chuyên môn trong việc giải quyết khiếu nại hành chính
Theo quy định của Luật thanh tra hiện hành và cả Luật Thanh tra có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2011 thì các tổ chức thanh tra được tổ chức theo cấp hành chính và theo ngành, lĩnh vực tương ứng là các cơ quan thanh tra hành chính và các cơ quan thanh tra chuyên ngành.
Quan hệ giữa các cơ quan thanh tra nhà nước trong việc giải quyết khiếu nại chủ yếu mang tính chất chuyên môn nghiệp vụ. Nhất là trong hoạt động thẩm tra, xác minh vụ việc khiếu nại. Những quan hệ chính thức giữa cơ quan thanh tra chuyên trách (thanh tra hành chính) với các cơ quan thanh tra chuyên ngành chủ yếu thực hiện thông qua thủ trưởng cơ quan quản lý ngành.
Vấn đề nảy sinh khá phức tạp trong mối quan hệ giữa các tổ chức thanh tra hiện nay xuất phát từ việc chưa có sự phân định thật rõ ràng về chức năng, nhiệm vụ giữa hoạt động thanh tra hành chính và hoạt động thanh tra chuyên ngành và dẫn đến không phân biệt được chức năng giữa thanh tra hành chính được tổ chức theo cấp hành chính với thanh tra chuyên ngành được tổ chức theo ngành, lĩnh vực. Điều này thấy rõ ràng nhất trên địa bàn một địa phương qua mối quan hệ giữa thanh tra tỉnh với thanh tra các sở, ngành. Về mặt lý
thuyết, đối với một vụ việc khiếu nại xẩy ra tại địa bàn tỉnh thì thẩm quyền giải quyết thuộc về Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh đó và thanh tra tỉnh sẽ giúp Chủ tịch Ủy ban nhân dân xem xét, quyết định. Nhưng cũng có những trường hợp Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh giao cho Sở, ngành giúp mình thẩm tra, xác minh vụ việc và trong trường hợp này trách nhiệm thực chất lại thuộc về thanh tra của Sở, ngành đó. Sự phối hợp thế nào giữa thanh tra tỉnh với thanh tra của Sở ngành? Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh sẽ quyết định thế nào nếu trường hợp có ý kiến khác nhau giữa thanh tra tỉnh với thanh tra sở ngành trong việc giải quyết khiếu nại? Đây là vấn đề lớn mà Luật Thanh tra có hiệu mới vẫn chưa giải quyết được.