Một số cấp ủy, tổ chức đảng nhận thức chưa đầy đủ, chưa quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức thực hiện kiểm tra, giám sát. Một số người đứng đầu cấp ủy, tổ chức, cơ quan, đơn vị còn có biểu hiện sợ mất cán bộ, ảnh
hưởng đến uy tín, thành tích nên khi thấy cán bộ có khuyết điểm hoặc có biểu hiện vi phạm về tham nhũng, lãng phí đã không chỉ chỉ đạo, tổ chức kiểm tra, giám sát, xem xét trách nhiệm và xử lý kịp thời. Một số trường hợp cấp ủy, người đứng đầu cấp ủy, cơ quan, đơn vị có biểu hiện ngăn cản không cho Ủy ban kiểm tra tiến hành kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm, giải quyết tố cáo đối với cấp ủy viên cùng cấp, cán bộ thuộc diện cấp ủy quản lý có dấu hiệu vi phạm. Dấu hiệu vi phạm thường khó phát hiện, đối tượng vi phạm thì dùng thủ đoạn tinh vi, thậm chí có sự câu kết giữa cấp trên với cấp dưới, tìm mọi cách gây khó khăn, trở ngại cho quá trình kiểm tra, giám sát. Vì vậy, Ủy ban kiểm tra vừa có tâm lý nể nang, né tránh, ngại va chạm, vừa gặp khó khăn, trở ngại trong quá trình tiến hành kiểm tra, giám sát. Việc phối hợp giữa Ủy ban kiểm tra với các tổ chức đảng có liên quan với các cơ quan bảo vệ pháp luật trong kiểm tra, xử lý vi phạm cán bộ, đảng viên vi phạm còn rất hạn chế.
Một số quy định của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước còn thiếu đồng bộ, thậm chí mâu thuẫn, chồng chéo, khó khăn cho quá trình kiểm tra, giám sát, xử lý khi có khuyết điểm, vi phạm nhưng chậm được sửa đổi, bổ sung, điều chỉnh kịp thời. Ví dụ ngay trong Điều lệ Đảng chưa có phần xác định nhiệm vụ phòng, chống tham nhũng cho Ủy ban kiểm tra các cấp; trong nhận thức của nhiều người còn cho là Ủy ban kiểm tra chỉ giải quyết các vi phạm trong nội bộ Đảng. Trong thực tế, ở nước ta chỉ có một Đảng duy nhất lãnh đạo chính quyền và toàn xã hội nên mọi cán bộ, đảng viên được phân công ở hầu hết các lĩnh vực, địa bàn; chưa có cơ chế bảo vệ người dũng cảm đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí và phát huy vai trò trách nhiệm của nhân dân tham gia kiểm tra, giám sát phòng, chống tham nhũng đối với cán bộ, đảng viên; vẫn còn tình trạng người tích cực đấu tranh chống tham nhũng bị trù dập.
Nhận thức của một số cấp ủy, tổ chức đảng và đảng viên về vị trí, vai trò quan trọng của công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật trong Đảng chưa đầy
đủ; chưa quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện tốt nhiệm vụ này, do đó đã làm ảnh hưởng đến chất lượng, hiệu quả các cuộc kiểm tra, giám sát nói riêng và công tác xây dựng Đảng nói chung. Xử lý kỷ luật còn chưa nghiêm, chưa kịp thời, chưa đồng bộ, thiếu công bằng; có nhiều ý kiến cho rằng người vi phạm nhỏ khi phát hiện thì bị xử lý kỷ luật nghiêm minh; tuy nhiên nhiều cán bộ cơ quan nhà nước tham nhũng, vi phạm lớn để làm giàu, mua chức vụ khi bị phát hiện thì không bị kỷ luật hoặc đưa ra nhiều lý do để xử lý nhẹ, có nhiều trường hợp vẫn tiếp tục được đề bạt, bổ nhiệm.
Nhiều ban cán sự đảng, đảng đoàn, các ban xây dựng đảng thực hiện nhiệm vụ kiểm tra theo Điều 30, Điều lệ Đảng còn hình thức, chất lượng hạn chế. Đây là một khuyết điểm kéo dài nhưng chậm được khắc phục.
Việc thực hiện một số nhiệm vụ, quy định mới của Đảng trong nhiệm kỳ X còn lúng túng, hiệu quả chưa cao (như thực hiện Quy chế chất vấn trong Đảng, thực hiện nhiệm vụ giám sát, giám sát chuyên đề của các cấp ủy, các ban đảng, chi bộ...).
