ASEAN là một Hiệp hội hợp tác khu vực lỏng lẻo chứ không phải là tổ chức siêu quốc gia.Trong quá trình tồn tại và phát triển của mình, ASEAN luôn đề cao và coi trọng hai nguyên tắc “không can thiệp” và “đồng thuận”. Nhờ hai nguyên tắc này mà ASEAN có được sự thống nhất trong nội bộ, tạo ra sự uyển chuyển mềm mại và tính thích nghi tương đối cao trước sự thay đổi của môi trường quốc tế. Dưới tác động của toàn cầu hóa và sự thay đổi
của thế giới, yêu cầu sửa đổi các nguyên tắc hoạt động của tổ chức đang là đề tài gây nhiều tranh cãi. Tuy nhiên, các thành viên vẫn muốn duy trì các nguyên tắc đôi bên đều có lợi trên các phương diện hợp tác về kinh tế, chính trị. Các nước thành viên nhìn chung đều đánh giá cao vị trí và vai trò của ASEAN trong chính sách đối ngoại của mình, nhưng chưa phải là ưu tiên cao nhất, vẫn đặt lợi ích quốc gia lên trên lợi ích khu vực, coi ASEAN như là một phương tiện để củng cố quốc gia - dân tộc, làm chỗ dựa để mở rộng mối quan hệ với bên ngoài và hội nhập quốc tế một cách có hiệu quả. ASEAN không có một nước hay nhóm nước đóng vai trò chủ đạo giống như EU để thúc đẩy liên kết khu vực.
ASEAN hiện nay và trong những năm tới vẫn là tập hợp các nước đang phát triển thuộc loại trung bình và kém. Tính đa dạng về chế độ chính trị và chênh lệch về phát triển kinh tế là nét nổi bật của tổ chức này. Thêm vào đó là sự phức tạp trong tình hình nội bộ của một số nước thành viên như: xung đột tôn giáo, ly khai dân tộc, tình trạng thiếu dân chủ và nhân quyền, lạm dụng quyền lực… vẫn đang tiếp diễn. Trong quan hệ giữa các nước thành viên với nhau vẫn còn tồn tại nhiều vấn đề chưa được giải quyết như: tranh chấp chủ quyền, khai thác các nguồn tài nguyên, mâu thuẫn về quan điểm và lợi ích quốc gia.
Ngoài sự đa dạng về thể chế và trình độ phát triển, ASEAN hiện tại và trong tương lai gần vẫn còn lúng túng trong việc xác định mô hình phát triển và những nguyên tắc chủ đạo cho mình. ASEAN sẽ như thế nào sau 2015, là một tổ chức hợp tác liên chính phủ như hiện nay hay tiến tới một tổ chức siêu quốc gia, có sự liên kết chặt chẽ như mô hình EU? Tuy ASEAN đã nhất trí sau 2015 vẫn cần tiếp tục duy trì các nguyên tắc cơ bản của Hiệp hội, song một số nước vẫn tìm cách thay đổi các nguyên tắc đó dưới dạng này
hay dạng khác, đề cao công thức 10-x và 2+x và thậm chí là bỏ phiếu nhằm thay thế dần nguyên tắc đồng thuận…[30, 160]
Những xung đột và tranh chấp giữa các nước thành viên.
* Xung đột sắc tộc và tôn giáo ở một số quốc gia trong khu vực
Hầu hết các thành viên ASEAN đều là những quốc gia đa dân tộc, đa tôn giáo, vì thế vấn đề dân tộc tôn giáo luôn là vấn đề nhức nhối đối với các quốc gia này. Trước đây những mâu thuẫn chỉ ở dạng tiềm ẩn, không có cơ hội bùng phát, nhưng sau sự kiện 11/9/2001 mâu thuẫn tôn giáo ở nhiều nơi trở nên gay gắt. Ở Thái Lan, một quốc gia mà đa số dân theo đạo Phật, tưởng chừng như không bao giờ có mâu thuẫn tôn giáo nhưng gần đây những cuộc nổi dậy của những người theo Hồi giáo ở 4 tỉnh phía Nam của nước này làm cho tình hình đất nước trở nên bất ổn. Tính ra, các cuộc nổi dậy của người Hồi giáo đã làm hơn 2000 người thiệt mạng. Piasit Nuamin, người đứng đầu nhóm dân theo Phật giáo ở miền núi Ban Bala, nơi có số dân theo đạo Phật và đạo Hồi ngang nhau đã nói: “Chúng tôi đã sẵn sàng tuyên chiến” và hãng AP ngày 27/4/2007 đưa tin, phát đi bài có tiêu đề: Thái Lan có nguy cơ nổ ra chiến tranh tôn giáo ở miền Nam? [30, 35]
Tại Philippin, nơi mà đạo Hồi tập trung ở những hòn đảo phía Nam đất nước, luôn luôn xảy ra mâu thuẫn giữa người Hồi giáo và chính quyền trung ương. Đây là đất nước có nhiều người theo đạo Thiên chúa giáo nhất trong khu vực Đông Nam Á nhưng lại có những cuộc xung đột tôn giáo sớm nhất trong số các thành viên ASEAN kể từ khi thành lập tổ chức. Những hòn đảo phía Nam của Philippin luôn ẩn chứa những xung đột có thể xảy ra bất cứ lúc nào và nơi đây có nguy cơ trở thành nơi lẩn trốn của những kẻ khủng bố.
