Trước hết, cải cách hiện đại hóa Cục Hải quan Hà Tĩnh phải phù hợp với xu thế chung của ngành Hải quan Việt Nam, với định hướng, quy hoạch phát triển của chính quyền địa phương, đồng thời phù hợp với chiến lược cải cách nền hành chính quốc gia của Chính phủ.
Trong quá trình chuẩn bị gia nhập tổ chức Thương mại Thế giới WTO, Hải quan Việt Nam đã triển khai thực hiện các biện pháp nhằm cải cách, hiện đại hóa công tác quản lý Hải quan với định hướng tạo thuận lợi cho doanh nghiệp. Và sau khi đã trở thành thành viên chính thức của tổ chức này, Hải quan Việt Nam đã xác định định hướng tạo thuận lợi cho thương mại trong chiến lược cải cách, hiện đại hóa ngành Hải quan.
Cục Hải quan Hà Tĩnh - trong lộ trình thực hiện Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa - phấn đấu trở thành một cục Hải quan phát triển theo hướng hiện đại hóa, tin học hóa. Theo đánh giá của ông Nguyễn Thiện - Ủy viên Ban Thường vụ, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Hà Tĩnh – trong những năm qua Cục Hải quan Hà Tĩnh là đơn vị triển khai có hiệu quả công tác cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hóa hải quan theo định hướng và tinh thần chỉ đạo của Tổng Cục Hải quan Việt Nam và UBND tỉnh Hà Tĩnh. Cũng theo ông Thiện thì đây còn là một trong những đơn vị đi đầu trong công tác cải cách thủ tục hành chính tại Hà Tĩnh, đóng góp không nhỏ vào việc cải thiện hình ảnh và chỉ số PCI ( Chỉ số năng lực cạnh tranh cấp tỉnh (PCI) là bảng xếp hạng thường niên, được Phòng Công nghiệp và Thương mại Việt Nam (VCCI) thực hiện cùng phòng Thương mại Mỹ và Phòng Thương mại châu Âu) của tỉnh Hà Tĩnh thời gian qua.
Thứ hai, cải cách hiện đại hóa theo hướng hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng hiện đại hơn, thủ tục hải quan đơn giản, hài hòa, tuân thủ các chuẩn mực và thông lệ quốc tế, vừa tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh, thúc đẩy sản xuất trong nước, thu hút đầu tư nhưng cũng phải đảm bảo yêu cầu quản lý Nhà nước về Hải quan chặt chẽ, đúng pháp luật, nâng cao ý thức tuân thủ và chấp hành pháp luật của các tổ chức, cá nhân tham gia.
Thứ ba, tập trung tối đa các nguồn lực và huy động trí tuệ toàn Cục cho việc cải cách và hiện đại hóa một cách có trọng tâm, trọng điểm.
