Kể từ khi thành lập, Inđônêxia luôn tích cực trong việc gìn giữ hòa bình trong khu vực, tham gia hòa giải mâu thuẫn giữa các nước thành viên. Năm 1968, Inđônêxia cùng với Thái Lan đã thành công trong việc xử lý
tranh chấp vùng Sabah giữa hai nước hội viên Malaixia và Philippin. “Vấn đề Sabah” là nguyên nhân xung đột giữa hai nước từ đầu những năm 1960. Sabah vốn là đất của vua Sulu, ông đã cho Baron Overbeck thuê vào năm 1878, người này sau đó đã chuyển nhượng vùng đất này cho công ty Bắc Borneo. Từ năm 1888 đến năm 1946 toàn bộ phía Bắc đảo Borneo, trong đó có Sabah là thuộc địa của Anh. Đầu những năm 1960, tổng thống Philippin đã đưa ra những chứng cứ chứng minh chính phủ ở Manila hiện thời là hậu duệ của vua Sulu và yêu cầu chủ quyền đối với Sabah. Quan hệ hai bên trở nên căng thẳng và đóng băng vào tháng 6/1966. Sau khi tham gia vào ASEAN, vấn đề trên lại nổi lên khi Philippin chuẩn bị thông qua một dự luật về Sabah, đặt lãnh thổ và vùng lãnh hải Sabah thuộc chủ quyền của họ. Philippin cố gắng đưa vấn đề Sabah vào trong các chương trình nghị sự của ASEAN nhưng Malaixia kiên quyết phản đối. Cuối năm 1968 quan hệ ngoại giao giữa hai nước lại tiếp tục bị ngưng trệ. Cả hai bên đều coi Inđônêxia là trung gian trong các cuộc tranh luận. Tổng thổng Suharto đã sắp đặt một cuộc gặp riêng giữa hai Bộ trưởng ngoại giao của Philippin và Malaixia tại Jakarta. Tại đây hai nước này đã thống nhất tạm dừng các cuộc tranh luận trong khuôn khổ ASEAN. Tổng thống Suharto cũng gợi ý hai nước nên chấm dứt giai đoạn lạnh nhạt và cả hai bên đã đồng ý. Hai bên đã bình thường hóa quan hệ sau Hội nghị Bộ trưởng Ngoại giao ASEAN tháng 12/1969, giữ vững hòa khí trong ASEAN.
Trong những năm đầu mới thành lập, ASEAN luôn phải đối mặt với những mâu thuẫn giữa các nước thành viên. Ngoài vấn đề tranh chấp lãnh thổ giữa Malaixia và Philippin, giữa Inđônêxia và Xingapo cũng xảy ra mâu thuẫn trong năm 1968. Nguyên nhân của mâu thuẫn này là do Xingapo đã hành quyết hai người lính thủy của Inđônêxia vì cho rằng họ là những phần tử tham gia cuộc bạo loạn năm 1965. Tổng thống Inđônêxia Suharto đã viết
một bức thư có tính chất cá nhân với lời lẽ ôn hòa gửi thủ tướng Xingapo Lý Quang Diệu yêu cầu giải thích về vụ hành quyết hai người lính thủy trên, nhưng không nhận được hồi âm. Một số chính khách Inđônêxia gợi ý nên dùng lực lượng quân sự để chống lại Xingapo. Mặc dù không hài lòng với Xingapo nhưng Inđônêxia không muốn có những hành động làm ảnh hưởng đến sự tồn tại vốn rất mong manh của ASEAN trong giai đoạn đầu mới thành lập. Inđônêxia đã coi trọng sự ổn định, hòa bình trong khu vực, cố gắng giữ thái độ bình tĩnh và dàn xếp xung đột bằng con đường hòa giải.
