Việc quản lý, sử dụng hóa đơn tại chi cục rất cần sự hỗ trợ của chương trình quản lý hóa đơn. Tuy nhiên, ứng dụng quản lý hóa đơn phục vụ cho việc quản lý hóa đơn theo nghị định 51/2010/NĐ-CP mới chỉ hoạt động được một phần nhỏ, mọi thông tin về các bản đăng kí, thông báo… của NNT, các bảng biểu về tình hình cấp bán hóa đơn tại chi cục đều phải nhập bằng tay vào Excel. Ngày 09/04/2010 Tổng cục thuế đã có công văn 1233/TCT-CNTT về việc triển khai ứng dụng quản lý ấn chỉ phiên bản 3.0, thời gian triển khai tại Cục thuế TP Hà Nội là từ 15/04/2011, chi cục thuế Cầu Giấy đã nhân được hướng dẫn từ cấp trên và tiến hành triển khai, tuy nhiên thực tế cho thấy phần mền bị lỗi, chi cục không thể mở được các loại báo cáo để tiến hành nhập thông tin NNT. Hiện nay, báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn quý I/2011 của các tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh trên đia bàn cán bộ thuế đều phải nhập tay vào Excel mà không có sự hỗ trợ nào, công việc này chỉ do một cán bộ thuế phụ trách, khối lượng công việc lớn như vậy nhưng đến 20/05/2011, chi cục thuế đã phải có báo cáo tổng hợp và nộp lên Cục thuế.
Hiện nay, công tác quản lý hóa đơn tại chi cục đang gặp rất nhiều khó khăn do những lỗi kỹ thuật trong quá trình triển khai chương trình quản lý hóa đơn, khối lượng công việc cần hoàn thành lại rất lớn. Thời điểm kết thúc quý I lại là thời điểm “nóng” do đây là lúc các đơn vị phải thực hiện quyết toán nghĩa vụ thuế với nhà nước. Mặc dù gặp nhiều khó khăn nhưng chi cục thuế vẫn đang nỗ lực hết mình để hoàn thành đúng tiến độ công việc được giao.