Enzyme là loại protein đƣợc tạo thành trong tế bào, các enzyme thƣờng không có khả năng di chuyển qua màng sinh học, do đó việc tách chúng ra khỏi tế bào là rất khó khăn để thu nhận enzyme nội bào ngƣời ta phải phá vỡ tế bào bằng nhiều phƣơng pháp. Các phƣơng pháp phá vỡ tế bào thƣờng đƣợc sử dụng:
Phƣơng pháp cơ học. Nghiền bi, nghiền có chất trợ nghiền nhƣ bột thủy tinh, cát thạch anh, đồng hóa bằng thiết bị đồng hóa, li tâm….Phƣơng pháp vật lý nhƣ dùng sóng siêu âm. Phƣơng pháp hóa học nhƣ dùng các loại dung môi, butylic, acetone, glycerol, ethylacetate.
Có 3 khó khăn trong việc tách enzyme ra khỏi tế bào cần hết sức lƣu ý:
+ Enzyme có trong tế bào với lƣợng không lớn so với các thành phần khác.Do đó việc tách để thu nhận thành phần nhỏ này là rất khó khăn.
+ Enzyme là chất hữu cơ không bền, chúng rất dễ bị biến tính khi có tác động của các yếu tố bên ngoài.
+ Enzyme là protein. Protein enzyme luôn đi cùng những loại protein không phải enzyme nhƣng lại có tính chất lí hóa rất giống protein enzyme, do đó việc tách protein enzyme ra khỏi các loại protein gặp những khó khăn nhất định.
Sau khi phá vỡ tế bào, nƣớc, dung dịch đệm, dung dịch muối trung tính để tách enzyme ra khỏi sinh khối đã xử lý theo những phƣơng pháp trên. Dịch chiết thu đƣợc ngƣời ta gọi là dịch chiết enzyme thô vì trong chế phẩm này ngoài enzyme còn có nƣớc, protein không phải enzyme , các thành phần của tế bào.
Nhƣ vậy việc làm sạch enzyme chính là việc loại protein không phải là enzyme, nƣớc, các thành phần khác của tế bào khỏi enzyme.