Đối với vấn đề Biển Đông, một vùng biển chồng lấn của nhiều quốc gia trong khu vực, Inđônêxia cũng đã có những sáng kiến góp phần giải quyết mâu thuẫn giữa các nước thành viên. Xung đột ở Biển Đông liên quan trực tiếp đến một số nước ASEAN, trở thành xung đột quốc tế và lôi cuốn sự chú ý chung đặc biệt từ tháng 3/1988 khi Trung Quốc dùng vũ lực đánh chiếm sáu dải đá ngầm ở quần đảo Trường Sa do Việt Nam kiểm soát. Tiếp đó Trung Quốc liên tục có các hành động lấn chiếm các dải đá ngầm thuộc quyền kiểm soát của Việt Nam. Tháng 2/1992 Trung Quốc thông qua “Luật lãnh hải và vùng tiếp giáp của nước cộng hòa nhân dân Trung Hoa” nhằm chính thức hóa những đòi hỏi chủ quyền của mình ở Biển Đông [1, 82].
Trước tình hình đó, các nước ASEAN buộc phải có thái độ để bảo vệ quyền lợi của mình tại Biển Đông. Từ đầu thập niên 90 của thế kỷ XX, Inđônêxia đã đưa ra sáng kiến thành lập bộ quy tắc ứng xử Biển Đông và được các nước đánh giá cao. Tại Hội nghị Ngoại trưởng ASEAN lần thứ 25 tại Malina, Philippin tháng 12/1992 đã ra Tuyên bố về tình hình Biển Đông, trong đó nhấn mạnh các nguyên tắc giải quyết hòa bình các tranh chấp, không sử dụng vũ lực và tự kiềm chế, đồng thời đề xuất xây dựng bộ quy tắc ứng xử Biển Đông trên cơ sở các nguyên tắc của Hiệp ước Thân thiện và hợp tác (TAC). Tuyên bố nhấn mạnh tính cấp thiết của việc giải quyết các
vấn đề chủ quyền và tài phán ở Biển Đông bằng các biện pháp hòa bình, kêu gọi các bên tự kiềm chế để tạo ra bầu không khí tích cực cho việc giải quyết tranh chấp, đồng thời thúc giục các bên khai thác khả năng hợp tác ở Biển Đông. Vấn đề Biển Đông cũng đã được đưa ra thảo luận tại diễn đàn khu vực ARF và trong khuôn khổ đối thoại ASEAN – Trung Quốc. Nhưng tất cả những cuộc thảo luận đó đã không đem lại những kết quả như mong muốn, Trung Quốc liên tục có các hành động “gặm nhấm” lãnh thổ trên biển của các nước ASEAN [1, 83]. Điều đó cho thấy những Tuyên bố của ASEAN vẫn chưa đủ, cần phải có một bộ quy tắc ứng xử toàn diện ở Biển Đông có cả Trung Quốc tham gia. Sau những cố gắng đàm phán, thảo luận, năm 2002, ASEAN và Trung Quốc đã ký “Tuyên bố chung về ứng xử giữa các bên tại Biển Đông”, góp phần ổn định tình hình, hạn chế xung đột khu vực. Theo Tuyên bố này, các bên đồng ý tự kiềm chế, tránh những hành động có thể gây căng thẳng và xung đột tại Biển Đông; tổ chức tiếp xúc thường xuyên giữa giới quân sự hai bên; thông tin cho nhau về những cuộc tập trận [38]. Tuyên bố có ý nghĩa thể hiện một khu vực Đông Á hòa bình, ổn định và hợp tác trên trường quốc tế. Qua việc ASEAN và Trung Quốc cùng nhau ký kết Tuyên bố, có thể thấy rằng tranh chấp đã được xử lý thông qua quan hệ đa phương. Các nước thành viên ASEAN không liên quan đến tranh chấp lãnh thổ ở Biển Đông cũng tham gia vào quá trình ký kết, từ đó nâng cao tính chất quốc tế của bản Tuyên bố. Tuyên bố khuyến khích các biện pháp xây dựng lòng tin và hợp tác, từ đó tạo điều kiện dễ dàng cho việc giải quyết hòa bình các tranh chấp lãnh thổ và pháp lý, đồng thời cũng mở ra khả năng thương lượng về một Bộ quy tắc ứng xử có tính ràng buộc cao hơn và cụ thể hơn, mở đường cho việc giải quyết tranh chấp trong tương lai [1, 86].
