Trước đây, quản lý tài nguyên nước được thực hiện theo phân cấp chính quyền của từng tỉnh. Tất cả ba tỉnh chịu sự chỉ đạo của Bộ NN&PTNT thông qua Cục Quản lý nước và CTTL là cơ quan chức năng quản lý tài nguyên nước của Bộ. Năm 2002, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã được thành lập từ sự hợp nhất một số cơ quan chính phủ: Tổng Cục KTTV, Tổng Cục Địa chính, Cục Môi trường– Bộ KHCN&MT (hiện nay là Cục Bảo vệ Môi trường), Cục Địa chất khoáng sản – Bộ Công Nghiệp và một bộ phận của Cục Quản lý nước và CTTL – Bộ NN&PTNT. Chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên nước từ Bộ NN&PTNT đã được chuyển giao cho Bộ TN&MT thông qua nghị định số 91/2001/NĐ-CP ngày 11-11-2002 của Chính phủ, trong đó đã qui định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ TN&MT như sau:
"Bộ Tài nguyên và Môi trường là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên đất, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, môi trường, khí tượng thuỷ văn, đo đạc và bản đồ trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công và thực hiện đại diện chủ sở hữu phần vốn của nhà nước tại các doanh nghiệp có vốn nhà nước trong lĩnh vực
tài nguyên đất, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, môi trường, khí tượng thuỷ văn, đo đạc và bản đồ theo quy định của pháp luật".
Khoản 6, điều 2 của nghị định quy định nhiệm vụ và quyền hạn cụ thể trong lĩnh vực quản lý tài nguyên nước như sau:
- Trình Chính phủ qui định việc phân công, phân cấp điều tra cơ bản và thẩm quyền cấp, thu hồi giấy phép về tài nguyên nước, chỉ đạo và kiểm tra việc phê duyệt;
- Tổng hợp số liệu, quản lý kết quả điều tra cơ bản, kiểm kê đánh giá tài nguyên nước và xây dựng cơ sở dữ liệu về tài nguyên nước.
- Qui định và chỉ đạo kiểm tra việc thực hiện các biện pháp bảo vệ tài nguyên nước.
- Là thường trực Hội đồng Quốc gia về Tài nguyên nước.
Việc thành lập Bộ TN&MT giúp quản lý thống nhất hơn về tài nguyên và môi trường, phân tách rõ ràng giữa chức năng quản lý nhà nước và chức năng phân phối dịch vụ, đồng thời tăng cường phối hợp giữa quản lý tài nguyên nước và quản lý môi trường (bao gồm cả chất lượng nước) và quản lý đất. Các mặt như quản lý thông tin tài nguyên nước được tăng cường đáng kể do công tác này trước kia được nhiều Bộ ngành khác nhau thực hiện (như Bộ NN&PTNT, Tổng Cục KTTV, Cục Môi trường).
Bảng 6. Các chức năng liên quan tới công tác quản lý tài nguyên nước trước và sau khi thành lập Bộ TN&MT
Trách nhiệm Bộ/ Ngành – trước khi
thành lập Bộ TN&MT thành lập Bộ TN&MT Bộ/ Ngành – sau khi
Quản lý nhà nước về tài nguyên nước – quy hoạch TNN, phân phối, cấp phép và thanh tra
Bộ NN&PTNT Bộ TN&MT
Trách nhiệm Bộ/ Ngành – trước khi thành lập Bộ TN&MT Bộ/ Ngành – sau khi thành lập Bộ TN&MT Tiêu Bộ NN&PTNT Bộ NN&PTNT Phòng chống lụt bão
Cấp nước nông thôn và các thành phố nhỏ
Quản lý lưu vực (đất rừng) Quản lý sử dụng đất (đất
nông nghiệp) Bộ NN&PTNT Bộ NN&PTNT
Quy hoạch sử dụng đất Tổng Cục Địa chính Bộ TN&MT Hợp tác quốc tế về quản lý
tài nguyên nước
Lưu vực sông Mêkông: Uỷ ban Quốc gia sông Mêkông Việt Nam, Bộ NN&PTNT chủ trì, có các Uỷ viên đại diện cho các Bộ
Hiện tại vẫn do Bộ NN&PTNT chủ trì
Cấp thoát nước đô thị Bộ Xây dựng Bộ Xây dựng
Thu thập các dữ liệu khí tượng thuỷ văn, nước mặt, nước ngầm, chất lượng nước Tổng Cục KTTV Bộ NN&PTNT Bộ KHCN&MT Bộ Công nghiệp Các Bộ ngành khác Bộ TN&MT và các Bộ ngành khác
Chất lượng nước Bộ KHCN&MT
Bộ NN&PTNT Bộ Y tế Bộ TN&MT Thuỷ điện, vận hành các hồ chứa Bộ Công nghiệp Bộ NN&PTNT (vận hành các hồ chứa lớn trong mùa lũ)
Bộ Công nghiệp, Bộ NN&PTNT, trong tương lai Bộ TN&MT có khả năng tham gia cấp phép các CTTL lớn Phân bổ ngân sách, quy
Trách nhiệm Bộ/ Ngành – trước khi thành lập Bộ TN&MT
Bộ/ Ngành – sau khi thành lập Bộ TN&MT
phối hợp các hỗ trợ quốc tế Bộ Kế hoạch và Đầu tư Bộ Kế hoạch và Đầu tư Đường sông và giao thông
thuỷ Bộ Giao thông Bộ Giao thông
Các tiêu chuẩn và quy định
đối với nước sạch Bộ Y tế Bộ Y tế
Tuy vậy. chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên nước giữa Bộ NN&PTNT và Bộ TN&MT chưa phù hợp. Bộ NN&PTNT là Bộ quản lý vận hành các công trình khai thác sử dụng nước lại cùng chia sẻ trách nhiệm với Bộ TN&MT cụ thể là “thống nhất quản lý lưu vực sông, khai thác sử dụng và phát triển tổng hợp các dòng sông theo quy hoạch, kế hoạch đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt”. Theo các quy định tại Điều 5 (Thẩm quyền phê duyệt quy hoạch, dự án về tài nguyên nước), Điều 64 (Nội dung quản lý quy hoạch lưu vực sông) trong Luật Tài nguyên nước thì Bộ NN&PTNT vẫn là cơ quan có thẩm quyền “phê duyệt các quy hoạch lưu vực sông quy hoạch hệ thống công trình thuỷ lợi theo sự uỷ quyền của Chính phủ”; theo Điều 17 của Nghị định số 179/1999/NĐ-CP về hướng dẫn thi hành Luật tài nguyên nước, Bộ NN&PTNT là cơ quan quyết định lập, quy chế cụ thể về tổ chức và hoạt động của cơ quan quản lý quy hoạch lưu vực sông. Trong khi đó Bộ TN&MT là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên nước, thường trực Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước lại gần như đứng ngoài đối với thẩm quyền này. Như vậy, việc thành lập Bộ TN&MT nhằm tạo ra sự quản lý thống nhất đối với các dạng tài nguyên và môi trường, khắc phục những nhược điểm trong cách quản lý hiện nay vẫn chưa hiệu quả, công tác quản lý tài nguyên nước lại rơi vào tình trạng phân tán