SRBSDV trên thế giới
Các mẫu plasmid tái tổ hợp sau khi tinh sạch đƣợc gửi tới hãng Macrogene cho việc giải trình tự. Kết quả giải trình tự cho thấy cả 12 plasmid tái tổ hợp đều mang phân đoạn S7 của SRBSDV thu thập tại các vùng sinh thái khác nhau ở Việt Nam.
Sử dụng công cụ tìm kiếm trực tuyến BLAST trên NCBI cho thấy tất cả các mẫu S7 Việt Nam đều trùng khớp với các mẫu S7 tƣơng ứng sẵn có trên GenBank (Hình 25,26). Mƣời hai mẫu S7 Việt Nam và 8 mẫu S7 sẵn có của Trung Quốc đƣợc căn trình tự đa chuỗi bằng phần mềm MEGA5. Kết quả phân tích cho thấy, trình tự nucleotide phân đoạn S7 của các mẫu virus Việt Nam có mức đồng nhất r ất cao so với nhau và so với các mẫu củaTrung Quốc, đạt từ 99-100% (Bảng 5).
Trình tự nucleotide phân đoạn S7 giữa các chủng virus có độ tƣơng đồng cao phản ánh đúng thực tế virus SRBSDV mới xuất hiện ở Việt Nam trong thời gian chƣa lâu, từ năm 2009 nên chƣa có khả năng phân ly hình thành chủng mới. Kết quả này cũng phù hợp với nghiên cứu trƣớc đây về phân đoạn S10 của SRBSDV [12]. Tuy nhiên, mức độ tƣơng đồng phân đoạn S7 cao hơn phân đoạn S10 chứng tỏ phân đoạn này có vai trò quan trọng trong tiến hóa của vius SRBSDV. Vì vậy, sự thay đổi trình tự nucleotide của phân đoạn S7 chỉ xảy ra mạnh khi có áp lực tiến hóa cao và một khoảng thời gian nhất định.
53
Hình 25 : Một phần kết quả so sánh trình tự nucleotide phân đoạn S7 của các mẫu SRBSDV thu đƣợc tại Việt Nam và trên thế giới
Hình 26 : Một phần kết quả so sánh trình tự amino acid phân đoạn S7 của các mẫu SRBSDV thu đƣợc tại Việt Nam và trên thế giới
54
Bảng 5: So sánh mức đồng nhất trình tự phân đoạn S7 phân lập của các mẫu Việt Nam và Trung Quốc
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 1 ID 0.95 0.95 0.95 0.95 0.94 0.95 0.97 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.95 0.95 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 2 0.95 ID 1.00 1.00 1.00 0.99 1.00 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 3 0.95 1.00 ID 1.00 1.00 1.00 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 4 0.95 1.00 1.00 ID 1.00 1.00 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 5 0.95 1.00 1.00 1.00 ID 1.00 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 6 0.94 0.99 1.00 1.00 1.00 ID 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 7 0.95 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 ID 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 0.99 1.00 0.99 0.99 0.99 8 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 ID 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 9 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 ID 1.00 0.99 1.00 0.99 1.00 1.00 0.99 1.00 0.99 0.99 0.99 10 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 1.00 ID 0.99 1.00 0.99 1.00 1.00 0.99 1.00 0.99 0.99 0.99 11 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 0.99 0.99 ID 0.99 0.99 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 12 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 1.00 1.00 0.99 ID 0.99 1.00 1.00 0.99 1.00 0.99 0.99 0.99 13 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 ID 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 14 0.95 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 0.98 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ID 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 15 0.95 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 0.98 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ID 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 16 0.95 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 ID 1.00 0.99 0.99 0.99 17 0.95 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 1.00 0.99 1.00 1.00 1.00 ID 0.99 0.99 0.99 18 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 ID 0.99 0.99 19 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 ID 0.99 20 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.97 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 ID
1 (Huế-2), 2 (SRBSDV-HM998850), 3 (Lào Cai), 4 (Ninh Bình-1), 5 (Sơn La-1), 6 (Nghệ An), 7 (SRBSDV-HM585273), 8 (Thái Bình-2), 9 (SRBSDV-JQ692578), 10 (Nam Định), 11 (Ninh Bình-2), 12 (SRBSDV-JN388912), 13 (Huế-1), 14 (SRBSDV-EU784841), 15 (SRBSDV-FN563995), 16 (SRBSDV-HQ731498), 17 (SRBSDV-JQ034354), 18 (Quảng Trị- 1), 19 (Quảng Trị-2), 20 (Thái Bình-1)
55