Hồ chứa có thể gây xói lở cho đoạn sông phía sau đập. Khi xây dựng các tuyến kênh qua vùng dân cư có thể một số gia đình sẽ phải sơ tán. Để xây dựng hệ thống kênh và những công trình trên kênh phải khai thác đất đắp, đá, sỏi, cát… có thể buộc một số ít hộ dân ở bãi vật liệu phải di chuyển nơi khác.
Làm giảm rất lớn khối lượng phù sa và tạo ra sự thay đổi chế độ phù sa ở hạ lưu công trình. Điều này có hả năng làm giảm nguồn dinh dưỡng cho hệ sinh thái vùng hạ lưu và cửa sông.
Ảnh hưởng đến diễn biến hình thái cửa sông và bờ biển, nhất là về mùa lũ, đoạn sông sẽ bị xói lở, làm thay đổi cảnh quan môi trường, hình thành hệ sinh thái nhân tạo có thể kém bền vững hơn trước.
Vận hành của hồ chứa sẽ làm thay đổi chế độ thuỷ văn ở hạ lưu do điều tiết nước của hồ, nhất là trong mùa lũ. Nói chung chế độ thuỷ văn của sông sẽ điều hoà hơn, thuận tiện cho phát triển kinh tế xã hội ở hạ lưu.
Mức độ ô nhiễm môi trường, đất, nước, không khí có thể tăng do việc sử dụng tăng lên các loại phân hoá học, thuốc trừ sâu trong các vùng nông nghiệp sử dụng nước tưới của hồ.
Có hồ chứa sẽ làm gia tăng nguy cơ lây lan các bệnh truyền nhiễm qua môi trường nước. Các bệnh dịch môi trường có thể phát triển mạnh ở các đô thị đầu mối, nơi trung tâm của giao lưu, nơi dồn xuống theo đường nước từ lưu vực, ở thượng du, do độ ẩm tăng nên có thể gia tăng dịch bệnh từ ven hồ sang các vùng xung quanh và xuống hạ du. Tuy nhiên, trên lưu vực và hạ du, dịch bệnh chỉ diễn ra thời gian ngắn, còn ở khu vực đầu mối có thể diễn ra dài và biến đổi hàng ngày.