Cơ chế quản lý là tổng thể các phương pháp, công cụ và hình thức tác động lên một hệ thống để liên kết phối hợp hành động giữa các bộ phận thành viên trong hệ thống nhằm đạt được mục tiêu cuối cùng của quản lý. Quyết định sự thành công hay thất bại trong quản lý nói chung và trong quản lý tài chính tại đơn vị nói riêng, đó chính là phương pháp và công cụ quản lý.
Cơ chế quản lý tài chính đơn vị SN có thu là một nhân tố ảnh hưởng quan trọng tới thực hiện tự chủ tài chính và công khai tài chính tại các đơn vị SN có thu.
Nó có vị trí và vai trò rất quan trọng thể hiện ở những nội dung cơ bản sau đây:
Một là: cơ chế quản lý tài chính đơn vị SN có thu có vai trò cân đối giữa
việc hình thành, tạo lập và sử dụng các nguồn lực tài chính (các nguồn thu) nhằm đáp ứng các yêu cầu hoạt động (các khoản chi) của đơn vị SN có thu. Do đó, cơ chế phải được xây dựng phù hợp với loại hình hoạt động của đơn vị nhằm tăng cường và tập trung nguồn lực tài chính, đảm bảo sự linh hoạt, năng động và phong phú, đa dạng về hình thức, giúp cho các đơn vị SN có thu hoàn thành tốt nhiệm vụ được nhà nước giao.
Hai là: Cơ chế quản lý tài chính đơn vị SN có thu tác động đến quá trình chi
tiêu ngân quỹ quốc gia, ảnh hưởng lớn đến việc thực hiện và hoàn thành nhiệm vụ của các đơn vị SN có thu. Vì vậy, cơ chế đó phải khắc phục được tình trạng lãng phí các nguồn tài chính, đồng thời khuyến khích sử dụng tiết kiệm trong chi tiêu và tôn trọng nhiệm vụ và hoạt động nghiệp vụ chuyên môn của đơn vị SN có thu.
Ba là: Cơ chế quản lý tài chính đơn vị SN có thu đóng vai trò như một cán
cân công lý, đảm bảo tính công bằng hợp lý trong việc phân phối, sử dụng các nguồn lực tài chính giữa các loại hình đơn vị SN có thu, nhằm tạo môi trường bình đẳng, cũng như sự phát triển hài hoà giữa các ngành, các lĩnh vực khác nhau trong khu vực SN có thu.
Bốn là: Cơ chế quản lý tài chính đơn vị SN có thu góp phần tạo thành hành
lang pháp lý cho quá trình tạo lập và sử dụng nguồn tài chính trong các đơn vị SN có thu. Nó được xây dựng trên quan điểm thống nhất và hợp lý, từ việc xây dựng các định mức, tiêu chuẩn chi tiêu đến quy định về cấp phát, kiểm tra, kiểm soát quá trình chi tiêu nhằm phát huy vai trò của cơ chế quản lý, đạt được mục tiêu của kinh tế vĩ mô. Mặt khác, cơ chế quản lý tài chính đơn vị SN có thu quy định khung pháp lý về mô hình tổ chức, hoạt động của đơn vị SN có thu. Chính vì vậy, xây dựng cơ chế quản lý tài chính phải quan tâm đến việc tổ chức bộ máy, đào tạo bồi dưỡng nghiệp vụ, nâng cao trình độ cán bộ, kết hợp với tăng cường chế độ thống nhất chỉ huy, trách nhiệm thủ trưởng các đơn vị dự toán và các cấp, các ngành trong quản lý.