Nói tóm lại, trong giai đoạn đầu mới thành lập, ASEAN đã cố gắng điều hòa mâu thuẫn giữa các nước thành viên. Các nước ASEAN đều cho
rằng hòa bình, ổn định là quan trọng nhất cho hợp tác khu vực. Inđônêxia đã có những chính sách ngoại giao đóng vai trò quan trọng trong việc tháo gỡ khủng hoảng giữa hai chính phủ Philippin và Malaixia, đảm bảo sự tồn tại của ASEAN, đồng thời cũng nỗ lực hàn gắn quan hệ với Xingapo, vì sự bình ổn của khu vực. Inđônêxia cũng tỏ ra thiện chí trong việc giải quyết vấn đề Biển Đông, có những ý kiến đóng góp tích cực nhằm giải quyết ổn thỏa các mâu thuẫn trên vùng biển này.
Ngoài vấn đề Biển Đông, Inđônêxia còn tích cực trong việc bình thường hóa quan hệ với các nước Đông Dương, đặc biệt là Việt Nam, tham gia giải quyết vấn đề Campuchia.
Trong chiến tranh Việt Nam, mỗi nước ASEAN có một thái độ khác nhau đối với Việt Nam. Inđônêxia chỉ công nhận Hà Nội và từ chối ủng hộ Nam Việt Nam, ngược lại, Thái Lan và Philippin trực tiếp cho phép Mỹ sử dụng lãnh thổ của mình làm căn cứ quân sự, gửi quân đến đánh Việt Nam. Tuy nhiên một số quan chức Inđônêxia, nhất là giới lãnh đạo quân sự vẫn lo ngại cuộc chiến tranh Việt Nam sẽ lan ra toàn khu vực. Khi cuộc chiến tranh kết thúc với sự thắng lợi của ba nước Đông Dương, các nước ASEAN đã thay đổi thái độ, với “Tuyên bố về sự hòa hợp ASEAN” và “Hiệp ước thân thiện và hợp tác” thể hiện mong muốn hợp tác và cùng xây dựng một khu vực Đông Nam Á hòa bình, thịnh vượng. Một số nước ASEAN, trong đó có Inđônêxia đã bày tỏ ý kiến kết nạp Việt Nam làm thành viên chính thức của ASEAN. Mâu thuẫn giữa ASEAN với ba nước Đông Dương, đặc biệt là với Việt Nam bắt đầu khi quân đội Việt Nam tiến hành cuộc “chiến tranh bắt buộc”, vừa bảo vệ Tổ quốc, vừa giúp nhân dân Cămpuchia thoát khỏi chế độ diệt chủng của Polpốt – Iêngxari [30, 203]. Hành động nhân đạo của Việt Nam bị các nước ASEAN coi là vi phạm nguyên tắc không can thiệp và không sử dụng vũ lực trong quan hệ giữa các quốc gia. Đồng thời, ASEAN
cũng cho rằng hành động của Việt Nam có thể sẽ mở rộng xung đột và trở nên phức tạp bởi có sự tham gia của các cường quốc ngoài khu vực như Mỹ, Liên Xô, Trung Quốc. Để xử lý vấn đề này, các nước ASEAN có những quan điểm khác nhau. Trong khi Inđônêxia và Malaixia cho rằng nên thực hiện đường lối “ngoại giao dàn xếp” nhằm giải quyết xung đột, hạn chế tối đa vai trò của các cường quốc bên ngoài, thì Thái Lan và Xingapo lại cho rằng ASEAN nên thực hiện chiến lược đối kháng, đẩy Việt Nam vào tình trạng cô lập với cộng đồng quốc tế, hao tổn về mọi mặt thông qua sự sa lầy ở Cămpuchia [30, 204). Trong giai đoạn đầu, đa số các thành viên ASEAN đều tán thành chính sách đối ngoại của Thái Lan, không công nhận lực lượng cách mạng được Việt Nam ủng hộ. Trước sự đối đầu căng thẳng giữa ASEAN và Việt Nam, Inđônêxia đã đóng vai trò là người đại diện cho ASEAN, tích cực hàn gắn mối quan hệ giữa hai phía. Tháng 4/1982, Ngoại trưởng Inđônêxia – Mochtar đến Việt Nam để trao đổi giải