Tình hình khiếu nại, tố cáo như trên do nhiều nguyên nhân chủ quan và khách quan khác nhau, nhưng tập trung vào một số nguyên nhân chủ yếu sau đây:
Thứ nhất: cơ chế, chính sách, pháp luật còn thiếu đồng bộ, bất cập, điều chỉnh các quan hệ xã hội phát sinh chưa kịp thời, chưa khách quan, nhiều vấn đề do lịch sử để lại nên việc giải quyết hết sức khó khăn, đặc biệt là lĩnh vực quản lý và sử dụng đất, đền bù và giải phóng mặt bằng…Hệ thống chính sách pháp luật về đất đai trong thời gian trước đây chưa hoàn chỉnh, chưa điều chỉnh hết được các quan hệ về đất đai, liên tục sửa đổi, bổ sung để hoàn thiện. Từ chỗ pháp luật công nhận nhiều hình thức sở hữu đất đai chuyển sang quy định đất đai thuộc sở hữu toàn dân, đến sau này quy định cho người sử dụng đất có đầy đủ các quyền, do vậy việc nắm bắt kịp thời các quy định pháp luật của cán bộ và người dân hạn chế, việc hiểu các quy định pháp luật cũng không đầy đủ và quan niệm về chế độ sở hữu tư nhân về đất đai trong nhân dân vẫn còn tồn tại. Việc ban hành văn bản pháp luật về đất đai theo từng giai đoạn lịch sử, phát triển của đất nước thiếu đồng bộ và còn chồng chéo, thiếu công bằng, người hưởng chính sách sau được lợi hơn người hưởng chính sách trước (có một số trường hợp những người chây ì, không chấp hành pháp luật được lợi hơn người chấp hành nghiêm pháp luật), từ đó dẫn đến so bì, khiếu kiện. Trong công tác đền bù, chưa điều chỉnh kịp thời giá đất để tính bồi thường khi Nhà nước thực hiện dự án có liên quan đến nhiều tỉnh hoặc việc cho người có nhu cầu sử dụng đất phát triển các dự án tự thoả thuận bồi
thường với người dân đang sử dụng đất, người được giao đất muốn giải phóng mặt bằng nhanh đã chấp nhận giá bồi thường cao hơn quy định của Nhà nước làm cho mức đền bù chênh lệch trên cùng một khu vực, từ đó phát sinh khiếu nại. Việc thực hiện các chủ trương, chính sách của Nhà nước trước đây ở một số nơi không nghiêm, chưa triệt để và chưa hợp lý, đã dẫn đến tình trạng xáo canh, cào bằng. Những năm 1980, Hợp tác xã và Tổ đội sản xuất nông nghiệp được hình thành nhưng việc quản lý các Hợp tác xã, Tổ đội sản xuất đã có những yếu kém dẫn đến tan rã, nhưng Nhà nước chưa có chính sách xử lý kịp thời, tình trạng tự phát lấy lại ruộng đất và biện pháp giải quyết của các địa phương không thống nhất trong việc phân bổ lại đất đai khi các Hợp tác xã, Tổ đội sản xuất tan rã, đã dẫn đến nhiều khiếu kiện.
Công tác quản lý đất đai và chính sách giải quyết việc làm cho nông dân khi bị thu hồi đất cũng còn nhiều bất cập, hồ sơ địa chính chưa được quan tâm đúng mức, chưa đầy đủ, không đủ cơ sở cho việc quản lý đất đai. Công tác quy hoạch sử dụng đất chậm, việc chỉnh lý biến động đất đai không được theo dõi, cập nhật thường xuyên dẫn đến việc tham mưu không đầy đủ, thiếu chính xác trong việc quy hoạch, thu hồi đất và giải quyết khiếu nại, tố cáo, tranh chấp về đất đai; đo đạc không chính xác diện tích, nhầm lẫn địa danh, thu hồi đất không có quyết định, không làm đầy đủ các thủ tục pháp lý, giao đất, cho thuê đất, đấu thầu đất, bồi thường giải toả và sử dụng những khoản tiền thu được không công khai gây ngờ vực cho nhân dân; giao đất trái thẩm quyền, không đúng đối tượng, giao sai diện tích, vị trí, sử dụng tiền thu từ đất sai quy định của pháp luật hoặc người sử dụng đất đã làm đủ các nghĩa vụ theo quy định nhưng không được hợp thức quyền sử dụng đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Việc thu hồi đất nông nghiệp để phục vụ việc quy hoạch phát triển đô thị và các khu công nghiệp nhiều nơi chưa cân nhắc, tính toán đồng bộ toàn
diện dẫn đến trường hợp người dân bị thu hồi gần hết hoặc hết đất sản xuất, được đền bù bằng tiền (không có đất khác để giao), giá trị thấp, việc chuyển đổi nghề nghiệp là rất khó khăn do trình độ hạn chế dẫn đến thất nghiệp, đời sống gặp nhiều khó khăn, phát sinh các tệ nạn xã hội và phát sinh ra khiếu kiện. Điển hình như trường hợp khiếu kiện đông người về dự án Cụm công nghiệp xã Lai Vu, huyện Kim Thành, tỉnh Hải Dương: thu hồi trên 200ha chiếm 80% đất nông nghiệp của toàn xã với tổng số trên 1.000 hộ dân tương ứng với 5.000 nhân khẩu (trong độ tuổi lao động gần 2.600 người), hiện nay đất nông nghiệp của toàn xã chỉ còn trên 20ha, nhưng bước đầu dự án mới thu hút được 100 lao động đi đào tạo nghề và 35 lao động đi học nghề may, số còn lại người dân chưa có công ăn việc làm, trong khi đó họ chỉ là những lao động thuần nông.
