Để sản xuất oligochitosan người ta tiến hành thủy phân chitosan bằng các tác nhân hóa học và enzyme, trong đó phương pháp hóa học được sử dụng phổ biến hơn ở quy mô công nghiệp. Tuy nhiên, do tạo ra nhiều chất độc hại có nguy cơ làm ô nhiễm môi trường cao, ít nhiều làm thay đổi cấu trúc sản phẩm và hiệu suất thấp nên phương pháp hóa học gặp bất lợi khi áp dụng vào thực tế sản xuất. Quá trình thủy phân chitosan bằng enzyme sẽ giảm thiểu những thay đổi về hóa học của sản phẩm, dễ dàng trong điều chỉnh sản phẩm và hạn chế những ảnh hưởng bất lợi đến những đặc tính sinh học của chúng.
Cellulase với khả năng thủy phân không đặc hiệu chitosan đã được một số tác giả sử dụng để thủy phân chitosan tạo ra oligochitosan , thay thế cho chitosanase đặc hiệu có chi phí rất cao.
Nguyên liệu chính để tạo dẫn xuất oligochitosan là chitosan với các mức độ DD khác nhau.
Tương tự các polysaccharide khác, do tồn tại các liên kết β-1,4 glycoside không bền trong mạch phân tử nên chitosan cũng có thể bị thủy phân bởi các tác nhân thủy phân khác nhau. Kết quả sẽ tạo ra sản phẩm oligochitosan khác nhau về mức độ polymer cũng như số lượng và phân bố các đơn phân D-glucosamine (GlcN), N-acetyl-D-glucosamine (GlcNAc) trong mạch phân tử.
Trong phương pháp thủy phân chitosan bằng tác nhân hóa học thì việc sử dụng hydrogen peoxyde (H2O2) đã được một số tác giả nước ngoài lựa chọn do khả năng cắt mạch thân thiện và không để lại tạp chất trong sản phẩm oligochitosan. Tuy nhiên, mức độ loại bỏ gốc NH2 trong các mắt xích D- glucosamine cần phải được khống chế thích hợp dựa vào các điều kiện của quá trình cắt mạch. Do đó, sản phẩm oligochitosan là an toàn khi sử dụng để phòng bệnh hại đối với rau quả , .