Công tác đấu thầu và chỉ định thầu đã được triển khai theo đúng quy định của nhà nước và các hướng dẫn của bộ, ngành Trung ương, theo đúng các thủ tục hành chính, nhưng còn một số vướng mắc tồn tại ở một số chủ đầu tư như:
- Hồ sơ kế hoạch mời thầu, đấu thầu tiêu chuẩn thang điểm thường làm chậm và không đầy đủ nhất là các chủ đầu tư không chuyên xây dựng cơ bản, chất lượng hồ sơ kém phải làm đi làm lại, gây chậm trễ.
- Về quy trình thẩm định cũng như duyệt kế hoạch đấu thầu chỉ định thầu chưa thực sự khoa học. Duyệt kế hoạch trước rồi mới duyệt hồ sơ mời thầu, thường thẩm định xong một hồ sơ phải mất từ 10-15 ngày. Thẩm định và phê duyệt kết quả trúng thầu từ 7-10 ngày; ký hợp đồng, duyệt hợp đồng
cũng mất 5-7 ngày. Như vậy, riêng công tác làm thủ tục đấu thầu cũng mất từ 1 tháng rưỡi đến 2 tháng. Cho nên hàng năm, công trình từ tháng 4, tháng 5 hoặc tháng 6 mới triển khai được.
- Trong đấu thầu, các chủ đầu tư chỉ muốn đấu thầu hạn chế, dẫn đến các nhà thầu có sự dàn xếp, cho nên mức tiết kiệm qua đấu thầu còn hạn chế. Chỉ các công trình đấu thầu rộng rãi mới thực chất rõ ràng, minh bạch và tăng được tính cạnh tranh và tiết kiệm trong xây dựng cơ bản .
- Có một số công trình đã thi công xong, hoặc thi công dở dang mới làm kế hoạch chỉ định thầu dẫn đến tình trạng sự việc đã rồi, buộc các cơ quan chức năng và Uỷ ban nhân dân phải giải quyết.