Sau những thập kỷ tăng trưởng mạnh, nền kinh tế Inđônêxia đã phải đối mặt với cuộc khủng hoảng kinh tế xảy ra năm 1997. Sau 1 năm khủng hoảng, GDP theo đầu người của Inđônêxia giảm từ 1000USD/đầu người còn 610 USD/đầu người. Từ một nước phát triển vào loại khá trong số các nước đang phát triển, Inđônêxia trở thành một trong số 20 nước nghèo nhất thế giới [22, 159]. Cùng với những bất ổn của thiên nhiên, hạn hán kéo dài làm mất mùa đã đẩy Inđônêxia vào nhóm các nước có thu nhập thấp, thiếu lương thực. Năm 1998 - 1999, Inđônêxia bị thiếu khoảng 3,5 triệu tấn lương thực,
một nửa trong số hơn 200 triệu dân rơi xuống mức nghèo khổ và 7,5 triệu người trong tình trạng thiếu ăn. Lạm phát trong nước liên tục tăng cao trong nhiều năm liền. Từ tháng 2/2005 đến tháng 2/2006, chỉ số giá ở Inđônêxia đã tăng xấp xỉ 18%. Chính phủ nước này đã đề ra chỉ tiêu kiềm chế và kiểm soát lạm phát cho các năm 2005, 2006 và 2007. Nhưng theo nhiều nhà phân tích, với dự báo mới về triển vọng tăng trưởng của nền kinh tế, Inđônêxia sẽ phải điều chỉnh mức lạm phát trong năm 2006 từ 4,5 - 6,5% lên 6,5 - 8% [51]. Inđônêxia vốn là nước có nền kinh tế phát triển trung bình trong tốp ASEAN - 6, nhưng sau khủng hoảng đã trở nên tụt hậu so với các thành viên ASEAN cũ.
Ngoài vấn đề về phát triển kinh tế trong nước sau khủng hoảng gặp nhiều khó khăn, những vấn đề về mất cân đối giữa các ngành kinh tế, trình độ kinh tế giữa các vùng miền, dân tộc trong nội bộ đất nước cũng là bài toán khó đối với Inđônêxia.
Trước khủng hoảng, Inđônêxia đang ở trong quá trình chuyển dịch từ giai đoạn sử dụng các lợi thế so sánh dựa vào nguồn tài nguyên (như xuất khẩu sản phẩm gỗ) và dựa vào nguồn lao động ít kỹ năng (dệt may) sang quá trình sử dụng các lợi thế so sánh về công nghệ và vốn (như điện, điện tử). Tuy nhiên, vấn đề cốt yếu mà Inđônêxia đang phải đối mặt là làm thế nào để tiếp tục duy trì các nguồn lực của lợi thế so sánh truyền thống trong khi vẫn phải xây dựng những nguồn lực của lợi thế so sánh mới. Với nguồn nhân lực kém hiệu quả, cơ sở hạ tầng yếu kém, các ngành công nghiệp hỗ trợ không phát triển, và mức độ bảo hộ kinh tế còn cao hơn các nước ASEAN khác, hiện nay đất nước này không có được những yếu tố cần thiết để tạo điều kiện cho sự chuyển dịch đó.
Để góp phần thúc đẩy quá trình xích lại gần nhau giữa các dân tộc, chính phủ Inđônêxia quan tâm đến sự phát triển thống nhất của nền kinh tế.
Cho đến những năm gần đây nền kinh tế ở Inđônêxia có những bước chuyển mình, nhưng vẫn là một nước tồn tại nhiều hình thái kinh tế, năng suất lao động thấp, hạn chế phát triển thị trường trong nước. Vào đầu những năm 90 cư dân nông nghiệp chiếm trên 70% dân số cả nước. Nông nghiệp trồng lúa vẫn là ngành kinh tế chính chiếm đến 23,4% tổng giá trị sản lượng nội địa. Với những điều kiện tự nhiên đa dạng, lại bị chia cắt đã ảnh hưởng đến quá trình giao lưu kinh tế giữa các vùng. Mặt khác, những hậu quả do chính sách kinh tế thời thực dân để lại còn kéo dài trong những năm sau khi giành được độc lập cũng là những nguyên nhân làm gián đoạn sự giao lưu kinh tế giữa các dân tộc, giữa các vùng Inđônêxia. Để khắc phục tình trạng này, nhà nước đã đề ra một loạt các biện pháp tích cực tạo nên động lực cho sự phát triển chung.
Hiện nay vấn đề phát triển kinh tế trong nước của Inđônêxia thực chất là vấn đề củng cố sự liên kết kinh tế giữa các ngành nghề, thay đổi cơ cấu kinh tế hợp lý, tận dụng tốt những ưu thế của đất nước. Chỉ có giải quyết tốt vấn đề đó mới tạo điều kiện cho sự phát triển kinh tế của Inđônêxia