Nghị định 51/2010/NĐ-CP đã có hiệu lực từ đầu năm 2011, công tác quản lý hóa đơn theo nghị định mới này phụ thuộc rất lớn vào chương trình quản lý hóa đơn. Tuy nhiên, từ đầu năm đến nay chương trình quản lý hóa đơn chỉ mới sử dụng được một phần, chưa sử dụng được toàn bộ ứng dụng của chương trình và thường xuyên bị lỗi, chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế của công việc tại các Chi cục Thuế. Việc nhập các loại báo cáo, thông báo vào chương trình cán bộ thuế đều phải nhập bằng tay, không có bất kỳ hỗ trợ nào, chương trình cũng không có sự tích hợp với chương trình Excel, khiến cho việc nhập dữ liệu của cán bộ thuế phải thực hiện hai lần (những báo cáo, thông báo doanh nhiệp nộp được cán bộ thuế nhập vào Excel rồi lại tiếp tục nhập vào chương trình quản lý hóa đơn). Điều này vừa mất nhiều thời gian công sức vừa khiến cho công tác quản lý hóa đơn gặp nhiều khó khăn, các thông tin về hóa đơn đã được phát hành, sử dụng hay hủy được cập nhật chậm gây khó khăn cho việc tra cứu của doanh nghiệp.
Chính vì vậy, việc nâng cấp và đẩy mạnh triển khai ứng dụng quản lý hóa đơn hiện nay là điều rất cần thiết, nhất là ứng dụng này phải tích hợp được với các báo cáo, thông báo của doanh nghiệp được kết xuất dưới dạng Excel, dạng pdf. Điều này rất quan trọng, vì nó giúp cơ quan thuế có thể triển khai việc gửi các loại báo cáo sử dụng hóa đơn, hay các loại thông báo phát hành, thông báo hủy (dưới dạng file mềm)… của doanh nghiệp, tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh qua mạng internet và tích hợp chúng với chương trình quản lý hóa đơn để các thông tin tự động nhập vào chương trình. Điều này vừa tiết kiệm công sức, thời gian, chi phí của cả cơ quan thuế và doanh nghiệp, vừa đưa công tác quản lý thuế nói chung và công tác quản lý hóa đơn nói riêng đi theo hướng hiện đại hóa.
Đây chính là mục tiêu xây dựng ứng dụng quản lý hóa đơn mà chúng ta cần hướng đến. Vì vậy, trong thời gian tới, Tổng cục Thuế cần nghiên cứu, tổng hợp những khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai sử dụng chương trình quản lý hóa đơn từ các Cục thuế, Chi cục thuế để tiếp tục nâng cấp, hoàn thiện chương trình quản lý hóa đơn theo định hướng đã nêu ở trên.