Đại học Quốc gia Hà Nội được thành lập lại theo Nghị định số 97/CP ngày
10 tháng 12 năm 1993 của Chính phủ trên cơ sở tổ chức, sắp xếp 3 trường đại học lớn ở Hà Nội: Đại học Tổng hợp Hà Nội, Đại học Sư phạm Hà Nội I và Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội, và chính thức bước vào hoạt động theo Quy chế tổ chức và hoạt động do Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 447/TTg ngày 5/9/1994. Đây là mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực, kết hợp chặt chẽ đào tạo và nghiên cứu khoa học, được giao quyền tự chủ cao, được ưu tiên đầu tư về cơ sở vật chất và đội ngũ cán bộ để thực hiện đào tạo và nghiên cứu khoa học chất lượng cao. Từ đó đến nay, Đại học Quốc gia Hà nội đã trải qua các mốc phát triển sau:
+ ngày 10/12/1993 thành lập Đại học Quốc gia Hà nội gồm:
12 đơn vị đào tạo: 03 trường thành viên là Đại học KHTN, Đại học KHXH
và NV, Đại học Ngoại ngữ và 07 khoa trực thuộc: Khoa Công nghệ, Khoa Kinh tế, Khoa Luật, Khoa Sư phạm, Khoa Sau đại học, Khoa Quốc tế, Khoa QTKD; 02 Trung tâm giáo dục: TT Giáo dục quốc phòng và TT Đào tạo, Bồi dưỡng GV lý luận chính trị.
06 đơn vị nghiên cứu khoa học (Viện CNTT, Viện Việt Nam học và KH
phát triển, Trung tâm CN Sinh học, Trung tâm NC tài nguyên và Môi trường, TT đảm bảo chất lượng Đào tạo và NC phát triển giáo dục, TT NC phụ nữ).
10 đơn vị phục vụ, sản xuất và dịch vụ (Trung tâm TT –TV, Trung tâm
Nội trú SV, Nhà xuất bản ĐHQGHN, Nhà in ĐHQGHN, Tạp chí khoa học, Cơ quan ĐHQGHN, TT Thực nghiệm GD sinh thái và môi trường Ba Vì, Bản tin
ĐHQG, TT CNĐT và HT việc làm, TT phát triển hệ thống)
+ năm 1999 tổ chức lại Đại học Quốc gia Hà nội (trường Đại học Sư phạm Hà Nội I tách ra thành trường Đại học Sư phạm)
+ ngày 25/05/2004: thành lập trường Đại học Công nghệ - trường thành viên thứ 4 trong Đại học Quốc gia Hà nội
+ ngày 17/09/2007: thành lập trường Đại học Kinh tế - trường thành viên thứ 5 trong Đại học Quốc gia Hà nội
Ngày 01/02/2001, Chính phủ ban hành Nghị định 07/2001/NĐ-CP về ĐHQGHN đã quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Đại học Quốc gia Hà nội như sau:
Điều 1: Đại học Quốc gia Hà Nội (tên giao dịch bằng tiếng Anh: Vietnam National University, Hanoi - viết tắt là VNU) là một Trung tâm đào tạo đại học, sau đại học và nghiên cứu, ứng dụng, chuyển giao khoa học - công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực, chất lượng cao, đạt trình độ tiên tiến, làm nòng cốt trong hệ thống giáo dục đại học, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế xã hội của đất nước.
Điều 2: Đại học Quốc gia Hà Nội có quyền chủ động cao trong các hoạt động về đào tạo, nghiên cứu khoa học - công nghệ, tài chính, quan hệ quốc tế và tổ chức bộ máy. Đại học Quốc gia Hà Nội có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình quốc huy và tài khoản riêng, là đầu mối được giao các chỉ tiêu kế hoạch hàng năm.
Đại học Quốc gia Hà Nội chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo; của các Bộ, ngành khác và của Uỷ ban nhân dân nơi Đại học Quốc gia Hà Nội đặt địa điểm, trong phạm vi chức năng theo quy định của Chính phủ và phù hợp với pháp luật.
Điều 3: Trong tất cả các hoạt động, Đại học Quốc gia Hà Nội chịu sự lãnh đạo của tổ chức và cấp uỷ Đảng theo quy định của Ban Chấp hành 6 Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam và Thành uỷ Thành phố Hà Nội và quy định tạm thời về tổ chức và hoạt động của Đảng bộ Đại học Quốc gia Hà Nội.
Điều 4: Đại học Quốc gia Hà Nội có nhiệm vụ chính:
- Đào tạo theo danh mục các ngành đào tạo của Nước Cộng hoà Xã hội chủ nghĩa Việt Nam và thí điểm đào tạo các ngành mới ở trình độ cao đẳng, đại học,
cao học, tiến sỹ nhằm cung cấp nguồn nhân lực chất lượng cao và bồi dưỡng nhân tài cho đất nước.
