Theo nghiên cứu của JETRO, năm 2013 rủi ro lớn nhất về môi trường đầu tư là hệ thống pháp luật chưa hoàn thiện, vận hành chưa minh bạch với 76,75%. Vì
vậy, Nhà nước cần tiếp tục rà soát pháp luật, chính sách về đầu tư, kinh doanh để sửa đổi các nội dung không đồng bộ, thiếu nhất quán, bổ sung các nội dung còn thiếu; sửa đổi các quy định còn bất cập, chưa rõ ràng liên quan đến thủ tục đầu tư và kinh doanh, đơn giản hóa các thủ tục hành chính. Từ đó làm cho môi trường đầu tư của Việt Nam thông thoáng, tránh gây khó khăn cho các nhà đầu tư nước ngoài nói chung và nhà đầu tư Nhật Bản nói riêng.
Hơn nữa, từ khi thi hành Luật đầu tư và Luật Doanh nghiệp 2005 đến nay đã phát sinh nhiều vấn đề liên quan đến thu hút FDI. Các quy định của hai luật này bộc lộ nhược điểm trong việc điều chỉnh hoạt động FDI. Nhiều văn bản dưới luật không đảm bảo tính hệ thống. Một số vấn đề mới nảy sinh như mua bán và sát nhập đang có xu hướng gia tăng, vấn đề chuyển giá ngày càng phổ biến. Vì vậy, việc sửa đổi bổ sung cần tiến hành đồng bộ, mang tính hệ thống, bảo đảm tính ổn định dễ dự báo, công khai, minh bạch, chấm dứt tình trạng chồng chéo, mâu thuẫn giữa các luật với nhau, giữa luật với Nghị định của Chính phủ, thông tư của các bộ, được thực thi nghiêm chỉnh, không để xảy ra tình trạng chính quyền địa phương tự ban hành văn bản trái pháp luật.
Đối với Chính sách khuyến khích đầu tư, cần quan tâm đến những ưu đãi về thuế như thuế xuất nhập khẩu, thuế đất đai,...Đặc biệt, cần có những ưu đãi về thuế cho các doanh nghiệp đầu tư vào ngành công nghiệp phụ trợ, công nghiệp công nghệ cao,... chính sách ưu đãi thuế, ưu đãi đầu tư cần tuân thủ nghiêm các nguyên tắc, các cam kết mà Việt Nam đã cam kết thực hiện với các tổ chức quốc tế (ví dụ tổ chức WTO), theo đó mặc dù cần trao đổi và tìm kiếm giải pháp để đẩy mạnh thu hút nguồn vốn ĐTNN, tuy nhiên việc xây dựng các chính sách ưu đãi cần đảm bảo đúng mục tiêu công bằng và không có sự phân biệt đối xử với các doanh nghiệp có vốn đầu tư trong nước. Để chính sách ưu đãi đầu tư (về thuế, về tài chính, tín dụng, đất đai...) thực sự có tác dụng thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội theo đúng định hướng của Nhà nước trong những năm tới, Bộ Tài chính đề nghị cần rà soát lại toàn bộ hệ thống ngành kinh tế quốc dân và địa bàn cần khuyến khích đầu tư trong cả nước, nghiên cứu để xây dựng một danh mục lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư áp dụng chung cho tất cả các ngành/lĩnh vực. Trên cơ sở danh mục này, các văn bản quy phạm pháp luật chuyên ngành về thuế, tài chính, đất đai, tín dụng ... sẽ quy định cụ thể mức ưu đãi, hình thức ưu đãi, quy trình thủ tục thực hiện ưu đãi mà không quy
định thêm lĩnh vực, địa bàn ưu đãi.