Cơ chế giải quyết khiếu nại hiện nay còn phức tạp, cả về thẩm quyền giải quyết, cũng như trình tự thủ tục giải quyết, thậm chí còn gây phiền hà cho công dân; về thời hiệu, thời hạn đều không phù hợp với tình hình thực tiễn, chính vì thế nên khó thực hiện. Một số quy định của Luật khiếu nại, tố cáo, Luật Đất đai và Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính có điểm chưa thống nhất: Theo quy định của Luật đất đai thì khi Chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh ra quyết định giải quyết khiếu nại lần 2 đồng thời cũng là quyết định giải quyết cuối cùng, người khiếu nại không có quyền khởi kiện ra Toà hành chính. Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính sửa đổi và bổ sung năm 2006 cũng quy định công dân không có quyền khởi kiện vụ án hành chính đối với quyết định giải quyết lần 2 của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh (trong lĩnh vực quản lý đất đai). Trong khi đó Luật khiếu nại, tố cáo (sửa đổi năm 2005) quy định thì công dân có quyền khởi kiện ra Toà án hành chính trong các lần giải quyết (lần 1 hoặc lần 2). Do có sự mâu thuẫn giữa các văn bản pháp luật, nên người dân không được giải quyết vì vậy dẫn đến tình trạng
khiếu nại vượt cấp, kéo dài. Tuy nhiên, vấn đề này đã được khắc phục bằng việc ngày 24 tháng 11 năm 2010, Quốc hội thông qua Luật Tố tụng hành chính và có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2011.
Thứ hai: Công tác chỉ đạo, điều hành và quản lý Nhà nước còn nhiều yếu kém, nhất là trong lĩnh vực quản lý đất đai bị buông lỏng trong thời gian dài. Tình trạng chậm quy hoạch sử dụng đất đai, đặc biệt là quy hoạch chi tiết việc sử dụng đất xây dựng cơ sở hạ tầng; nơi đã có quy hoạch thì không thực hiện hoặc rất chậm triển khai thực hiện, dẫn đến người dân không thể ổn định cuộc sống, nhà cửa không được cải tạo, xây dựng lại vì đang nằm trong quy hoạch; nhiều vi phạm trong việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển đổi mục đích sử dụng đất, giao đất, cấp đất…. không được xử lý nghiêm minh, kịp thời; việc đo đạc, cắm mốc giới, lập hồ sơ quản lý, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất còn chậm và có nhiều sai sót. Một số cơ quan, tổ chức không thực hiện đúng trách nhiệm quản lý đất được giao, để tình trạng lấn chiếm, xây dựng trái phép, chuyển nhượng đất bất hợp pháp khá phổ biến. Chất lượng quy hoạch nói chung và quy hoạch sử dụng đất nói riêng còn thấp, thiếu đồng bộ, chưa hợp lý, tính khả thi chưa cao; phương án quy hoạch còn mang nặng tính chủ quan, thiếu căn cứ khoa học; việc triển khai thực hiện các dự án đầu tư xây dựng khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu đô thị, xây dựng kết cấu hạ tầng ở nhiều nơi làm chưa đúng quy định, việc giải phóng mặt bằng đối với các dự án có quy mô sử dụng đất lớn thường kéo dài từ 2 đến 5 năm, cá biệt có trường hợp kéo dài tới 10 năm; trong quy hoạch sử dụng đất vẫn còn nhiều địa phương sử dụng đất chuyên trồng lúa, đất có ưu thế đối với sản xuất nông nghiệp, đất đang có khu dân cư tại những vị trí có hạ tầng kỹ thuật tốt để xây dựng các khu công nghiệp, khu vui chơi giải trí, trong khi vẫn có khả năng sử dụng các loại đất khác. Và thực tế cho thấy, nông dân tại một số địa phương đang còn thiếu đất hoặc không có đất để sản xuất nên rất bức xúc.