- Nghiên cứu khoa học nhằm phát triển khoa học - công nghệ và giải quyết các vấn đề thực tiễn do kinh tế - xã hội nước ta đặt ra, tham gia tư vấn các vấn đề chiến lược, chính sách và các giải pháp phát triển khoa học - công nghệ, giáo dục - đào tạo, kinh tế - xã hội cho các cấp lãnh đạo Đảng và Nhà nước ở Trung ương và địa phương, kết hợp chặt chẽ đào tạo với nghiên cứu khoa học và sản xuất, dịch vụ khoa học - công nghệ.
Đại học Quốc gia Hà Nội có cơ cấu tổ chức đặc biệt (so với các trường đại học khác ở Việt Nam) gồm 3 cấp quản lý hành chính:
Đại học Quốc gia Hà Nội là đầu mối được giao các chỉ tiêu kế hoạch Nhà nước hàng năm, có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình quốc huy.
Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên, các khoa, trung tâm nghiên cứu, đơn vị trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội là các đơn vị cơ sở có tư cách pháp nhân độc lập, có con dấu và tài khoản riêng.
Các khoa, phòng nghiên cứu thuộc trường đại học, viện nghiên cứu.
Đại học Quốc gia Hà Nội hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, dưới sự quản lý trực tiếp của Thủ tướng Chính phủ. Các trường đại học và các viện nghiên cứu thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội là các cơ sở đào tạo, nghiên cứu khoa học có tư cách pháp nhân và quyền tự chủ như các trường đại học, viện nghiên cứu khác được quy định trong Luật Giáo dục và Luật Khoa học-Công nghệ. Giám đốc kiêm Chủ tịch Hội đồng và các phó Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm.
Sau 14 năm chính thức hoạt động theo quy chế đặc biệt do Thủ tướng Chính phủ ban hành, với quyền tự chủ - tự chịu trách nhiệm cao trong hệ thống giáo dục đại học của đất nước, những thành tích của Đại học Quốc gia Hà nội đã và đang khẳng định sự đúng đắn và sáng suốt trong chủ trương của Đảng và Nhà nước - quyết tâm xây dựng một đại học chất lượng cao, ngang tầm các đại học tiến tiến trong khu vực, từng bước tiếp cận trình độ quốc tế, giữ vai trò nòng cốt trong công cuộc đổi mới nền giáo dục đại học nước nhà. Bên cạnh những kết quả về nâng cao chất lượng đào tạo, Đại học Quốc gia Hà nội còn được ghi nhận là đơn vị đầu tiên
đưa ra sáng kiến và thực hiện đào tạo hệ cử nhân khoa học tài năng với chất lượng được đánh giá cao ở Việt Nam và nhiều cơ sở đào tạo có uy tín trên thế giới. Mô hình đào tạo này hiện đang được nhiều trường đại học lớn của Việt Nam học tập và nhân rộng.
Đất nước đang chuyển mình hội nhập vào sân chơi toàn cầu. Điều đó đặt Đại học Quốc gia Hà nội đứng trước hai vấn đề nan giải: Làm thế nào đáp ứng ngày càng cao nhu cầu đào tạo nguồn nhân lực; Làm thế nào để đứng vững trong thời buổi cạnh tranh gay gắt với các trường đẳng cấp khác. Chính vì thế, mục tiêu của Đại học Quốc gia Hà Nội đến năm 2010 phải phát triển ngang tầm các đại học tiên tiến ở Đông Nam á, tăng quy mô đào tạo tài năng, chất lượng cao và đào tạo quốc tế. Hoàn chỉnh cơ cấu đa ngành, đa lĩnh vực, định hướng nghiên cứu và cơ chế quản lý tự chủ, hiện đại, thành lập trường đại học thành viên mới về các lĩnh vực kinh tế, luật, quản lý giáo dục và đào tạo quốc tế; lập viện nghiên cứu khoa học mới về khoa học ứng dụng công nghệ cao, tài nguyên môi trường; thành lập một số đơn vị đào tạo nghiên cứu triển khai khoa học công nghệ và một số doanh nghiệp khoa học công nghệ về công nghệ thông tin, tư vấn dịch vụ xã hội; Tăng cường huy động và sử dụng có hiệu quả các nguồn kinh phí, hiện đại hoá cơ sở vật chất kỹ thuật trong đó có một số phòng thí nghiệm và trang thiết bị thuộc các ngành khoa học cơ bản, công nghệ cao, mũi nhọn đạt tiêu chuẩn quốc tế; Nâng cao chất lượng hiệu quả công tác chính trị tư tưởng và công tác học sinh, sinh viên, đặt ra đến năm 2010 mỗi đơn vị đào tạo có một trung tâm tư vấn hỗ trợ việc làm cho sinh viên; Mở rộng và tăng cường hiệu quả hợp tác quốc tế nhằm nâng cao chất lượng đào tạo, nghiên cứu và vị thế của Đại học Quốc gia Hà nội trên trường quốc tế, hàng năm thu hút khoảng 400 suất học bổng cho cán bộ, sinh viên đi tu nghiệp trao đổi nâng cao trình độ, có khoảng 95 dự án hợp tác quốc tế, trao đổi cán bộ, sinh viên hợp tác đào tạo, nghiên cứu khoa học.