Vốn từ TPCP thƣờng đƣợc chi đầu tƣ phát triển trong nƣớc. Một số công trình đƣợc đƣợc xây dựng nhờ phát hành trái phiếu công trình trung ƣơng nhƣ Thủy điện YaLy, Khu đô thị Định Công – Hà Nội... đã và đang hoạt động rất tốt. Vốn TPCP đã đƣợc sử dụng có hiệu quả tại nhiều công trình, dự án giao thông, thủy lợi, xã hội... Thế nhƣng, bên cạnh mặt tích cực, công tác phát hành, quản lý và sử dụng TPCP vẫn còn thiếu sót, làm giảm hiệu quả sử dụng. Năm 2012, Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội đã làm việc với Bộ Kế hoạch và Đầu tƣ, Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Y tế… và các tỉnh: Phú Thọ, Nam Định, Thái Bình… về việc sử dụng TPCP giai đoạn 2011- 2015, nhằm làm rõ một số hạn chế trong việc sử dụng vốn TPCP. Theo đó, nhiều bộ, ngành và địa phƣơng đăng ký nhu cầu vốn, lập kế hoạch vốn TPCP chƣa thỏa đáng, thiếu chặt chẽ. Công tác thẩm định, phê duyệt dự án đầu tƣ sử dụng vốn TPCP còn nhiều sai sót, xác định tổng mức đầu tƣ, tổng dự toán sơ sài, thiếu chính xác, khi thực hiện phải điều chỉnh nhiều lần, với mức tăng cao làm vỡ kế hoạch sử dụng vốn...
Qua khảo sát thực tế tại các dự án giao thông trục chính nối thị xã Phú Thọ với quốc lộ 2, tuyến đƣờng bộ đoạn Phủ Lý- Mỹ Lộc (Hà Nam)... còn có nhiều vấn đề. Ở nhiều địa phƣơng, chỉ đạo thi công vƣợt khối lƣợng khá lớn so với số vốn đƣợc phê duyệt, không bám sát kế hoạch vốn đƣợc nhận hàng năm để phân kỳ đầu tƣ, gây nợ khối lƣợng xây dựng cơ bản lớn, tạo gánh nặng nợ cho NSNN…