Mặc dù đạt được những kết quả đáng khích lệ trong hoạt động cho vay DNVVN, tuy nhiên, chất lượng cho vay của SGD MB vẫn cần khắc phục một số các hạn chế sau để chất lượng cho vay được nâng cao hơn nữa:
Thứ nhất, sản phẩm cho vay chưa thực sự đa dạng. Mặc dù có nhiều loại hình cho vay như: vay từng lần, vay theo hạn mức, vay theo dự án, vay trả góp… đã được triển khai và áp dụng nhưng hiện nay chủ yếu các DNVVN chỉ vay theo hình thức vay từng lần và vay theo hạn mức thì chỉ chiếm tỷ lệ nhỏ.
Các cán bộ của Sở Giao Dịch cần biết tận dụng những ưu điểm của từng loại hình cho vay để tiếp thị đến từng đối tượng khách hàng để cho các doanh nghiệp biết được những sản phẩm cho vay phù hợp nhất với tình hình kinh doanh cũng như mục đích của doanh nghiệp. Từ đó, nâng cao dư nợ cho vay cũng như đáp ứng được nguồn vốn tài trợ cho từng đối tượng khách hàng một cách thích hợp.
Thứ hai, hệ thống thông tin khách hàng được coi là yếu tố hàng đầu giúp SGD MB tăng doanh số cho vay và doanh số thu nợ qua các năm, tuy nhiên, phải nói rằng mặc dù được hệ thống đã được sắp xếp lại, dần được hoàn thiện nhưng cán bộ thẩm định vẫn gặp phải rất nhiều khó khăn trong việc thu thập thông tin của khách hàng, điều này ảnh hưởng không nhỏ tới khả năng thẩm định dự án của cán bộ thẩm định và ảnh hưởng trực tiếp tới chất lượng cho vay
Thứ ba, tỷ lệ nợ quá hạn đang tăng dần và đã gần tới tỷ lệ 2%. Sở Giao Dịch cần xem xét lại và giảm tỷ lệ này. Tuy tỷ lệ này chưa phải là cao so với hệ thống, nhưng so với mức dư nợ của chi nhánh thì tỷ lệ này chưa phải là mức hợp lý. Nợ xấu nhóm 3 đã xuất hiện ở một số năm. Vì vậy Sở Giao Dịch cần chú ý không để phát sinh nợ xấu gây ảnh hưởng tới chất lượng cho vay của Sở Giao Dịch.