Trong quá trình triển khai thực hiện các dự án xây dựng cơ sở hạ tầng kinh tế, xã hội, nhiều địa phương, Ban quản lý dự án chưa thực hiện đầy đủ quy định, quy trình trong việc thu hồi đất; chưa làm tốt công tác tuyên truyền về mục đích, ý nghĩa hiệu quả của dự án cùng với những chính sách có liên quan để dân biết, dân bàn và thực hiện. Trong công tác giải phóng mặt bằng thiếu công khai, dân chủ, thực hiện không chặt chẽ việc đo đạc, thiết kế, kiểm đếm để tính toán phương án bồi thường, việc giải quyết đời sống của người dân có đất bị thu hồi, việc bố trí tái định cư ở nhiều dự án chưa tốt, chưa hợp lý (nhất là những trường hợp bị thu hồi, giải toả trắng). Không ít nơi định giá đền bù đất quá thấp, không bố trí tái định cư, không giải quyết việc làm cho người dân bị thu hồi đất dẫn đến nhiều người dân bị thiệt thòi, đời sống rất khó khăn. Nhiều dự án thu hồi đất nhưng không sử dụng, để đất hoang hóa kéo dài trong nhiều năm, không ít dự án có quy mô thu hồi vượt quá nhu cầu sử dụng gây lãng phí lớn, trong khi nông dân không có đất sản xuất, thiếu việc làm.
Theo báo cáo của Bộ Tài nguyên và môi trường, hiện có 1.649 khu vực quy hoạch với diện tích 344.665 ha được xếp vào diện “quy hoạch treo”. Tình trạng “giải tỏa treo”, “dự án treo” cũng xảy ra phổ biến ở nhiều địa phương: tại 61 tỉnh có 1.288 dự án với diện tích 31.650 ha thuộc trường hợp “giải tỏa treo”, 1.206 dự án với diện tích 132.463 ha thuộc “dự án treo” (Báo cáo tình hình công tác quản lý đất đai 2003 - 2006 của Bộ Tài nguyên và Môi trường).
Đánh giá kết quả thực hiện chính sách, pháp luật về đền bù giải phóng mặt bằng và giải quyết việc làm cho nông dân có đất bị thu hồi trong 5 năm, từ 2001 đến 2005 cho thấy: diện tích đất bị thu hồi thường tập trung vào một số huyện, xã có mật độ dân số cao, tỷ lệ diện tích đất nông nghiệp bình quân đầu người thấp, có xã diện tích đất bị thu hồi chiếm tới 70 - 80% diện tích đất canh tác nên đã ảnh hưởng không nhỏ tới việc làm, thu nhập của khoảng
950.000 lao động; các địa phương trong quá trình triển khai thực hiện dự án thu hồi đất mới chỉ giải quyết việc làm cho 13% số lao động có đất bị thu hồi chuyển sang nghề mới, đa số dự án tại các tỉnh do không tạo được quỹ đất sản xuất, kinh doanh, dịch vụ nên thực hiện hỗ trợ chủ yếu dưới hình thức đào tạo nghề, hỗ trợ trực tiếp bằng tiền để đầu tư phát triển sản xuất, kinh doanh trên phần diện tích đất còn lai, vì vậy hiện nay có 67% tổng số lao động nông nghiệp bị thu hồi đất vẫn giữ nguyên nghề sản xuất nông nghiệp; khoảng 20% tổng số lao động có đất bị thu hồi không có việc làm hoặc có việc làm nhưng không ổn định; 53% số hộ có thu nhập giảm nên điều kiện sống gặp nhiều khó khăn so với trước đây.
Thứ ba: Kỷ cương hành chính trong giải quyết khiếu nại không nghiêm, ý thức trách nhiệm của công chức, cơ quan nhà nước còn nhiều bất cập.
