Cựng với sự phỏt triển của cơ chế thị trƣờng, cỏc tổ chức khoa học cũng dần thay đổi cơ chế tổ chức của mỡnh cho phự hợp hơn nhằm nắm bắt kịp thời cỏc thời cơ từ trong nƣớc cũng nhƣ nƣớc ngoài. Trong nghị quyết Hội nghị lần thứ 9 đó định hƣớng sự chuyển đổi cơ chế hoạt động cho cỏc đơn vị nghiờn cứu là: Đổi mới một cỏch cơ bản quản lý và tổ chức hoạt động KH&CN, lấy sự phỏt triển nhanh, hiệu quả và bền vững của đất nước làm mục tiờu chủ yếu của hoạt động KH&CN... Khẩn trương khắc phục tỡnh trạng bao cấp, hành chớnh húa hoạt động KH&CN... Khẩn tr-ơng chuyển cỏc tổ chức KH&CN nghiờn cứu triển khai sang hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp”.
Mục tiờu của việc chuyển đổi này thực chất là tổ chức lại cỏc đơn vị nghiờn cứu và triển khai kết quả khoa học thụng qua việc cung cấp kết quả nghiờn cứu cho xó hội mà tự trang trải và phỏt triển. Đồng thời tạo điều kiện để Nhà nƣớc cú đầu tƣ thớch đỏng, cú trọng tõm, trọng điểm cho một số cụng nghệ cao cú sức cạnh tranh và hiệu quả của nền kinh tế. Tuy nhiờn vấn đề đặt ra là mụ hỡnh ―cơ chế‖ nào là phự hợp đối với cỏc tổ chức KH&CN nghiờn cứu và triển khai hiện đang tồn tại ở nƣớc ta? Chuyển đổi nhƣ thế nào để trỏnh những thay đổi đột ngột cú thể kộo theo những ảnh hƣởng lõu dài? Hay nờn chăng cần cú một thời gian nhất định để giảm dần bao cấp và tạo điều kiện cho cỏc tổ chức khoa học tỡm đƣợc hƣớng phỏt triển KH&CN theo cơ chế tự chủ về tài chớnh?
Hiểu một cỏch đơn giản, khỏi quỏt nhất thỡ quỏ trỡnh từ khi một ý tƣởng khoa học xuất hiện đến lỳc ý tƣởng đú đi vào cuộc sống cú thể trải qua bốn giai đoạn chớnh nối tiếp nhau là: nghiờn cứu cơ bản – nghiờn cứu ứng dụng – Hoạt động triển khai và – phổ biến nhõn rộng cho sử dụng. Với quy trỡnh đú thỡ hiện nay cú nhiều cơ sở nghiờn cứu khoa học cú mảng nghiờn cứu cơ bản
là chớnh, cú những cơ sở lại thực hiện đều cả 4 giai đoạn, song cũng cú những cơ sở chỉ thực hiện giai đoạn cuối cựng là phổ biến và nhõn rộng. Ngoài ra, trong mỗi đơn vị KH&CN cũng cú những cụng việc riờng biệt mà nhiều khi cú thể thực hiện đƣợc cả bốn giai đoạn nhƣng nhiều khi lại chỉ thực hiện đƣợc một trong bốn giai đoạn trờn. Do đú rất khú để cú thể phõn riờng biệt cỏc loại hỡnh tổ chức khoa học.