Bờn cạnh những kết quả đạt được, hoạt động hũa giải vẫn cũn cú những tồn tại như sau:
- Mụ hỡnh thành lập ở mỗi thụn, khu dõn cư 01 tổ hũa giải vẫn chưa thực hiện triển khai được do vậy cũn hạn chế cho việc giải quyết kịp thời những việc vi phạm phỏp luật và tranh chấp trong nhõn dõn ở cơ sở vẫn chưa được thực hiện.
- Chưa đảm bảo 100% cỏc tổ hũa giải được tổ chức kiện toàn theo Luật hũa giải ở cơ sở.
- Số lượng hũa giải viờn cú tớnh khụng ổn định do cỏc chức danh hay cú sự thay đổi về cơ cấu nhõn sự nờn việc bầu lại cỏc hũa giải viờn theo quy trỡnh cũn mang nặng tớnh hỡnh thức hoặc khụng kịp thời kiện toàn để đảm bảo hiệu quả hoạt động của cỏc tổ hũa giải.
- Cũn tỡnh trạng hạn chế về trỡnh độ nghiệp vụ, kiến thức phỏp luật nờn hũa giải viờn chưa nắm bắt kịp thời chớnh sỏch của Đảng, phỏp luật của Nhà nước để vận dụng trong quỏ trỡnh hoà giải. Cú một số nơi như vựng đồng bào dõn tộc thiểu số hũa giải viờn xem xột tớnh chất vụ việc theo tiền lệ mà khụng chỳ ý đến sự thay đổi của phỏp luật và quy định của phỏp luật hoặc cú hũa giải viờn lại khụng vận dụng đỳng, đầy đủ cỏc quy định phỏp luật trong quỏ trỡnh hoà giải, vỡ vậy đó ảnh hưởng khụng nhỏ đến kết quả hoà giải;
- Sự phối hợp giữa Mặt trận tổ quốc và Tư phỏp cú lỳc, cú nơi cũn hạn chế. Nhiều nơi cụng tỏc phối hợp trong việc xõy dựng, củng cố toàn tổ hoà giải; chỉ đạo hướng dẫn hoạt động; bồi dưỡng nghiệp vụ cho hoà giải viờn giữa cơ quan Tư phỏp và Uỷ ban MTTQ Việt Nam cựng cấp ở một số địa phương chưa thực sự chặt chẽ. Nguyờn nhõn do chưa xõy dựng được khung cơ chế phối hợp thống nhất cho toàn hệ thống Tư phỏp và mặt trận về vai trũ, trỏch nhiệm của mỗi ngành cũng như cơ chế đảm bảo trỏch nhiệm giữa cỏc cơ quan trong việc chỉ đạo, xõy dựng tổ chức hoạt động hũa giải ở cơ sở.
- UBND cỏc cấp mới chỉ xõy dựng kế hoạch và bố trớ kinh phớ cho hoạt động quản lý nhà nước về cụng tỏc hũa giải mà chưa giải quyết được vấn đề thự lao của hũa giải viờn, vấn đề hỗ trợ kinh phớ sinh hoạt định kỳ hàng thỏng cho hũa giải viờn.
- Cụng tỏc quản lý Nhà nước về hũa giải ở một số xó, phường, thị trấn cũn chưa chặt chẽ. Chế độ bỏo cỏo, thống kờ về cơ cấu tổ chức, về cỏc vụ hũa giải chưa được thực hiện tốt. Nhiều nơi chưa lập được sổ theo dừi vụ việc theo quy định của Luật hũa giải ở cơ sở.
- Nhiều hũa giải viờn đang cũn hạn chế về trỡnh độ nghiệp vụ, kiến thức phỏp luật, chưa nắm bắt kịp thời chớnh sỏch của Đảng, phỏp luật của Nhà nước để vận dụng trong quỏ trỡnh hoà giải.