pháp cho vấn đề Cămpuchia, đánh dấu sự chuyển biến tích cực trong quan hệ chính trị giữa ASEAN và Việt Nam. Inđônêxia cố gắng đưa Việt Nam thoát khỏi sự cô lập và thuyết phục Mỹ phục hồi quan hệ với Việt Nam thông qua việc Ngoại trưởng Mochtar cố gắng dàn xếp việc tìm kiếm thi hài quân nhân Mỹ mất tích trong chiến tranh Việt Nam (MIA). Chính phủ Inđônêxia cũng hy vọng thuyết phục Việt Nam trở thành láng giềng thân thiện của ASEAN với thiện ý giải quyết vấn đề Cămpuchia. Sự hiểu biết sâu sắc giữa Việt Nam và Inđônêxia được thể hiện qua việc Bộ trưởng Ngoại giao của hai nước là Mochtar và Nguyễn Cơ Thạch đã có cuộc gặp gỡ không chính thức vào ngày 29/7/1987 bàn về giải pháp cho Cămpuchia. Kết quả của những chuyến viếng thăm đó là ASEAN và Việt Nam đã đồng ý tổ chức những cuộc gặp gỡ không chính thức tại Jakarta (JIM) để các bên Cămpuchia thương lượng chấm dứt xung đột. Cuộc gặp đầu tiên (JIM-1) diễn ra tại Jakarta tháng
7/1988 bàn về hai vấn đề là việc Việt Nam đưa quân vào Cămpuchia và cuộc nội chiến tại Cămpuchia. Cuộc họp lần hai diễn ra vào tháng 2/1989 sau khi có sự thay đổi chính sách của chính phủ Thái Lan đối với việc giải quyết vấn đề Cămpuchia. Cuộc họp lần hai (JIM-2) do Bộ trưởng Ngoại giao Inđônêxia Alatas chủ trì. Việt Nam chấp nhận ý kiến giải quyết vấn đề Cămpuchia theo các nguyên tắc quốc tế. Tiếp theo đó là các nỗ lực giữa các bên để tổ chức hội nghị quốc tế về vấn đề Cămpuchia diễn ra vào tháng 7/1990 và tháng 9/1991 do Pháp và Inđônêxia đồng chủ trì. Hội nghị đã mở ra một giai đoạn mới cho sự phát triển của Cămpuchia nói riêng, cho quan hệ ASEAN và ba nước Đông Dương nói chung. Ngày 12/11/1990 Tổng thống Inđônêxia Suharto đã đến Hà Nội. Đây là chuyến viếng thăm đầu tiên của một nguyên thủ các quốc gia ASEAN đến Việt Nam. Chuyến viếng thăm này có ý nghĩa đặc biệt quan trọng, là bằng chứng cho sự hòa giải giữa ASEAN và Việt Nam, khẳng định xu thế đối thoại, hòa bình ổn định của thế giới và khu vực. Nó chứng tỏ sự thắng thế của chủ trương “ngoại giao dàn xếp”, mềm mỏng trong ASEAN mà Inđônêxia đã kiên trì theo đuổi [30, 205].
Có thể nói trong suốt thời kỳ đối đầu căng thẳng giữa ASEAN và các nước Đông Dương, Inđônêxia đã đóng vai trò quan trọng trong việc hòa giải mâu thuẫn đem lại sự hiểu biết lẫn nhau cho các nước trong khu vực. Trong việc giải quyết vấn đề Cămpuchia, Inđônêxia luôn tích cực tìm các giải pháp, chủ trì các hội nghị nhằm đem đến hòa bình, hợp tác giữa hai phía, mở ra giai đoạn phát triển mới cho ASEAN, tạo tiền đề cho việc mở rộng ASEAN ra toàn khu vực.
Trước những bất ổn của thế giới và khu vực, những năm đầu sau khi thành lập ASEAN đã gặp không ít khó khăn trong việc duy trì an ninh khu vực. Những mâu thuẫn giữa các nước hội viên vốn đã tiềm ẩn không thể
ngay lập tức được giải quyết. Với nỗ lực và quyết tâm đưa ASEAN phát triển theo những mục tiêu đã đề ra trong tuyên bố thành lập, Inđônêxia và các thành viên khác đã thành công trong việc giữ gìn sự bình ổn trong khu