Cả điều tra trước can thiệp và điều tra sau can thiệp đều sử dụng phương pháp chọn mẫu chùm 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 là xây dựng khung chọn mẫu và chọn chùm; giai đoạn 2 là giai đoạn chọn cá nhân tham gia nghiên cứu.
Giai đoạn 1: Xây dựng khung mẫu và lựa chọn chùm. Lập bản đồ các tụ điểm nơi các cá nhân có thể được tiếp cận và tham gia nghiên cứu.
Các cán bộ tham gia lập bản đồ gồm cán bộ Sở y tế, Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS, Trung tâm Y tế dự phòng, nhân viên y tế quận/ huyện. Các cán bộ tham gia lập bản đồ đã tới các tụ điểm nơi có thể tiếp cận được các đối tượng nghiên cứu. Phối hợp với các cán bộ lập bản đồ là hệ thống đồng đẳng viên, giúp cho việc tiếp cận với nhóm đối tượng được dễ dàng hơn.
Qua tiếp xúc một số người cung cấp thông tin chính, các cán bộ đã xác định được vài tụ điểm ban đầu (gồm cả tụ điểm trên đường phố và tụ điểm ở cơ sở dịch vụ giải trí), sau đó sử dụng phương pháp hòn tuyết lăn để tìm thêm các tụ điểm khác. Tại các tụ điểm, các cán bộ điều tra thực hiện phỏng vấn nhanh với nhân viên bảo vệ, chủ nhà hàng để nắm được kích cỡ quần thể và cách tiếp cận; Các cán bộ lập bản đồ phải lập được phiếu báo cáo thông tin về tụ điểm được tiếp cận gồm địa chỉ, đặc điểm nhận dạng (ví dụ quán mát xa X, vườn hoa Y), số lượng PNBD tại tụ điểm và các thời điểm có thể tiếp cận được nhóm đối tượng. Quá trình lập bản đồ kết thúc khi không có tụ điểm mới nào được phát hiện và đã bao phủ toàn bộ khu vực được điều tra.
Cuối cùng, toàn bộ các thông tin về các tụ điểm cùng kích cỡ của từng tụ điểm được tổng hợp để xây dựng khung chọn mẫu. Đơn vị chọn mẫu cơ bản (chùm) là một nhóm gồm ít nhất 10 PNBD. Nếu các điểm nào có ít hơn 10 PNBD thì 2-3 điểm gần nhau sẽ được gộp lại để thành một chùm có từ 10 PNBD trở lên. Danh sách tất cả các chùm được sử dụng làm khung chọn mẫu và 30 chùm trong số này được lựa chọn một cách ngẫu nhiên.
Giai đoạn 2: Lựa chọn các cá thể tham gia nghiên cứu tại các tụ điểm được lựa chọn.
Các cán bộ nghiên cứu cùng giáo dục viên đồng đẳng tới các tụ điểm được chọn tiếp cận các cá thể đủ điều kiện tham gia nghiên cứu. Nếu tại 1 tụ điểm, số cá nhân đạt tiêu chuẩn lựa chọn nhiều hơn cỡ mẫu yêu cầu, các cá nhân được chọn một cách ngẫu nhiên. Nếu số người đạt tiêu chuẩn nhỏ hơn cỡ mẫu yêu cầu
thì sẽ chọn toàn bộ các cá thể tại thời điểm đó và sẽ quay lại vào thời điểm khác để chọn tiếp cho đến khi đạt được cỡ mẫu. Khi tiếp cận được đối tượng đủ tiêu chuẩn tham gia nghiên cứu, nhóm nghiên cứu giải thích tóm tắt về mục đích của nghiên cứu và phát giấy mời cho cho đối tượng nghiên cứu. Giấy mời có ghi các thông tin cơ bản về nghiên cứu, địa chỉ các địa điểm nghiên cứu nơi thu thập số liệu và hẹn ngày phỏng vấn. Nếu quá hẹn 2 tuần mà các cá nhân được chọn không đến địa điểm nghiên cứu, người thay thế sẽ được lựa chọn tại chính địa điểm đó.