Tính độc lập của Ủy ban kiểm tra Đảng các cấp và các cơ quan bảo vệ pháp luật chưa cao, nhìn thấy tham nhũng nhưng ngại "giở pháp luật" vì Thường vụ chưa lên tiếng, thói quen " xin phép, báo cáo cấp ủy" trước khi ra quyết định kiểm tra, giám sát đối với tổ chức và cá nhân đảng viên có hành vi tham nhũng; nhiều người hoặc mơ hồ hoặc cố tình suy luận nguyên tắc Đảng lãnh đạo Nhà nước trực tiếp, toàn diện, nên mọi việc nhất nhất phải xin ý kiến cấp ủy. Sinh thời Chủ tịch Hồ Chí Minh đã nói: "Cần phải nhớ rằng: Chi bộ là một tổ chức lãnh đạo chính trị, chứ không phải là một tổ chức hành chính". Hiện nay chúng ta đang xây dựng Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa, pháp luật chính là sự cụ thể hóa các chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, do vậy, Ủy ban kiểm tra Đảng các cấp cần triệt để tôn trọng tính tối cao của Hiến pháp và luật, đề cao tính độc lập trong phòng, chống tham nhũng.
Ủy ban kiểm tra và đội ngũ cán bộ kiểm tra ở một số nơi chưa đủ mạnh, chưa ngang tầm với nhiệm vụ, chưa bám sát cơ sở, địa bàn, lĩnh vực để
chủ động tham mưu, đề xuất giải quyết những vụ việc bức xúc nổi cộm ngay tại địa phương, đơn vị mình, để vi phạm xảy ra trong một thời gian dài, tình hình trở nên phức tạp, gây hậu quả nghiêm trọng mới được xem xét, xử lý, trong khi nhiệm vụ kiểm tra, giám sát ngày càng nặng nề, phức tạp, đòi hỏi cao hơn.
Qua công tác kiểm tra, giám sát cho thấy tình hình chấp hành kỷ luật trong Đảng nổi lên những vấn đề đáng lưu ý như sau:
- Còn có những biểu hiện mất dân chủ, dân chủ hình thức: là ý chí của một người lãnh đạo nhưng được hợp thức hóa bằng nghị quyết của ban thường vụ, của cấp ủy nên rất khó tìm ra chứng cứ; cục bộ, "bằng mặt, không bằng lòng" trong quan hệ của thường trực cấp ủy còn diễn ra ở một số nơi, mà nguồn gốc sâu xa, nguyên nhân trực tiếp là vấn đề bố trí, sắp xếp, bổ nhiệm cán bộ và thực hiện các dự án đầu tư, xây dựng cơ bản, giao đất, giao dự án..., dẫn đến trong nội bộ thiếu tôn trọng, thiếu tin tưởng, thiếu chân thành với nhau và mất đoàn kết.
- Tình trạng suy thoái về đạo đức, lối sống trong một bộ phận cán bộ, đảng viên vẫn diễn ra nghiêm trọng, với biểu hiện buông thả trong quan hệ nam nữ, rượu chè, bài bạc... đã làm "hoen ố" hình ảnh người cán bộ, người đảng viên trước quần chúng.
- Sự suy thoái về chính trị tư tưởng đang diễn biến phức tạp. Một số cán bộ, đảng viên cơ hội, thực dụng, phai nhạt lý tưởng cách mạng, "tự chuyển hóa", "tự suy thoái", thiếu niềm tin vào Đảng và con đường đi lên xã hội chủ nghĩa ở nước ta.
- Tham nhũng, lãng phí chưa được ngăn chặn và đẩy lùi, đấu tranh chống tham nhũng chưa quyết liệt, chưa triệt để, ai cũng lên án trên lời nói nhưng hành động cụ thể thì né tránh, ngại va chạm. Một số vụ tham nhũng khi xử lý thì tình cảm lấn át lý trí, đáng xử lý hình sự thì lại xử lý bằng hành chính, xử lý nội bộ. ở một số nơi, đảng viên có dấu hiệu tham nhũng, lãng phí,
uy tín giảm sút, nhưng chưa trường hợp nào phải xem xét, cân nhắc bố trí công việc khác cho phù hợp theo tinh thần Nghị quyết Trung ương 3, khóa X về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phòng, chống tham nhũng, lãng phí.
- Tinh thần tự phê bình và phê bình quá yếu. Tình trạng nể nang, né tránh, ngại va chạm, "dễ người, dễ ta", không có chính kiến còn khá phổ biến trong sinh hoạt đảng, tạo cho một số cán bộ cơ hội chính trị, thực dụng kinh tế hoành hành.
- Tính gương mẫu, tấm gương của người cán bộ, đảng viên, kể cả cán bộ cấp cao giảm sút. Tình trạng để vợ (chồng), con, người thân lợi dụng chức vụ, quyền hạn của mình để thu vén cá nhân, giàu lên quá nhanh, làm cho quần chúng bất bình. Một số nơi mối quan hệ giữa "ý Đảng" với "lòng dân" chưa được đồng thuận, giữa cán bộ lãnh đạo với quần chúng có lúc trở nên căng thẳng. Những biểu hiện đó là trái với truyền thống của dân tộc phương Đông: "một tấm gương sống còn có giá trị hơn một trăm bài diễn văn tuyên truyền" [28, tr. 26]. Một số cán bộ, đảng viên tích cực và những người dân lương thiện, cần cù lao động cũng thấy chán ngán, mệt mỏi khi nhìn vào thực trạng một số tổ chức và cá nhân làm thất thoát một số lượng lớn tài sản và tiền bạc của nhân dân nhưng chưa thấy trách nhiệm của mình.