- Hệ thống phỏp luật của chỳng ta đang trong giai đoạn hoàn thiện, thời hạn điều tra ban đầu cũn quỏ ngắn. Xuất phỏt từ trỡnh độ của điều tra viờn, số lượng điều tra viờn ớt, địa hỡnh nước ta hiểm trở, cỏc phương tiện kỹ thuật cũn hạn chế mà thời hạn để điều tra ban đầu quỏ ngắn dẫn đến việc cỏc điều tra viờn khụng điều tra được kỹ càng;
- Trong hoạt động lập phỏp cũng như ỏp dụng phỏp luật, nhận thức về bản chất, vai trũ của chế định trả hồ sơ để điều tra bổ sung cũn chưa thống nhất, thiếu nhất quỏn. Chế định trả hồ sơ để điều tra bổ sung được xõy dựng trờn qua điểm khụng bỏ lọt tội phạm, mối quan hệ phối hợp giữa cỏc cơ quan tiến hành tố tụng mà chưa xuất phỏt từ cơ chế và cỏc chức năng buộc tội của Viện kiểm sỏt, chức năng xột xử của Tũa ỏn; Từ quan hệ chế ước giữa Cơ quan điều tra, Viện kiểm sỏt và Tũa ỏn. Vỡ vậy, cỏc căn cứ trả hồ sơ để điều tra bổ sung trong giai đoạn truy tố và xột xử khụng khỏc nhau; trong nhiều trường hợp biến Tũa thành cơ quan buộc tội; đồng thời trong nhiều trường hợp cỏc cơ quan tiến hành tố tụng đó "phối hợp" với nhau để kộo dài thời hạn tố tụng, giỳp nhau "khắc phục" cỏc sai sút trong tố tụng hỡnh sự... gõy thiệt hại cho người tham gia tố tụng, nhất là bị can, bị cỏo;
- Cỏc quy định của phỏp luật về căn cứ để trả hồ sơ để điều tra bổ sung cũn chung chung dẫn đến nhiều cỏch hiểu và ỏp dụng khỏc nhau. Dẫn đến việc hiểu và vận dụng điều luật của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng khụng đồng nhất;
- Cỏc văn bản hướng dẫn ỏp dụng phỏp luật cũn thiếu về số lượng, thậm chớ một số văn bản cũn mõu thuẫn, chồng chộo.
- Nghị quyết 388/2003/NQ-UBTVQH11 về: "Bồi thường thiệt hại cho người bị oan do người cú thẩm quyền trong hoạt động tố tụng gõy ra" đó được ỏp dụng trờn thực tế từ nhiều năm nay. Tuy nhiờn trờn thực tế vẫn chưa cú cơ chế phỏp luật rừ ràng bảo đảm cho người tiến hành tố tụng yờn tõm cụng tỏc, nhất là trong trường hợp để xảy ra oan, sai dẫn đến một số thẩm phỏn, Kiểm sỏt viờn cú tõm lý quỏ thận trọng trong việc xử lý tội phạm hoặc nộ trỏnh, đựn đẩy trỏch nhiệm, nhất là đối với cỏc vụ ỏn phức tạp, dư luận quan tõm...