Còn tại Inđônêxia sau cuộc khủng hoảng kinh tế và nhất là sau sự kiện 11/9/2001 mâu thuẫn sắc tộc tôn giáo đã nổ ra tại nhiều nơi trên quốc đảo này và dẫn đến những hậu quả nghiêm trọng.
* Tranh chấp chủ quyền giữa các nước
Từ lâu giữa các quốc gia Đông Nam Á luôn tồn tại những về vấn đề lãnh thổ. Các vùng đất giáp ranh thường là địa bàn tranh chấp của các quốc gia. Những cuộc tranh chấp này đã ảnh hưởng không tốt đến mối quan hệ giữa các nước và sự phát triển của Hiệp hội. Gần đây nhất là cuộc tranh chấp lãnh thổ giữa Thái Lan và Cămpuchia về ngôi đền cổ Preah Vihear. Hai bên đã điều lực lượng quân sự của mình đến khu vực tranh chấp làm cho tình hình trở nên nghiêm trọng, ảnh hưởng đến hòa bình trong khu vực. Cămpuchia đã nhờ đến sự can thiệp của Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc. Việc đưa hồ sơ này lên Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc đã đặt ASEAN vào thế yếu, gây khó khăn cho việc tìm kiếm một giải pháp ở cấp độ khu vực. Qua đây ASEAN đã bộc lộ sự yếu kém của mình bởi vì ASEAN đang tự hào là một trong số ít các tổ chức có cơ chế giải quyết tranh chấp, duy trì hòa bình tại Đông Nam Á. Việc thực hiện các cam kết trong bản Hiến chương ASEAN được thông qua năm 2007 trở nên cần thiết để duy trì nguyên tắc giải quyết tranh chấp bằng đàm phán, hòa bình.
Ngoài các tranh chấp về lãnh thổ, những tranh chấp về lãnh hải cũng luôn nổi trội trong mối quan hệ giữa các nước thành viên ASEAN. Từ lâu biển và đại dương đã được coi là những vấn đề chiến lược trong sự phát triển của nhiều quốc gia. Với khu vực biển Đông, trong số 11 quốc gia Đông Nam Á hiện nay (trừ vị trí đặc biệt của Lào), tất cả các nước đều có chỉ số duyên hải cao bởi đều cận biển hoặc là các quốc đảo. Từ những mối liên hệ và vấn đề tồn tại do lịch sử để lại, nhiều quốc gia trong khu vực đã và đang xảy ra tình trạng tranh chấp về chủ quyền lãnh thổ và lãnh hải ở Biển Đông, đặc
biệt là tranh chấp giữa các nước thành viên ASEAN với Trung Quốc và Đài Loan. Nguyên nhân dẫn đến sự tranh chấp này chủ yếu xuất phát từ mục tiêu kiểm soát các tuyến giao thương trọng yếu và giành giật các nguồn tài nguyên mà trước hết là các mỏ dầu khí phát hiện được ở vùng biển Đông. Mặc dù đã có những cam kết thực hiện giải quyết vấn đề Biển Đông trên nguyên tắc đàm phán, hòa bình, hai bên đã ra Tuyên bố chung về ứng xử giữa các bên tại Biển Đông, nhưng đến nay những tranh chấp giữa các nước thành viên ASEAN và Trung Quốc vẫn chưa được giải quyết ổn thỏa. Có thể thấy bản Tuyên bố giữa hai bên không phải là một điều ước quốc tế buộc các bên ký kết, vì vậy hiệu lực của nó chỉ có giá trị nhất định về mặt biểu tượng, tinh thần và dư luận. Mục đích của bản Tuyên bố không nhằm giải quyết các tranh chấp lãnh thổ và pháp lý mà chỉ là một biện pháp xây dựng lòng tin và ngoại giao phòng ngừa nhằm duy trì hòa bình, ổn định, phát triển và quan hệ láng giềng hữu nghị giữa các bên [1, 86]. Bản Tuyên bố đã gạt Đài Loan ra ngoài trong khi Đài Loan là một bên tranh chấp. Bộ Ngoại giao Đài Loan đã bày tỏ sự bất bình trước việc mình bị gạt ra ngoài một Tuyên bố quan trọng như vậy. Tuyên bố cũng chưa giải quyết được một vấn đề khá cấp bách là khai thác kinh tế ở Biển Đông cũng như chưa có quy định hữu hiệu nhằm loại bỏ hoàn toàn nguy cơ xung đột bùng phát ở Biển Đông, mà chỉ giảm thiểu được nguy cơ đó. Trong thời gian tới, các nước cần phải tiếp tục đàm phàn, thảo luận để ký kết Bộ Quy tắc ứng xử ở Biển Đông, loại trừ khả năng xảy ra xung đột ở đây.