- Áp lực về tạo điều kiện tối đa cho việc cho hoạt động thương mại quốc tế và tạo môi thuận lợi để thu hút đầu tư sẽ rất lớn. Vì lúc này ngành Hải quan Việt Nam vừa phải đảm bảo tạo thuận lợi cho thương mại nhưng không buông lỏng công tác
quản lý và đảm bảo an ninh. Điều đó có nghĩa là ngành Hải quan phải tăng cường áp dụng các nghiệp vụ hải quan hiện đại sao cho vừa đảm bảo khả năng kiểm soát nhưng lại không cản trở hoạt động thương mại.
- Áp lực về nguồn nhân lực với thói quen làm việc lâu năm theo kiểu thủ công. Gia nhập WTO cũng có nghĩa là khối lượng công việc nhiều lên, tính chất công việc cũng phức tạp hơn và công việc diễn ra trong môi trường quản lý hiện đại, đòi hỏi cao về trình độ cán bộ. Để thực hiện được những yêu cầu này ngành Hải quan cần tập trung công tác đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ, năng lực chuyên môn nghiệp vụ, đạo đức nghề nghiệp cho cán bộ công chức hải quan.
- Áp lực về sự thiếu đồng bộ trong các văn bản, cơ chế chính sách trong ngành hải quan và giữa các văn bản quản lý nhà nước về hải quan với các bộ ngành khác, thiếu sự nhất quán giữa các văn bản thực hiện trong nước với hệ thống các quy định phải tuân thủ của WTO…
- Trong bối cảnh kinh tế khó khăn, các doanh nghiệp cũng gặp những khó khăn và thách thức không nhỏ khi thực hiện thủ tục Hải quan điện tử đó là: Các doanh nghiệp cũng phải “tính toán” kỹ trong việc đầu tư, nâng cấp cơ sở vật chất, hệ thống trang thiết bị về công nghệ thông tin; cân nhắc việc đầu tư nâng cao trình độ nghiệp vụ cho cán bộ hoặc tuyển dụng cán bộ phục vụ cho thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
