Hiện nay, Indonesia là quốc gia có số lượng tín đồ Islam giáo lớn nhất thế giới với 202,9 triệu tín đồ chiếm 88,2% dân số cả nước [63]. Mặc dù trong hiến pháp Indonesia không công nhận đạo Islam là quốc giáo nhưng vị trí và vai trò của nó cũng không hề bị giảm đi mà ngược lại ngày càng được nâng cao. Rất nhiều tổ chức chính trị, xã hội, văn hóa Islam giáo lần lượt ra đời. Trong đó có hai tổ chức Islam giáo lớn nhất ở Indonesia hiện nay là Muhammadiyah và Nahadlatul Ulama. Hai tổ chức Islam giáo này đóng vai trò rất quan trọng trong xã hội Indonesia. Muhammadiyah có các dòng trên khắp đất nước Indonesia và có khoảng xấp xỉ 30 triệu người theo; và có rất nhiều nhà thờ Islam giáo, các nhà cầu nguyện, bệnh viện, trại trẻ mồ côi, nhà tế bần, trường học, thư viện công cộng và các trường đại học [16;62]. Tổ chức Nahdlatul Ulama có đến 40 triệu tín đồ, hiện có các tín đồ trên khắp mọi nơi của đất nước [16;52]. Tổ chức này cũng có rất nhiều nhà thờ Islam giáo, các trường học và điều hành gián tiếp các trường nội trú. Ngoài ra còn có rất nhiều tổ chức khác đã và đang hoạt động mạnh mẽ tại Indonesia.
Các trường tiểu học, trung học, cao đẳng và đại học Islam giáo lần lượt được thành lập và có quy mô ngày càng lớn. Hiện nay, ở Indonesia có tới 10 nghìn trường nội trú, nhiều trường đại học, người ta tăng cường đào tạo tu sĩ, luật sư Islam giáo, các tăng lữ cao cấp cho nhà thờ. Đặc biệt trong lĩnh vực giáo dục, Indonesia là nước đứng đầu về xuất bản các tài liệu về Islam giáo, nhất là tài liệu giáo dục dành cho trẻ em. Ở Indonesia, tín đồ Islam giáo sau khi tốt nghiệp đại học đa số được nắm giữ các chức vụ trọng yếu của đất nước như làm việc trong các bộ nội vụ, tư pháp, ngoại giao, tài chính… Các học giả Islam giáo Indonesia tham gia tích cực vào cải cách giáo dục Islam giáo và hài lòng nhận thấy vị trí của người Islam giáo trong nền kinh tế Indonesia ở khu vực kinh tế truyền thống cũng như khu vực kinh tế hiện đại ngày càng cao.
Islam giáo ở Indonesia không phải là một khối thống nhất. Mỗi tổ chức Islam giáo có một quan điểm và đi theo những xu hướng khác nhau. Các cuộc tranh luận đã chia rẽ những tín đồ trong quá khứ, và vẫn còn tiếp diễn. Những lý giải giáo luật thừa nhận những khác biệt, trong những thập niên đầu của thế kỉ 20, một vết rạn giữa những người theo truyền thống và những người muốn cải tổ cách hành đạo Islam giáo, thường được gọi là kaum tua (những người già) và kaum muda (những người trẻ), đã tác động nhiều trung tâm tôn giáo. Ở Java, một số ổ chức đã được hình thành từ cuộc tranh luận này. Một trong số đó là tổ chức Nahdalatul Ulama (Hội các học giả Islam giáo) mang tính truyền thống hơn, gắn bó chặt chẽ với một trường phái giải thích giáo luật Syafi’i duy nhất nhưng vẫn khá rộng mở đối với những bổ sung về văn hóa Java. Một tổ chức khác là
Muhammadiyah, có xu hướng hiện đại, đã cố gắng thanh lọc cách hành đạo Islam giáo nhằm loại bỏ những yếu tố đã có từ lâu nhưng phi - Islam giáo. Muhammamiyah thuộc trong số những người tiên phong của nền giáo dục Islam giáo hiện đại. Cả hai nhóm đều tham gia một cách tích cực vào những cuộc thảo luận đương thời của người Inđônêsia về chính trị, xã hội và kinh tế, và những người ủng hộ hai nhóm này đã tạo ra những đảng phái chính trị Islam giáo riêng biệt.
Từ thập niên 1980, một trào lưu được gọi là Phục hưng Islam giáo đã tập hợp lực lượng ở Đông Nam Á. Những phong trào Dakwah, một thuật ngữ có nghĩa giống như việc giảng đạo, hoặc cảm hóa, đã lan tràn trong những tín đồ. Islam giáo chiếm một vị trí ngày càng nổi bật trong đời sống cộng đồng, trong đó có một thay đổi tương đối mới trong phụ nữ Islam giáo. Sự phát triển và việc gây ảnh hưởng ngày càng sâu sắc của đạo Islam đã khiến người ta thực hiện nhiều hơn vào các hoạt động tôn giáo, bao gồm việc hành hương, việc tuân thủ ăn chay nghiêm ngặt, và việc phát triển văn chương đại chúng Islam giáo.
Việc thổi luồng sinh khí mới vào Islam giáo được cho là do một loạt những nhân tố: vai trò về giáo dục tôn giáo trong những trường học nhà nước, vốn ngày càng thu hút nhiều trẻ em trong khu vực; sự ủng hộ của chính quyền dành cho việc xây dựng thánh đường Islam giáo và những giáo luật, những ảnh hưởng của vùng Trung Đông, và việc sử dụng Islam giáo cho mục đích chính trị.
Indonesia đã chính thức công nhận năm tôn giáo: Islam giáo, Ấn độ giáo, Phật giáo, Thiên chúa giáo, và đạo Tin lành trong đó cho phép các tổ chức tôn giáo hoạt động công khai. Tuy nhiên, Islam giáo là tôn giáo có số lượng tín đồ chiếm 85% dân số cả nước, rõ ràng là có tiếng nói mạnh nhất trong các vấn đề của cộng đồng. Các chính trị gia cố gắng tranh thủ lá phiếu Islam giáo dù việc chống lại một quốc gia Islam giáo vốn có thể áp đặt các giáo luật vẫn còn mạnh mẽ, đặc biệt là bởi các tướng lãnh có ảnh hưởng, hẳn vẫn nhớ những cuộc chiến chống lại các phong trào ly khai trong quá khứ. Trong những năm gần đây, một số đợt bạo loạn chống Thiên chúa giáo, và xung đột giữa Islam giáo và Thiên Chúa giáo, đã làm gây nên sự bất hòa giữa các tôn giáo của Indonesia. Đây là một trong những vấn đề nan giải, gây mất ổn định trong xã hội hiện nay.