Hệ thống tổ chức của TAND ở Thanh Hóa được chia làm hai cấp theo đơn vị hành chính; cấp huyện có 27 đơn vị TAND (trong đó có 1 thành phố và 2 thị xã). TAND tỉnh có 05 chuyên trách, gồm: Tòa Hình sự, Tòa Dân sự, Tòa Hành chính, Tòa Lao động, Tòa Kinh tế và 03 phòng gồm: Văn phòng (phòng hành chính tổng hợp), Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng giám đốc - kiểm tra. Đến hết năm 2010, ngành TAND tỉnh Thanh Hóa có 353 biên chế, trong đó 287 người có trình độ đại học chiếm 81,3%. TAND tỉnh có 22 Thẩm phán, 25 Thư ký, 6 Thẩm tra viên và 15 công chức khác. Các TAND cấp huyện có 113 Thẩm phán, 142 Thư ký và công chức khác. Trong tổng số 135 Thẩm phán của ngành Tòa án tỉnh Thanh Hóa thì 100% là đảng viên, 100% có trình độ đại học, 49 người có trình độ cao cấp hoặc cử nhân chính trị. Toàn ngành có 474 Hội thẩm là những người có uy tín trong nhân dân, đại diện cho nhân dân trực tiếp tham gia xét xử các vụ án tại Tòa án. Ngành TAND tỉnh Thanh Hóa đã đạt được những thành tựu to lớn trong việc xây dựng và kiện toàn bộ máy tổ chức, đội ngũ cán bộ, không những tăng về số lượng mà nâng lên cả về trình độ chuyên môn và trình độ lý luận chính trị.
Thực hiện BLTTHS 2003 về việc tăng thẩm quyền xét xử đối với TAND cấp huyện, theo đó TAND cấp huyện được xét xử các tội phạm ít nghiêm trọng, tội phạm nghiêm trọng và tội phạm rất nghiêm trọng, do đó số lượng án hình sự sơ thẩm của TAND tỉnh giảm dần, đồng thời án hình sự của cấp huyện cũng dần tăng lên. Nhằm đáp ứng yêu cầu mới, những năm qua ngành Tòa án đã chú trọng đào tạo, bồi dưỡng cán bộ để tạo nguồn Thẩm phán, kết hợp công tác luân chuyển cán bộ và lãnh đạo theo Nghị quyết 11-NQ/TW ngày 25/01/2002 và Nghị quyết 42-NQ/TW ngày 30/11/2004, đồng thời cũng
đáp ứng yêu cầu chuyên môn nghiệp vụ của ngành. Tính đến hết năm 2009 tỉnh Thanh Hóa đã có 27/27 huyện được tăng thẩm quyền xét xử theo quy định của BLTTHS năm 2003. Đối với TAND tỉnh, sau khi tăng thẩm quyền đối với cấp huyện, số lượng án hình sự phúc thẩm sẽ tăng, để đáp ứng yêu cầu TAND tỉnh đã chủ động tăng cường Thẩm phán có trình độ chuyên môn cao, có kinh nghiệm thực tiễn để tham gia xét xử phúc thẩm.
Để làm tốt công tác ADPL trong hoạt động giải quyết án hình sự của tỉnh Thanh Hóa, trước hết phải làm tốt công tác tổ chức, sắp xếp hợp lý biên chế Thẩm phán, cán bộ để đáp ứng yêu cầu công việc. Bên cạnh đó, TAND tỉnh còn chú trọng bồi dưỡng những cán bộ có năng lực và kinh nghiệm, có phẩm chất đạo đức tốt, đưa đi đào tạo lớp nghiệp vụ để bổ nhiệm Thẩm phán TAND huyện. Mặc dù hoạt động của TAND cấp huyện không phân công chuyên môn hóa trong giải quyết các loại án, nhưng việc đào tạo chuyên sâu cũng cần đặt ra do những yêu cầu của cải cách Tư pháp hiện nay.
Cùng với việc kiện toàn cơ cấu tổ chức để nâng cao chất lượng và bảo đảm tính thống nhất về ADPL trong hoạt động giải quyết án hình sự, việc thường xuyên bồi dưỡng nâng cao trình độ, năng lực và phẩm chất chính trị cho Thẩm phán làm công tác giải quyết án hình sự là cần thiết. Cần có kế hoạch đào tạo, bồi dưỡng Thẩm phán chuyên sâu về nghiệp vụ đối với án hình sự, tổng kết thực tiễn và học tập nâng cao trình độ lý luận chính trị và lý luận pháp lý một cách thường xuyên.
Trong những năm qua, tuy điều kiện còn nhiều khó khăn về đội ngũ cán bộ, kinh phí đào tạo, cũng như cơ sở vật chất còn thiếu thốn chưa thực sự đáp ứng cho hoạt động, nhưng ngành TAND tỉnh Thanh Hóa đã khắc phục mọi khó khăn làm tốt công tác giải quyết án hình sự, hoàn thành nhiệm vụ được giao, góp phần tích cực trong đấu tranh phòng chống tội phạm, giữ vững an ninh chính trị trật tự an toàn xã hội trên địa bàn tỉnh, bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng, hợp pháp của người dân.