103/2009/QĐ-TTg đã tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu nhưng vẫn đảm bảo yêu cầu quản lý nhà nước của cơ quan Hải quan, làm cơ sở cho việc thực hiện Kế hoạch và Chiến lược của ngành Hải quan. Bên cạnh đó, từ khi triển khai Quyết định số 103/2009/QĐ- TTg đã khẳng định quyết tâm của Cục Hải quan Thừa Thiên Huế trong việc thống nhất về nhận thức, hành động của đội ngũ cán bộ, công chức trong đơn vị về công tác cải cách hiện đại hóa nói riêng cũng như cải cách thủ tục hành chính nói chung. Triển khai thực hiện công văn số 1752/VPCP-KHTH ngày 23/3/2011 của Văn phòng Chính phủ, Cục Hải quan Thừa Thiên Huế đã đầu tư máy móc, trang thiết bị công nghệ thông tin phục vụ thực hiện thủ tục Hải quan điện tử, nâng cấp phần mềm thủ tục Hải quan điện tử đáp ứng yêu cầu triển khai cho các loại hình mới, xây dựng và triển khai phần mềm giám sát, nối mạng tới các điểm giám sát, thí điểm áp dụng chữ ký số trong thủ tục Hải quan điện tử, phối hợp chặt chẽ với các Công ty tin học cung cấp phần mềm đầu cuối cho doanh nghiệp.
Hoàn chỉnh việc khai báo từ xa qua Website và phần mềm cài đặt tại doanh nghiệp ở các chi cục Hải quan trực thuộc.
+ Trên 95% số tờ khai xuất khẩu làm thủ tục tại đơn vị được khai báo qua mạng máy tính.
+ 100% kim ngạch XNK loại hàng gia công, nhập sản xuất, xuất khẩu được làm thủ tục khai báo từ xa và quản lý bằng chương trình ứng dụng công nghệ thông tin.
+ Triển khai ứng dụng phần mềm quản lý phương tiện vận tải đường bộ xuất nhập cảnh.
Hoàn thiện phương pháp luận thống kê, sử dụng các khái niệm và định nghĩa chuẩn quốc tế trong lĩnh vực thống kê Nhà nước về Hải quan theo quyết định số 111/2008/QĐ-TTg ngày 15/08/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
Phối hợp chặt chẽ với các cơ quan quản lý Nhà nước trong việc thực hiện các thủ tục có liên quan đến thủ tục Hải quan như công an, bộ đội, biên
phòng, ngân hàng, cảng vụ, cơ quan kiểm dịch… Tranh thủ sự quan tâm chỉ đạo và đồng tình ủng hộ của cấp ủy Đảng, chính quyền các cấp trong thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về Hải quan trên địa bàn.
Nhờ làm tốt công tác cải cách thủ tục Hải quan nên lượng hàng hóa, kim ngạch XNK, hành khách XNC tăng bình quân hằng năm trên 30%. (số liệu cụ thể có đính kèm tại phụ lục).
Kết quả thực hiện thủ tục Hải quan điện tử đến hết ngày 15/8/2012 đạt: 2/4 Chi cục Hải quan, số lượng loại hình thực hiện là: gia công, nhập sản xuất hàng xuất khẩu… số lượng doanh nghiệp thực hiện thủ tục Hải quan điện tử 19/67 doanh nghiệp thường xuyên làm thủ tục tại đơn vị; số lượng tờ khai đạt 6.312 tờ, thời gian thông quan trung bình: luồng xanh từ 3-15 phút; luồng vàng từ 10-60 phút; luồng đỏ phụ thuộc thời gian kiểm tra thực tế hàng hóa.
- Đẩy mạnh Kiểm tra sau thông quan
Do sự cần thiết của việc kiểm tra sau thông quan, Việt Nam cũng đã đưa ra những cơ sở pháp lý tạo điều kiền thuận lợi cho kiểm tra sau thông quan phát triển, đồng thời đẩy mạnh hiệu quả của hoạt động Hải quan trong môi trường hội nhập kinh tế. Để việc kiểm tra sau thông quan có cơ sở pháp lý rõ ràng hơn Nghị định 16/NĐ-CP về thủ tục Hải quan, giám sát Hải quan và lệ phí Hải quan đã đưa kiểm tra sau giải phóng hàng thành một bước trong quy trình thủ tục Hải quan. Tuy đã có quy định trong Nghị định này nhưng cơ sở pháp lý của việc kiểm tra sau thông quan chưa đầy đủ, chưa có các quy định cụ thể để triển khai nghiệp vụ này trên thực tế, thêm vào đó hệ thống kiểm toán Hải quan chưa phát triển gây trở ngại cho việc thực hiện kiểm tra sau thông quan.
Kiểm tra sau thông quan nhằm xác định mức độ chính xác, trung thực của việc kê khai về hàng hóa, tự tính và nộp thuế, mức độ chấp hành pháp luật của doanh nghiệp, làm cơ sở cho việc truy thu, truy hoàn tiền thuế, xác
định mức độ ưu tiên trong quản lý của Hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp và xử lý vi phạm pháp luật về thuế, về Hải quan
Do còn nhiều bất cập và nhu cầu của quá trình cải cách nên Chính phủ đã đưa ra cơ sở pháp lý rõ ràng hơn cho việc kiểm tra sau thông quan trong điều 32 - Luật Hải quan và đặc biệt là Nghị định 102/2001/NĐ-CP quy định về kiểm tra sau thông quan, nay được thay thế bằng Nghị định 154/2005/NĐ- CP, Thông tư 194/2010/TT-BTC quy định rất cụ thể về các vấn đề có liên quan đến kiểm tra sau thông quan từ khái niệm, đối tượng, phạm vi, nguyên tắc kiểm tra, nội dung, trình tự, thủ tục kiểm tra cho đến các nghĩa vụ, quyền trong kiểm tra sau thông quan cũng như việc giải quyết khiếu nại, tố cáo, xử lý vi phạm và khen thưởng, tổ chức thực hiện kiểm tra sau thông quan. Áp dụng phương pháp quản lý rủi ro trong kiểm tra sau thông quan để quyết định việc kiểm tra hoặc không kiểm tra, kiểm tra trước hoặc kiểm tra sau, kiểm tra theo kế hoạch, kiểm tra chọn mẫu hoặc kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm pháp luật đối với đối tượng kiểm tra.
Có thể nói cho đến nay cơ sở pháp lý của hoạt động kiểm tra sau thông quan đã khá đầy đủ, tuy nhiên cũng còn nhiều khó khăn trong việc thực hiện kiểm tra sau thông quan. Trong thời gian tới, để kiểm tra sau thông quan được tiến hành có hiệu quả, ngành Hải quan và các bộ ngành có liên quan cần tạo dựng, hoàn thiện hơn nữa cơ sở pháp lý và hệ thống kiểm toán Hải quan có đủ khả năng trong việc thực hiện kiểm tra sau thông quan; đưa ra những biện pháp, hướng dẫn cụ thể trong nghiệp vụ thực hiện kiểm tra sau thông quan sao cho việc thực hiện đảm bảo thuận lợi cho các doanh nghiệp và công tác quản lý của cơ quan Hải quan. Bên cạnh đó củng cố thêm hệ thống cung cấp thông tin tạo cơ hội tiếp xúc thông tin để quản lý và kinh doanh cho cả cơ quan Hải quan, các doanh nghiệp, các tổ chức có liên quan, tạo ra sự phối hợp chặt chẽ thúc đẩy sự phát triển lẫn nhau của các hoạt động.