Tổ chức quản lý thu – chi tại các đơn vị SN có thu cũng là một trong những nhân tố có ảnh hưởng lớn đến thực hiện tự chủ tài chính và công khai tài chính tại
đơn vị. Công tác tổ chức có tốt mới có thể khai thác thêm được nhiều nguồn thu và tăng thêm doanh thu trong những nguồn thu đã có đồng thời sử dụng hợp lý các khoản chi trong điều kiện các nguồn thu cho phép. Để thực hiện tự chủ tài chính mang lại hiệu quả cao thì công tác tổ chức quản lý thu - chi cần phải:
- Đối với các nguồn thu: Phải tổ chức lập kế hoạch, dự toán thật khoa học,
chính xác và kịp thời. Đề ra các biện pháp tổ chức thu thích hợp đối với các nguồn thu từ phí, lệ phí (các nguồn thu không phải từ NSNN cấp) để tránh tình trạng thất thoát nguồn thu.
- Đối với các khoản chi: Nhằm đạt được tiêu chuẩn tiết kiệm và hiệu quả
trong quản lý các khoản chi của các đơn vị SN có thu cần thiết phải tổ chức quản lý chặt chẽ từ khâu xây dựng kế hoạch, dự toán, xây dựng định mức, thường xuyên phân tích, đánh giá tổng kết rút kinh nghiệm việc thực hiện các khoản chi của các đơn vị SN có thu. Trên cơ sở đó đề ra các biện pháp tăng cường quản lý các khoản chi của các đơn vị SN có thu nói riêng cũng như công tác tài chính của các đơn vị SN nói chung.
Đối với các khoản chi tại đơn vị SN có thu, việc tổ chức quản lý thu – chi được thực hiện theo một quy trình thống nhất: Lập dự toán ngân sách - chấp hành ngân sách - kế toán và quyết toán ngân sách. Quy trình này được lặp đi lặp lại hàng năm tạo nên chu trình ngân sách.
Trong quá trình tổ chức quản lý thu – chi tại các đơn vị SN có thu thì kiểm tra là một hoạt động rất quan trọng, không thể thiếu được, bởi lẽ kiểm tra tài chính ở các đơn vị SN có thu có tác dụng tăng cường công tác quản lý tài chính nói chung và tăng cường quản lý thu – chi nói riêng, thúc đẩy thực hiện kế hoạch công tác của đơn vị, đảm bảo tính mục đích của đồng vốn, thúc đẩy đơn vị tôn trọng chính sách, chế độ, kỷ luật tài chính của Nhà nước.
Kiểm tra tài chính bao gồm
Kiểm tra trước khi thực hiện kế hoạch tài chính: Là loại kiểm tra được tiến hành trước khi xây dựng, xét duyệt và quyết định dự toán kinh phí (kiểm tra quá trình lập dự toán thu, chi tại các đơn vị SN có thu).
Kiểm soát thường xuyên: Là loại kiểm tra được tiến hành ngay trong quá trình các ngành, các cơ quan đơn vị thực hiện kế hoạch tài chính đã được quyết
định. Kiểm tra thường xuyên chính là kiểm tra ngay trong các hoạt động tài chính, trong các nghiệp vụ tài chính phát sinh (kiểm soát quá trình lập dự toán thu, chi tại các cơ quan SN có thu).
Kiểm soát thường xuyên là một trong những nhân tố có ảnh hưởng quan trọng đến công tác quản lý tài chính của các đơn vị đặc biệt là các cơ quan đơn vị SN có thu. Kiểm soát thường xuyên nhằm thực hiện việc giám sát, kiểm tra liên tục, hàng ngày, hàng tuần, hàng tháng trong suốt năm đối với các hoạt động tài chính, các nghiệp vụ tài chính, phát sinh nên có thể phát hiện kịp thời những sai sót, vi phạm chính sách, chế độ kỷ luật tài chính, có tác dụng ngăn chặn, phòng ngừa chúng một cách hữu hiệu, trên cơ sở đó thúc đẩy hoàn thành kế hoạch tài chính, tổ chức và sử dụng tiết kiệm, có hiệu quả các nguồn thu, đảm bảo chi đúng, chi đủ, chi có hiệu quả đáp ứng yêu cầu quản lý nhà nước và phát triển kinh tế xã hội.
Kiểm tra sau khi thực hiện kế hoạch tài chính: Là loại kiểm tra được tiến hành sau khi đã kết thúc giai đoạn thực hiện các kế hoạch tài chính (kiểm tra, duyệt các khoản đã thu, chi của đơn vị SN có thu)
Mục đích của kiểm tra tài chính ở giai đoạn này là xem xét lại tính đúng đắn, hợp lý, xác thực của các hoạt động tài chính cũng như các số liệu, tài liệu tổng hợp được đưa ra trong các sổ sách, báo biểu từ đó có thể tổng kết rút ra các bài học kinh nghiệm cho việc xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch tài chính trong các kỳ sau.