quyết 49 NQ/TW của Bộ Chính trị về cải cách tư pháp.
Việc để cơ quan điều tra như hiện nay, tuy có mặt tích cực là có thể phát huy sức mạnh tổng hợp của Cơ quan Công an cho công tác điều tra, phát hiện tội phạm, hỗ trợ tích cực cho công tác quản lý nhà nước về an ninh trật tự, nhưng cũng rất nhiều bất cập. Thủ trưởng cơ quan điều tra ở địa phương là phó trưởng Công an cấp huyện hoặc phó giám đốc Công an cấp tỉnh, dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Trưởng Công an cấp huyện hoặc Giám đốc Công an cấp tỉnh. Cơ quan điều tra sẽ khó tránh khỏi việc bị cấp ủy chính quyền địa phương can thiệp vào hoạt động điều tra các vụ án cụ thể, nên cơ quan điều tra khó có thể độc lập để tuân theo pháp luật.
Mặt khác, để cơ quan công an vừa thực hiện chức năng quản lý nhà nước về an ninh trật tự vừa thực hiện chức năng điều tra, tập trung quá nhiều quyền lực vào một cơ quan, một cá nhân đứng đầu cơ quan công an địa phương dẫn đến độc quyền và lạm quyền. Việc cả một vùng, một địa phương trông
chờ gần như là duy nhất vào cơ quan công an địa phương đảm bảo an ninh trật tự và điều tra phát hiện tội phạm có thể chưa kịp thời, chưa đáp ứng được yêu cầu đòi hỏi của người dân. Thực tế đã có những cơ quan Công an địa phương không hoàn thành được cả hai nhiệm vụ này, bất lực, thậm chí làm ngơ, bảo kê cho tội phạm hoành hành, gây bức xúc trong quần chúng nhân dân, quyền và lợi ích hợp pháp của người dân và Nhà nước không được đảm bảo.
Việc thành lập hệ thống Cơ quan điều tra hoạt động độc lập, không phụ thuộc vào cơ quan công an địa phương như hiện nay, tương ứng với hệ thống Viện công tố, theo đúng tinh thần Nghị quyết 49 NQ/TW là một đòi hỏi cấp thiết trong việc đấu tranh, điều tra, phát hiện tội phạm và bảo đảm an ninh chính trị trật tự an toàn xã hội hiện nay. Cơ quan điều tra có thể chủ động trong việc điều tra phát hiện tội phạm. Đồng thời tạo điều kiện để cơ quan công an tập trung thực hiện tốt chức năng quản lý nhà nước về an ninh trật tự, trong quá trình thực hiện chức năng này phát hiện có dấu hiệu tội phạm có thể khởi tố vụ án và chuyển cho cơ quan điều tra tiến hành. Cả hai cơ quan này đều có trách nhiệm phát hiện và khởi tố vụ án, kiểm soát lẫn nhau, sẽ hạn chế việc độc quyền trong việc phát hiện, khởi tố vụ án. Khi có dấu hiệu phạm tội người dân có thể yêu cầu cả hai cơ quan này, sẽ đáp ứng tốt hơn yêu cầu về đấu tranh phòng chống tội phạm.