Ở một số nơi, cấp chính quyền chưa làm đúng thẩm quyền do pháp luật quy định, thiếu trách nhiệm với dân, giải quyết vấn đề không đến nơi, đến chốn; khi phát sinh khiếu nại, tố cáo, cấp uỷ, chính quyền địa phương một số nơi chưa thấy hết trách nhiệm của mình, còn đổ lỗi khách quan, vin vào bất cập của pháp luật để đùn đẩy trách nhiệm; chưa tập trung chỉ đạo tiếp nhận, giải quyết kịp thời khiếu nại, tố cáo của dân ngay từ cơ sở; chưa quan tâm đến việc đối thoại với dân, còn có hiện tượng né tránh, đổ lỗi cho các cơ quan khác, có nơi cán bộ còn thách đố với dân, gây bất bình, bức xúc, dẫn đến khiếu nại, tố cáo vượt cấp. Nhiều vụ việc khiếu nại được giải quyết rất chậm, quá trình giải quyết còn nhiều sơ hở, chưa đúng chính sách pháp luật. Qua kết quả thanh tra của 13 đoàn liên ngành do Thanh tra Chính phủ chủ trì tại 16 tỉnh, thành phố, đã kiến nghị huỷ bỏ, sửa đổi 30,7% quyết định giải quyết cuối cùng của Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố. Một số vụ việc đã được giải quyết nhưng việc tổ chức thực hiện, xử lý các sai phạm để kéo dài, không dứt điểm, nhiều trường hợp cán bộ vi phạm xử lý không nghiêm.
Sự phối hợp giữa các cấp, các ngành, địa phương trong quá trình giải quyết khiếu nại còn chưa chặt chẽ, có những vụ việc phức tạp, ý kiến giải quyết giữa các cơ quan liên quan còn khác nhau nhưng không trao đổi, bàn bạc thấu đáo dẫn đến việc giải quyết không dứt điểm. Công tác kiểm tra, đôn đốc của cấp trên với cấp dưới chưa thường xuyên nên nhiều quyết định giải quyết đã ban hành không được thực hiện triệt để.
Kỷ cương, kỷ luật hành chính trong giải quyết khiếu nại tố cáo ở một số nơi còn chưa nghiêm, có không ít trường hợp cấp trên đã có ý kiến kết luận, quyết định và chỉ đạo giải quyết, nhưng cấp dưới không thực hiện hoặc chậm trễ trong việc thực hiện, làm cho người dân bất bình tiếp tục khiếu nại lên cơ quan cấp trên; không ít trường hợp giải quyết khiếu nại vi phạm trình tự, thủ tục, thời hạn, thời hiệu, làm ngơ không giải quyết khiếu nại chính đáng của người dân. Có những trường hợp giải quyết khiếu nại nhưng không ban hành quyết định giải quyết khiếu nại mà chỉ ra công văn, thông báo...., song có khi quyết định giải quyết khiếu nại đã có hiệu lực sau nhiều năm nhưng không được triển khai thực hiện.
“Đội ngũ cán bộ làm công tác giải quyết khiếu nại, tiếp dân yếu kém về năng lực, trình độ” [16], chưa tương xứng với yêu cầu nhiệm vụ lại không tâm huyết với công việc giải quyết khiếu nại dẫn đến chất lượng giải quyết khiếu nại vừa chậm trễ, vừa sai sót. Có nhiều việc là quan hệ pháp luật hành chính nhưng lại cho rằng là quan hệ pháp luật về dân sự, đất đai... để né tránh trách nhiệm, đùn đẩy công việc cho cơ quan khác.
Thứ tư, công tác tuyên truyền, giáo dục pháp luật và hòa giải còn hạn chế: Công tác tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về khiếu nại, tố cáo ở nhiều nơi chưa sâu rộng, chưa được thường xuyên, chưa có biện pháp và hình thức cụ thể phù hợp với thực tiễn. Các cơ quan thông tin đại chúng tham gia vào công tác này còn hạn chế, có lúc, có nơi chỉ phản ánh thông tin một
chiều, chưa chú trọng đến tuyên truyền, giáo dục, xây dựng ý thức tôn trọng pháp luật trong nhân dân. Do đó không ít cán bộ đảng viên (thậm chí cả cán bộ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo) và nhiều người dân chưa hiểu hết hoặc chưa hiểu đầy đủ, hiểu chưa đúng các quy định của pháp luật, nhất là về đất đai, nhà ở, về bồi thường khi thu hồi đất… Mặt khác, trong quá trình thực hiện pháp luật về khiếu nại, tố cáo, các địa phương còn rất lúng túng trong việc áp dụng pháp luật, từ đó khi giải quyết có một số nơi vừa mất dân chủ, vừa buông lỏng kỷ cương pháp luật.
Nếu như cơ chế giải quyết của một số nước Đông Nam Á có đặc điểm