hoạch nghiêng về quy hoạch đô thị hơn là quy hoạch khu du lịch ở một vùng biển mang tính chất khí hậu bốn mùa rõ rệt, dẫn đến cơ sở dịch vụ xây dựng mới đáp ứng phần nào khách du lịch nội địa, gần như chưa đáp ứng nhu cầu khách du lịch quốc tế. Chất lượng quy hoạch chưa cao, không ít vùng quy hoạch bị phá vỡ, xây dựng ồ ạt dẫn đến tình trạng bê tông hóa, phá vỡ cảnh quan, gây ô nhiễm môi trường.
- Chương trình thực hiện chiến lược biển Việt Nam đến năm 2020 được ban hành nhưng vẫn chưa có chương trình, chính sách cụ thể để phát triển ngành du lịch biển Việt Nam nên cũng chưa có chương trình cụ thể cho sự phát triển du lịch biển Nghệ An nói chung và du lịch biển thị xã Cửa Lò nói riêng.
- Các doanh nghiệp kinh doanh du lịch hầu hết thuộc vào hạng vừa và nhỏ, năng lực quản lý yếu kém. Nhiều KDL, điểm du lịch còn khai thác ở trạng thái tự
nhiên, chưa được đầu tư tôn tạo. Các sản phẩm du lịch biển chưa đa dạng, chưa phong phú, sức cạnh tranh thấp, còn đơn điệu nên chưa kéo dài được thời gian lưu trú của du khách, chưa đáp ứng được yêu cầu của từng đối tượng khách, của mỗi loại thị trường. Các dịch vụ để du khách chi tiền vẫn còn thiếu, đặc biệt là các khu vui chơi giải trí chất lượng cao chưa được đầu tư xây dựng, đây cũng là lý do tại sao du lịch biển Cửa Lò chưa phát triển bằng với những địa phương trong nước có biển.
- Quy mô và chất lượng hệ thống kết cấu hạ tầng, nhất là hạ tầng về giao thông và chỗ nghỉ chưa đáp ứng được yêu cầu ngày càng cao của du khách biển. An toàn giao thông, chất lượng phương tiện vận chuyển khách đang là vấn đề bức xúc. Về cảng biển thì hiện nay chỉ mới phục vụ hoạt động bốc xếp hàng hóa mà hầu như chưa đưa vào phục vụ vận chuyển khách du lịch đến tham quan. Vì thế, doanh thu dịch vụ du lịch biển từ cảng biển là chưa có.
- Công tác QLNN về du lịch trên địa bàn Thị xã còn nhiều bất cập. Việc chủ động phối kết hợp với các ngành, các cấp liên quan trong thị xã trong lĩnh vực du lịch biển chưa thật sự tốt. Chẳng hạn, trong việc bảo vệ môi trường du lịch biển UBND Thị xã đã có sự quan tâm chỉ đạo và cùng với Công an Thị xã, công an các phường, xã, đội thanh tra đô thị, đội an ninh đã có sự phối hợp triển khai lực lượng đảm bảo an ninh, trật tự tại các điểm đậu đỗ xe du lịch, điểm tham quan, mua sắm... Tuy nhiên, vẫn còn rất nhiều tồn tại, bất cập. Phát triển du lịch biển đang đứng trước những nguy cơ về ô nhiễm môi trường do quy hoạch và quản lý quy hoạch đô thị chưa được triển khai kịp thời; Một số cơ quan, ban, ngành, phường, xã, tổ chức, cá nhân tham gia kinh doanh dịch vụ du lịch chưa thực hiện tốt nội dung kế hoạch của UBND thị xã và Quy chế quản lý du lịch đề ra: công tác chỉ đạo thực hiện Chủ trương “5 không” có lúc còn biểu hiện buông lỏng. Tình hình an ninh trật tự, an toàn xã hội mặc dù được tăng cường nhưng vẫn tiềm ẩn phức tạp. Công tác phòng chống cháy nổ chưa được các đơn vị, cá nhân tham gia kinh doanh quan tâm, đặc biệt là các ki ốt tạm.
- Nguồn nhân lực du lịch biển còn hạn chế, trình độ ngoại ngữ, chuyên môn nghiệp vụ chưa đáp ứng yêu cầu. Do tính thời vụ lớn nên các đơn vị kinh doanh dịch vụ du lịch biển trên địa bàn thị xã Cửa Lò, đặc biệt là các hộ kinh doanh du lịch nhỏ lẻ vẫn còn sử dụng nhiều lao động phổ thông chưa qua đào tạo chuyên môn, nghệp vụ về du lịch, ảnh hưởng rất lớn tới chất lượng phục vụ khách trong thời điểm mùa du lịch biển. Nguồn nhân lực phục vụ du lịch và văn hóa giao tiếp trong hoạt động kinh doanh du lịch tuy được tập huấn nhiều nhưng chưa đáp ứng yêu cầu.
- Nguồn đầu tư vào lĩnh vực du lịch biển Thị xã chưa đáp ứng được nhu cầu phát triển. Một số dự án mặc dù đã đăng ký vốn đầu tư nhưng chậm triển khai thực hiện hoặc thực hiện chậm tiến độ so với kế hoạch, không đúng với thiết kế ban đầu vẫn chưa bị xử lý nghiêm minh và kịp thời.
- Công tác tuyên truyền quảng bá về du lịch biển Cửa Lò tại các thị trường trong nước và quốc tế còn rất hạn chế, chưa đáp ứng với yêu cầu phát triển du lịch trong giai đoạn mới.