Công tác lập kế hoạch đầu tư là yếu tố rất quan trọng trong việc thực hiện đầu tư xây dựng bằng vốn ngân sách. Tất cả các dự án đều phải được lập kế hoạch cụ thể từ khâu chuẩn bị đầu tư, thực hiện dự án đầu tư cho đến việc thanh quyết toán và giải ngân vốn ngân sách.
Nhìn chung, các dự án lớn đã lập đúng trình tự kế hoạch theo quy định. Tuy nhiên, đại bộ phận các dự án có quy mô nhỏ do các huyện, thị hoặc do các xã, phường lập thì hầu hết không đủ nội dung theo các trình tự yêu cầu của một dự án theo quy định cho nên việc thẩm định thường phải sửa đi, sửa lại nhiều lần gây mất thời gian không cần thiết.
Nhiều dự án chưa có chủ trương của tỉnh nhưng các ngành, các huyện thị đã lập đưa lên sở kế hoạch và đầu tư để thẩm định và trình duyệt, nhưng cũng có những dự án đã có chủ trương của tỉnh nhưng việc triển khai xây dựng chậm, chất lượng không cao phải điều chỉnh nhiều lần.
Việc thẩm định các dự án thường vướng mắc nhất là thiếu các thủ tục, các căn cứ khoa học để xây dựng như đã nêu, áp dụng một số định mức chưa
thống nhất giữa các bộ, ngành và địa phương gây nên khó khăn trong việc xác định quy mô và khái toán vốn đầu tư.
Sở Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan được nhà nước giao cho làm công việc này đã cố gắng làm theo đúng quy trình như: soát xét các hồ sơ trình duyệt của chủ đầu tư, phối hợp với các cơ quan quản lý tổng hợp và các sở quản lý chuyên ngành, hoàn thiện văn bản trình Uỷ ban nhân dân tỉnh phê duyệt. Tuy nhiên, trong thời gian qua trên địa bàn tỉnh Phú Thọ vẫn chưa xây dựng được kế hoạch đầu tư trung và dài hạn, kế hoạch chỉ được điều hành trong một năm và mang nhiều yếu tố chủ quan, thiếu căn cứ khoa học, có hiện tượng khéo “chạy” thì được bố trí vốn, nên vội vàng thuê tư vấn thiết kế lập dự án theo khối lượng vốn đơn vị “xin” được cho dự án, chưa xuất phát từ yêu cầu thực tế của chiến lược phát triển kinh tế – xã hội hay quy hoạch tổng thể của tỉnh. Chính vì vậy vốn đầu tư thường dàn trải, chia mỗi công trình một ít dẫn đến tình trạng đường xá, cầu cống, công trình công cộng vừa làm năm nay thì sang năm đã xuống cấp, sau đó lại lập dự án cải tạo, sửa chữa. Các công trình đầu tư cho giáo dục và y tế cũng trong tình trạng tương tự.